Genug von den Viren!

25. Mai 2022 von Laborjournal

In unserer Reihe „Forscher Ernst und die Corona-Pandemie“:

 

(Gezeichnet von Rafael Florés. Jede Menge weiterer Labor-Abenteuer von „Forscher Ernst“ gibt es hier.)

 

Wie funktioniert horizontaler Gentransfer von einem Räuber auf seine tote Beute?

18. Mai 2022 von Laborjournal

Ein gerne bemühter Allgemeinplatz in der Wissenschaft lautet: Jedes Ergebnis öffnet die Tür zu neuen Fragen. Manchmal erscheint den Forschern jedoch die eine oder andere Frage, die ihre neusten Ergebnisse ihnen förmlich aufdrängen, zunächst als ziemlich bizarr.

Derart überrumpelt hat sich womöglich kürzlich ein internationales Biologenteam gefühlt – zumindest im ersten Moment. Den Beteiligten – unter ihnen Sven Künzel vom Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie in Plön sowie Miguel Vences aus dem Zoologischen Institut der Technischen Universität Braunschweig – ging es zunächst einmal nur darum, die Verbreitung eines sehr häufigen Säuger-Retrotransposons namens Bovine-B (Bov-B) in Fröschen zu prüfen. Und tatsächlich fanden sie die Bov-B-Sequenzen zuhauf im Erbgut nahezu all derjeniger Frösche, die sie auf Madagaskar eingesammelt hatten. Diese Bov-B-Sequenzen waren zuerst in Rindern aufgepürt worden, wo deren vervielfältigte Kopien teilweise mehr als 18 Prozent der gesamten Genomsequenz ausmachen. In manchen Exemplaren der Madagaskar-Frösche nahmen sie immerhin 0,5 Prozent des Genoms in Anspruch.

 

Eine Milbe als Vektor für horizontalen Gentransfer zwischen Schlangen-Räuber und Frosch-Beute? (Abb. 2(a) aus Mol. Biol. Evol. 39(4): msac052)

 

1998 hatten zwei slowenische Forscher den überraschenden Befund publiziert, dass die Vorfahren der Rinder sich die Bov-B-Retrotransposonen vor Jahrmillionen via horizontalem Gentransfer aus Schlangen eingefangen hatten (Kordis D & Gubensek F, PNAS 95(18): 10704-09). Damit waren Schlangen natürlich auch als Bov-B-Lieferanten für die Madagaskar-Frösche unter Verdacht. Und nach vergleichender Analyse etlicher Reptilien- und Amphibienarten stand schließlich fest: Die Bov-B-Sequenzen der madegassischen Frösche sind am engsten mit denen von madegassischen Schlangen verwandt (Mol. Biol. Evol. 39(4): msac052). Und mehr noch: Die Frosch-Ahnen erwarben die Bov-B-Elemente tatsächlich durch horizontalem Gentransfer aus den Vorfahren der Schlangen – und zwar in mehreren Sprüngen während des Zeitraums von vor 85 bis vor 1,3 Millionen Jahren. Diesen Beitrag weiterlesen »

Getrübte Titelfreuden?

11. Mai 2022 von Laborjournal

Könnte es eventuell eine zweifelhafte Freude sein, mit der eigenen Veröffentlichung auf dem Titelblatt einer Journal-Ausgabe zu landen?  …

Zu meiner eigenen aktiven Zeit im Labor – die mittlerweile schon eine ganze Weile her ist – lief es jedenfalls so: Jedes Mal, wenn das Paper einer Gruppe es bis auf das Cover eines guten Journals geschafft hatte, gab es eine zumindest mittelgroße Feier im gesamten Institut. Man wertete dies schlichtweg als ganz besondere Form der Wertschätzung für den jeweiligen Inhalt – und entsprechend groß war deshalb die Freude.

Bis heute scheint sich an dieser Freude nicht wirklich was geändert zu haben – wie ein kurzer Blick nach Twitter verrät. Da jubelt beispielsweise letzte Woche einer, dass eine Studie mit seiner Beteiligung durch die Cover-Illustration der Mai-Ausgabe von Lancet Oncology ganz besonders gewürdigt wird.

Einen Tag danach verkündet eine walisische Professorin:

Und wieder einen Tag später wird folgende Nachwuchsforscherin geradezu euphorisch:

„Doch wird die Freude allzu groß, legt irgendwo ein Spielverderber los.“ Und in diesem Fall könnten drei italienische Wirtschaftsforscher diese Rolle besetzen. „Cover effects on citations uncovered: Evidence from Nature“ übertitelten sie ihre Studie, die gerade frisch im Journal of Infometrics erschien (16(2): Art. 101293; im Preprint hier lesbar). Im Abstract schreiben sie:    Diesen Beitrag weiterlesen »

Endlich Frühling! …

4. Mai 2022 von Laborjournal

… Zeit, den Pandemie-Winter abzuschütteln, das Fenster aufzureißen und das Frühjahr tief in die Lungenflügel zu saugen. Oh, wer liebt nicht diesen Frühlingsduft von Schnee­glöck­chen, Narzissen und Krokussen, der an vergangene Picknicks erinnert und auf laue Sommerabende hoffen lässt. Macht es Ihnen nicht auch direkt gute Laune, wenn dieses ganz bestimmte Aroma frisch gemähten Rasens in der Luft liegt?

Doch im Gegensatz zu Ihrer Hochstimmung ist dieser Duft eigentlich ein Zeichen der derzeitigen Übellaunigkeit Ihrer Grünfläche. Entkommen kann sie der mähwütigen Kleingärtnerschar schließlich nicht. Ohnmächtig bleibt ihr nur eines: ein chemisches SOS abzusetzen. Was dem Rasenmähermann und der Rasenmäherfrau dann in die Nasenhöhlen strömt, ist ein wahrer Cocktail an Alkoholen und Aldehyden. Einem Großalarm gleich metabolisieren verletzte Grünpflanzen nämlich α-Linolensäure mithilfe von Lipoxygenasen und Hydroperoxidlyasen zu flüchtigem cis-3-Hexenol – aka „frisch gemähtem Gras“ – und reduzieren, isomerisieren und verestern es alsdann zu einer Vielfalt grüner Blattduftstoffe.

Natürlich macht Ihre Rasenfläche das nicht Ihres Schreberglücks wegen, sondern aus Überlebensgründen. Der chemische SOS-Ruf warnt nicht nur Pflanzenkumpane in der Nachbarschaft und wirkt toxisch auf Pilze und Bakterien, sondern wehrt fressgierige Herbivoren ab. Denn Hexenol-Derivate locken parasitierende Schlupfwespen an, die ihre Eier unter anderem in gefräßige Insekten-Larven legen. Während das für die Pflanzenschädlinge den Tod bedeutet, hilft es gegen Ihre eiserne Rasenmähermaschinerie natürlich nicht. Beim nächsten Grünflächen-Stutzen denken Sie daran, dass das Duftbouquet keine persönliche Einladung an Sie zum Verweilen ist, sondern Ihre Wiese Sie gerade als Fressfeind ächtet.  Diesen Beitrag weiterlesen »

„Die Einstellung zur Arbeit ist eine andere“

27. April 2022 von Laborjournal

Aus unserer Reihe „Gut gesagt!“ zum Thema „Arbeitseinstellung in der hiesigen und der US-Wissenschaft“:

 

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[…] Die Leute dort sind wirklich an Wissenschaft interessiert, die sind interessiert an dem, was sie und auch was die anderen machen, und man redet darüber. Das ergibt ein unglaublich lebendiges Klima. Das Maß an Engagement, das die Leute da beruflich haben – und das gilt nicht nur für die Wissenschaftler – das ist wirklich großartig. […]  Die Tradition ist hier schon ganz anders. Die ganze Philosophie, dass das Leben zerfällt in das berufliche Leben und das sogenannte Privatleben, das sieht man in Amerika nicht so. Das ist nicht so eine Urlaubsgesellschaft. Die Einstellung zur Arbeit ist eine andere. Weil die Leute alle meinen, sie müssten es irgendwie selbst schaffen. Das hat natürlich auch Kehrseiten, man verliert leicht seinen Job, und die Leute können sich Urlaub oft gar nicht leisten. Aber man klagt dort nicht, was ja in Europa Teil der Kultur ist. In Amerika schaut man eher, wie man es irgendwie besser machen kann. […]

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… Sagte der 2001 emeritierte Kölner Genetik-Professor Klaus Rajewsky in Laborjournal 3/2012  („Verhandlungssache: Emeriti – Forschen oder Ruhestand?“, S. 23-25). Damals war er gerade wieder nach Deutschland zurückgekehrt, nachdem er als Emeritus weitere zehn Jahre an der US-amerikanischen Harvard University geforscht hatte.

Zitatesammeln per Lieferfahrzeug

20. April 2022 von Laborjournal

Raub-Verlage (Predatory Publishers), Entführte Journale (Hijacked Journals), Papiermühlen (Paper Mills), … – schon öfter berichteten wir, mit welch windigen Manövern einige, meist asiatische „Unternehmer“ Profit aus den Zwängen und Nöten des wissenschaftlichen Publikationssystems schlagen. Siehe etwa hier, hier, hier oder hier. Die Ideen, das System zum eigenen Profit zu hintergehen, scheinen damit jedoch immer noch nicht erschöpft. Auf der Paper-Diskussionsplattform PubPeer wurde jedenfalls gerade eine weitere schräge „Geschäftsidee“ enthüllt: Zitate-Lieferfahrzeuge (Citation Delivery Vehicles).

Anfang des Jahres illustrierte dort ein User mit Pseudonym „Hoya camphorifolia“ anhand eines Papers chinesischer Autoren eine weit verbreitete Strategie des unlauteren Zitatevermehrens (J. Mater. Sci.: Mater. Electron., doi: 10.1007/s10854-021-05437-0):

Die Autoren dieser Gruppe haben die merkwürdige Neigung, ihre Arbeiten mit einem Schlusssatz abzuschließen, der als reines „Citation Delivery Vehicle“ fungiert – siehe https://pubpeer.com/search?q=“Jun+Zhao „+OR+“Zhiqin+Zheng“. In mindestens einem dieser Fälle stand der folgende, stark aufgeblasene Schlusssatz nachweisbar nicht in der Version, die die Peer-Reviewer sahen, sondern wurde erst in der Korrekturphase hinzugefügt:

„Diese Arbeit erweitert den Anwendungsbereich der persistenten Materialien auf das Feld der Photokatalyse und bietet überdies neue Einblicke in andere Bereiche, wie etwa die Abwasserbehandlung [46-48], die Elektrokatalyse [49-51] und die Photokatalyse [52-55].“

Anschließend folgen die entsprechenden Referenzen 46 bis 55, allesamt wiederum Veröffentlichungen chinesischer Gruppen. Diese jedoch haben – man ahnt es schon – mit dem Inhalt des Papers rein gar nichts zu tun. Diesen Beitrag weiterlesen »

Irgendwie ein Corona-Paper

13. April 2022 von Laborjournal

In unserer Reihe „Forscher Ernst und die Corona-Pandemie“:

 

(Gezeichnet von Rafael Florés. Jede Menge weiterer Labor-Abenteuer von „Forscher Ernst“ gibt es hier.)

 

Humor ist, wenn man trotzdem …

6. April 2022 von Laborjournal

 

Humor ist bekanntlich Geschmackssache. Schließlich können die Antennen dafür individuell stark variieren – und manchen fehlen sie gar völlig.

Wie aber sieht es damit in Wissenschaft und Forschung aus?

Als wir beispielsweise vor zwanzig Jahren Sidney Brenner – kurz bevor er den Nobelpreis kriegen sollte – fragten, wie wichtig für ihn Humor in der Wissenschaft sei, antwortete er:

Absolut essentiell. Ich denke, zu viele Wissenschaftler nehmen sich selbst zu ernst. Humor ist ein Teil des Lebens, und daher auch der Wissenschaft. Er dreht die Dinge herum und verschafft einem einen anderen Blickwinkel. Und so kann Humor auch zu neuen Erkenntnissen führen. Oder gar beim Entwickeln von Ideen helfen. In der Tat muss eine gute Idee nicht nur gut sein, sondern in gewissem Sinne auch witzig.

Im Geiste unterschrieben wir das. Schließlich ist ja auch von weiteren großen Namen aus der Wissenschaftsgeschichte durchaus bekannt, dass sie zum Lachen nicht unbedingt in den Keller gingen: Albert Einstein, Francis Crick, Kary Mullis, …

Bei anderer Gelegenheit schauten wir uns dann um, wie es mit dem Humor in wissenschaftlichen Originalartikeln – also „Papern“ – steht. Und tatsächlich spürten wir so manches Beispiel für einen gewissen „Guerilla-Humor“ in Abbildungen auf – siehe etwa hier, hier oder hier.

Und witzige Titel? Zumindest kann es wohl kaum als bierernst gelten, wenn Autorinnen und Autoren ihre Artikel mit abgewandelten Film-, Song- oder Literatur-Zitaten überschreiben – wie etwa „Everything you always wanted to know about sex … in flies“. Gerade hierfür fanden wir am Ende sogar richtig viele Beispiele, und hatten sie seinerzeit hier zusammengetragen.

Scheint also doch alles in allem ein eher lustiges Völkchen zu sein, diese Forscher.

Doch dann kam eine gewisse Ernüchterung. Diesen Beitrag weiterlesen »

Corona und der Wert des Peer Review

30. März 2022 von Laborjournal

Aus unserer Reihe „Gut gesagt!“ zum Thema Corona-Pandemie und Peer Review:

 

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[…] Wie replizierbar werden die Forschungsergebnisse zu COVID-19 sein? Das wissen wir noch nicht, aber eine Erfahrung, die mir im Rahmen der letzten Wochen stärker präsent geworden ist […], ist die Verletzlichkeit und Wichtigkeit des Peer-Review-Systems. Verletzlich – denn bewusste Täuschungen sind auch von kompetenten Reviewern schwer zu entdecken. Wichtig – denn ich glaube nach wie vor nicht, dass wir auf die erhebliche Mühe dieser Expertenarbeit zur Qualitätssicherung verzichten können. Wir müssen, denke ich, diese selbstlose und unentgeltliche Arbeit besser und vielleicht auch anders honorieren, denn sonst laufen wir Gefahr, die wesentlichen Ergebnisse in der Flut des Publizierten ebensowenig erkennen zu können, wie das in der unmoderierten Welt der (Online-)Informationen schon jetzt gebietsweise der Fall ist. […]

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… Sagte Andreas Meyer-Lindenberg, Direktor des Zentralinstituts für Seelische Gesundheit, Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie, in Mannheim sowie Mitglied der Ständigen DFG-Senatskommission für Grundsatzfragen in der Klinischen Forschung, in Laborjournal 7-8/2020 („Translationale Forschung in Pandemiezeiten“, S. 10-13).

 

Schwaches Data Sharing

24. März 2022 von Laborjournal

Bisweilen zieht sich eine gewisse kollegiale Schlampigkeit durch die Forscherzunft. Zum Beispiel, wenn es darum geht, Kolleginnen und Kollegen auf Anfrage weitere Informationen zu den eigenen publizierten Studien mitzuteilen. Dazu berichten wir beispielsweise Folgendes unter „Inkubiert“  in unserem aktuellen Heft:

Dass gerade Letzteres es häufig nahezu unmöglich macht, publizierte Ergebnisse durch „Nachkochen“ zu bestätigen, illustriert eine frische Arbeit zur Replizierbarkeit von Studien aus der präklinischen Krebsforschung (eLife 10: e67995). Insgesamt wollten deren Autoren 193 Experimente aus 53 Arbeiten replizieren. Jedoch fehlten darin zu viele wichtige Informationen über Methodik und Ergebnisse – oder waren zumindest ungenügend. Am Ende konnten sie für kein einziges Experiment ein Protokoll zu dessen Wiederholung entwerfen, ohne die Originalautoren um klärende Details zu bitten. Allerdings antwortete jeder Dritte von ihnen daraufhin überhaupt nicht, und nur ein Viertel lieferte wirklich hilfreiche Unterstützung.

Und siehe da, gerade eben sind wir über eine weitere Studie gestolpert, die ganz frisch über ähnlich schwaches Verhalten hinsichtlich Data Sharing berichtet. Ihr Titel lautet „Frequency of receiving requested data for a systematic review and associated factors: A cross-sectional study“, verfasst hat sie ein brasilianisches Autorenteam (Account. Res. 29(3): 165-77). Sinngemäß übersetzt steht als Kernergebnis im Abstract:

Ziel dieser Studie war es abzuschätzen, wie häufig man Daten erhält, die für das Verfassen eines systematischen Reviews angefordert wurden. Dazu kontaktierten wir per E-Mail Autoren von Studien mit dem Anliegen, dass wir zusätzliche Daten von ihnen benötigten. […] Von den 164 angeschriebenen Studien antworteten 110 (67,1 %), 51 schickten angeforderte Daten (31,1 %). Die mittlere Zeit bis zum Erhalt einer Antwort […] betrug 36 Tage. […] Das Anfordern von Daten für einen systematischen Review kostete folglich viel Zeit und hatte überhaupt nur bei drei von zehn Studien Erfolg.

Könnte es sein, dass die ach so gerne beschworene Scientific Community in punkto kollegiales Verhalten doch deutlich mehr Luft nach oben hat, als viele von ihrer eigenen Zunft gerne wahrhaben wollen? Und dass man vom hehren Ideal des freien Datenaustauschs zugunsten einer Open Science weiter entfernt ist, als man dachte? Schließlich scheint dieser ja noch nicht einmal auf direkte Nachfrage gut zu klappen.

Ralf Neumann

(Illustr.: pngtree)