„Wir simulieren ein Virus, das noch gar nicht existiert“

28. Oktober 2020 von Laborjournal

 

 

Gerade sind wir über ein Interview gestolpert, das wir in unserem Aprilheft 2009 publiziert hatten. Mitten in der zweiten Welle der aktuellen Corona-Pandemie wird einem schon ein wenig gruselig, wenn man es heute liest:

„Wir simulieren ein Virus, das noch gar nicht existiert“

 

In seiner Firma ExploSYS verbindet der Mathematiker Markus Schwehm Biologie und Medizin mit Statistik und Informatik. Heraus kam eine Simulations-Software, um Notfallszenarien wie eine Grippe-Pandemie realitätsnah durchspielen zu können.

Laborjournal: Die jüngste Grippewelle liegt gerade hinter uns. Wir leisten uns Überwachungsnetzwerke, unterhalten Gesundheitsämter und lesen ständig über viel versprechende Forschungsergebnisse. Dennoch können die Experten immer noch nicht vorhersagen, wie sich solche Epidemien verbreiten. Können Sie es?

Markus Schwehm: Die Vorhersage der alljährlich auftretenden Influenza-Epidemien ist in der Tat noch nicht möglich. Für dieses System fehlen uns nicht nur die Daten, es ist auch so kompliziert, dass wir mit unserer Software keine vernünftige Vorhersage leisten können. Stattdessen simulieren wir mit unserer Software das Auftreten einer Pandemie, also eines neuen Virustyps, gegen den in der Bevölkerung noch keine Immunität vorhanden ist und der sich weltweit verbreitet. Das macht das Modellieren einfacher als bei der saisonalen Grippe.

Was genau verkaufen Sie?

Schwehm: Ich mache im Vorfeld einer Epidemie Beratung für Gesundheitsämter. Dort will man zum Beispiel wissen, wie viele Arztbesuche im Ernstfall zu erwarten sind, wie viele Krankenhausbetten gebraucht werden, oder welche Mengen an Medikamenten vorrätig gehalten werden müssen. Zu den Kunden gehören aber auch Unternehmen, für die eine Pandemie existenzbedrohend sein kann. Hier geht es vorwiegend um Notfallmaßnahmen, um die Produktion im Ernstfall aufrecht zu erhalten.      Diesen Beitrag weiterlesen »

Pausenclown

26. August 2020 von Laborjournal

 
(Gezeichnet von Rafael Florés. Jede Menge weiterer Labor-Abenteuer von „Forscher Ernst“ gibt es hier.)

Reingefallen!

28. Mai 2020 von Laborjournal

Argh, irgendwann musste es uns ja auch mal passieren — und in unserem letzten Heft war es jetzt soweit: Wir sind auf ein manipuliertes Bild hereingefallen.

In Laborjournal 5/2020 brachten wir in unserer Rubrik „Das besondere Foto“ auf Seite 6 die folgende histologische Aufnahme:

 

Und wir schrieben dazu:

Solche Gesichter sieht man angesichts der Corona-Pandemie womöglich gerade öfter. Was der tunesische Pathologe Nejib Ben Yahia vom Farhat Hached Hospital in Sousse hier genau unter dem Mikroskop hatte, verrät er leider nirgendwo. Vielleicht kommt das Präparat jemandem unter unserer Leserschaft bekannt vor?

Die erste Antwort, die wir dazu erhielten, lautete:    Diesen Beitrag weiterlesen »

„Bitte publik machen, aber ohne meinen Namen!“

13. März 2019 von Laborjournal

In schöner Regelmäßigkeit bekommen wir anonyme Zuschriften. Mehr noch aber solche, in denen die Schreiber sich zwar zu erkennen geben, aber darum bitten, unbedingt ihre Anonymität zu wahren, falls wir über das von ihnen angeprangerte Thema berichten würden.

In all diesen Fällen brennt den Schreibern „ihr“ Thema so fürchterlich auf den Nägeln, dass sie der Meinung sind, man müsse die entsprechenden Missstände (oder gar ihre eigenen „schlimmen, aber durchaus typischen“ Fälle) unbedingt in der gesamten Forschungsszene bekannt machen. Klar, deswegen schreiben sie uns ja. Aber ihren Namen — nein, den wollen sie dann um Himmels willen nicht in dem Artikel stehen sehen.

Beispielsweise kam vor einiger Zeit im DIN A4-Kouvert ein ganzer Packen vermeintliches „Beweismaterial“, mit dem der anonyme Absender Datenmanipulationen in gleich mehreren Veröffentlichungen als klar belegt ansah. Im Begleitbrief drängte der „Whistleblower“ geradezu, dass wir „diese wichtige Sache“ unbedingt verfolgen und öffentlich machen sollten. Und am Schluss dann der typische Absatz:

Wie Sie sehen werden, sitzen die betreffenden Kollegen in politisch wichtigen Positionen und sind sehr einflussreich. Ich dagegen bin nur ein unerfahrener Doktorand […] und arbeite selbst noch am Ort des Geschehens. Aus diesem Grund muss ich schlimme Konsequenzen befürchten, wenn ich „den Mund aufmache“ — und möchte deswegen unbedingt anonym bleiben.

Viele werden jetzt sicher zustimmend nicken und denken: „Nur zu verständlich, dass dieser Doktorand unter solchen Umständen unerkannt bleiben möchte.“ Und wir? Wir prüften natürlich das „Beweismaterial“. Diesen Beitrag weiterlesen »

Der ewige Postdoc… SPRICHT!

6. Juni 2018 von Laborjournal

In unserer Laborjournal-Ausgabe 3/2018 wie auch hier im Blog präsentierten vor einigen Wochen den unten folgenden Jubiläums-Cartoon „20 Jahre Forscher Ernst“ — damals allerdings mit leeren Sprechblasen, also ganz ohne Worte.

Für die zugehörige Story beziehungsweise Pointe baten wir Euch, liebe Leser, um Ideen und Mithilfe. Und tatsächlich erreichten uns einige Vorschläge…

Ganz zuletzt lieferte auch Zeichner Rafael Florés selbst den folgenden Dialog:

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Und tja, was sollen wir sagen — er gefiel der Redaktion einfach am besten! Was nicht wirklich überrascht, da Rafael ja schon seit über zwanzig Jahren mit unserem „ewigen Postdoc“ zusammenlebt.

Aber auch die nächsten vier Text-Ideen fanden wir kaum schlechter, als da im einzelnen wären:

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… von Blog-Kommentator“Elliott“

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… von Lorenz Adlung, Weizmann Institute of Science, Rehovot/Israel

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… von Blog-Kommentator „knaxel“

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… von Kurt Stueber, Max-Planck-Institut für Züchtungsforschung in Köln

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Vielen Dank für’s Mitmachen! Neue Laborjournal-T-Shirts gibt’s für alle fünf Texte — sobald sie aus der Produktion endlich bei uns angekommen sind…

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Gene machen nix, und „Molekül“ ist nicht gleich „Verbindung“

4. Juni 2018 von Laborjournal

Ganz ehrlich — wir geben uns sehr viel Mühe, die teilweise komplexen wissenschaftlichen Zusammenhänge exakt auszudrücken.

Ein Beispiel: Nahezu alle Printmedien schreiben inzwischen, dass Gene etwas machen. „Gen X macht Krebs“, „Gen Y macht hässlich“, „Gen Z macht lange Finger“, und und und … Wir machen das nicht! Wir achten peinlich genau darauf, dass in unseren Texten Gene NICHTS machen. Denn in der Zelle machen sie schließlich auch nichts, da liegen sie nur mehr oder weniger verpackt herum. Vielmehr macht die Zelle mittels ihrer Enzyme was mit den Genen: Aktiviert und exprimiert sie, legt sie wieder still, vervielfältigt sie, repariert sie, modifiziert sie, ver- und entpackt sie,…

Nein, Gene an sich machen nix. Und selbst wenn es sich mittlerweile auch im Laborsprech etabliert hat, den komplexen Weg vom Gen zum Effekt schnell mal als „Gen X macht Effekt Y“ abzukürzen — in unseren geschriebenen Texten würden wir das als unexakt, ja sogar als schlampig empfinden. Daher versuchen wir, die „machenden Gene“ zu vermeiden — obschon uns sicherlich in manchem Text das eine oder andere doch mal durch die Lappen geht.

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Wieviele Moleküle, wieviele Verbindungen?

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Dass uns bisweilen aber noch weitere begriffliche Schlampigkeiten durch die Lappen gehen, darauf haben uns kürzlich zwei Leser aufmerksam gemacht. Und was sie jeweils genau anprangern, ist nicht nur richtig — sondern durchaus auch interessant, da die betreffenden Ungenauigkeiten womöglich auch vielen Leserinnen und Lesern nicht bewusst sind.

Leser Nr. 1 schrieb:

Sehr geehrte Damen und Herren,

in dem Untertitel zum Beitrag von Andrea Pitzschke innerhalb des Specials „Bioaktive Materialien“ ist mir ein Fehler aufgefallen:

Dort ist die Rede von „[…] regelmäßigen Sterilisationsmaßnahmen […]“ zur Prävention von Wundinfektionen. Hier hätte es Desinfektionsmaßnahmen heißen sollen. Eine nachträgliche Sterilisation einer Wunde ist nicht möglich, allenfalls eine Desinfektion, da die für eine Sterilisation erforderlichen physikalischen oder physikalisch-chemischen Verfahren für lebendes eukaryotisches Gewebe (und sicher auch für menschliches Gewebe) nicht verträglich sind.

Zum Trost: Ich bemühe mich schon einige Jahrzehnte Doktoranden und anderen Mitarbeitern die Unterschiede zwischen Desinfektion und Sterilisation beizubringen.

Mit freundlichen Grüßen, …

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Und Leser Nr. 2 schrieb etwas ausführlicher:

Sehr geehrte Damen und Herren,

als ein Medium für Medizin- und Biowissenschaften, also im naturwissenschaftlichen Bereich angesiedelt, ist das Laborjournal dem exakten Ausdruck wissenschaftlicher Begriffe verpflichtet. Schließlich ist eine saubere Ausdrucksweise notwendig für die eindeutige Kommunikation und das unbeschwerte Verständnis zwischen den Wissenschaftlern, besonders wenn sie aus verschiedenen Bereichen kommen. Auch bemühen wir Hochschullehrer uns sehr, den Studierenden klarzumachen, warum es so wichtig ist, sich klar und eindeutig auszudrücken. Ich glaube, diese Aspekte sind nicht sonderlich kontrovers.

Als Chemiker stört mich deswegen die Nutzung des Begriffs „Molekül“, wo „Verbindung“ (oder „chemische Verbindung“) gemeint ist. Ein Beispiel: Im Laborjournal Nr. 1-2 lese ich […in der Rubrik „Frisch erforscht“; die Red.]: „Trüffelaroma kann nämlich im Labor synthetisiert werden, der typische Geruch beruht im Wesentlichen auf vier bis sechs Molekülen.“ So empfindlich dürfte nicht einmal eine trüffelsuchende Schweineschnauze sein, dass vier bis sechs Moleküle ausreichten!

Ich vermute, dass der Autor vier bis sechs chemische Verbindungen meinte — aber was er schreibt, bedeutet einfach was anderes und ist schlicht falsch. Der Ausdruck oben sagt etwas anderes aus als vom Autor beabsichtigt. Diese schlampige Nutzung der beiden Begriffe, mit „Molekül“ als Synonym für „Verbindung“, sieht man leider zunehmend auch in rein chemischen Zeitschriften. Chemical and Engineering News, immerhin publiziert von der American Chemical Society, ist ein abschreckendes Beispiel dafür.

Man kann nur darüber spekulieren, warum diese Fehlnutzung so um sich greift. Findet ein Laborjargon Eingang in die Literatur? Ist die sprachliche Präzision kein Wert mehr? Sucht der Autor vielleicht nach einem Synonym für Verbindung? (Dann gibt es andere und unkritische Möglichkeiten: Substanz, Spezies, Material, et cetera — je nach Situation.) Wie auch immer — jedenfalls ist es für jeden Autor ratsam, seine eigenen Formulierungen immer wieder kritisch zu betrachten.

Mit freundlichen Grüßen, …

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Wir können uns bei diesen beiden Lesern nur bedanken. Vielleicht machen uns ihre Zuschriften in puncto exakte Begriffe ja wirklich künftig noch ein kleines bisschen besser.

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Zellen sind schlampig

27. März 2018 von Laborjournal

Wenn man sich als Fachmagazin für biologisch-medizinische Forschung etabliert, bleibt es nicht aus, dass man bisweilen auch fachliche Fragen gestellt bekommt. Und die sind manchmal gar nicht ohne. Vor allem, weil man ja offenbar deswegen gefragt wird, da „Freund Google“ keine schnelle Antwort liefert.

Ganz in diesem Sinne fanden wir vor Kurzem etwa folgende Frage in unserer Redaktions-E-Mail:

Liebe Redaktion,

mein Sohn lernt in der Schule gerade Translation und genetischen Code. Dies habe ich zum Anlass genommen, mit ihm das Rätsel „Kennen Sie den? Der übergangene Code-Knacker“, LJ 5/2017, anzuschauen. Das hat uns auf folgende Frage gebracht:

Wieso funktioniert die Translation in einem zellfreien System auch ohne Startcodon?

Tja. Tatsächlich findet man bei „Freund Google“ und auch sonst so gut wie überall, dass in der mRNA nach einer untranslatierten Leader-Sequenz zwingend das Start-Codon AUG kommen muss, damit das Ribosom sie richtig binden und im korrekten Leseraster mit der Translation beginnen kann. Gute Frage also, wie das im erwähnten Rätsel angesprochene Poly-U-Experiment, mit dem Heinrich Matthaei im Labor von Marshall Nirenberg das Triplett-Prinzip des genetischen Codes entschlüsselte, überhaupt funktionieren konnte. Schließlich gab Matthaei lediglich blitzeblanke Poly-U-RNA-Stränge zur Translation in das ansonsten Zell- und mRNA-freie E. coli-Extrakt — von Startcodons nicht der Hauch einer Spur. Wie konnten ihm danach dann trotzdem fix und fertig translatierte Poly-Phenylalanin-Ketten im Filter hängenbleiben — ganz wie es das Phenylalanin-Triplett UUU vorsieht?

Es dauerte ein Telefonat und noch ein klein wenig länger, bis unser Chefredakteur folgende Antwort zurückmailen konnte:

Biologische Prozesse sind eigentlich immer etwas „fuzzy“ und funktionieren nie hundertprozentig schwarz oder weiß! Das heiß im konkreten Fall, dass die Ribosomen auch RNAs ohne Startcodon transkribieren können — allerdings mit viel schlechterer Affinität und Effizienz. In der Zelle kommt das praktisch nicht vor, da die RNAs mit Startcodon gnadenlos in der Überzahl sind und die Ribosomen aufgrund ihrer starken Affinität immer wieder sofort neu besetzen. Die wenigen RNAs ohne Startcodon sind da völlig chancenlos.

Im Poly U-Experiment von Matthaei dagegen waren überhaupt keine RNAs mit Startcodon vorhanden, dafür aber ein riesiger, völlig unphysiologischer Überschuss an homogener Poly U-RNA. Daher konnten die Ribosomen am Ende trotz der geringeren Affinität aufgrund der fehlenden Konkurrenz durch andere RNAs genügend Poly U-RNA transkribieren — jedenfalls genug, dass Matthaei damit das Triplett-Codon UUU für Phenylalanin nachweisen konnte.

Zudem spielten auch die gegenüber der intakten Zelle stark veränderten physiologischen Bedingungen in Matthaeis Test eine gewisse Rolle — vor allem die Magnesium-Konzentration. Dazu mehr hier: https://tinyurl.com/yalvbdt4.

Ein klein wenig konnte „Freund Google“ am Ende also doch helfen.

Dennoch muss man sich wundern, dass dieses durchaus wichtige „Startcodon-Problem“ bei all den vielen Beschreibungen des Poly-U-Experiments praktisch völlig außer Acht gelassen wird. Zumal man ja mit der „Fuzziness“ — oder auf deutsch: Schlampigkeit — der Translation noch etwas ganz Generelles über biochemische und zellbiologische Prozesse in der Zelle lernen kann.

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Der ewige Postdoc

17. März 2018 von Laborjournal

Seit zwanzig Jahren schenkt uns Forscher Ernst seine Labor-Anekdoten. Zum Jubiläum könnt jetzt Ihr unserem „ewigen Postdoc“ eine Geschichte schenken.

Ja, tatsächlich. Seit nunmehr zwanzig Jahren ziert unser „ewiger Postdoc“ Ernst die Seite 8 in jeder Laborjournal-Ausgabe.

Und was fällt seinem Schöpfer Rafael Florés dazu ein? — NICHTS! Er schickt uns zu dem Anlass einfach eine Zeichnung ohne Story — und schreibt dazu: „Als ich anfing, den Cartoon zu zeichnen, wusste ich: In der dargestellten Situation steckt eine super Pointe. Doch als ich mit dem Zeichnen fertig war, fiel sie mir einfach nicht mehr ein. Vielleicht können Eure Leser helfen. Wäre doch eine nette Aktion zum Zwanziger-Jubiläum…“

Stimmt eigentlich. Also, liebe Leserinnen und Leser, lasst Eure Fantasie auf den Cartoon unten los und schickt uns Eure Vorschläge an redaktion@laborjournal.de — oder schreibt sie direkt ins Kommentarfenster unten. Die besten Textideen veröffentlichen wir und spendieren Laborjournal-T-Shirts dafür — selbstverständlich von den brandneuen, die demnächst bei uns eintreffen…

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Und wer gleich noch ein wenig in sämtlichen (!) Cartoons aus 20 Jahren „Forscher Ernst“ stöbern will, geht bitte hier entlang!
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Neues Tempo bei Tierversuchsanträgen

18. Dezember 2017 von Laborjournal

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In unserer September-Ausgabe 9/2017 berichtete unsere Autorin Karin Hollricher, wie das Thüringer Landesamt für Verbraucherschutz (TLV) die Bearbeitung von Anträgen auf Tierversuche unverhältnismäßig lange verschleppte. Zum einen verstieß das Amt damit gegen gesetzlich festgelegte Fristen — zum anderen sorgte es damit logischerweise für große Verärgerung unter den betroffenen Forschern. Vorläufiger Höhepunkt war ein Brief an den Thüringer Ministerpräsident Bodo Ramelow, in dem die Wissenschaftler unter anderem schrieben:

„Insgesamt ist die Lage für die Jenaer Lebenswissenschaftler verzweifelt. […] Wir fürchten nicht bloß um den erfolgreichen Abschluss eigener Projekte, sondern um die Zukunftsfähigkeit des Standortes.“

Das war ungefähr auch der Zeitpunkt, zu dem Karin Hollricher mit ihrer Recherche der ganzen Angelegenheit begann. Allerdings sollte sich diese zunächst als nicht ganz einfach erweisen, denn wie sie letztlich selbst im Artikel schrieb:

Die Wissenschaftler, zu denen wir Kontakt aufnahmen, erklärten durchweg, das Thema sei von höherer Stelle mit dem Prädikat „nicht öffentlich“ versehen worden.

Es herrschte also eine Art „Maulkorb-Erlass“.

Am Ende war der Ärger der Beteiligten aber offenbar stärker, so dass unsere Autorin letztlich doch genug Informationen bekam, um die Hintergründe der ganzen Angelegenheit in ihrem Artikel ausführlich darstellen zu können. Und auf diesen wollen wir diejenigen, die sich für die weiteren Details interessieren, jetzt auch verweisen…

Der eigentliche Grund, warum wir die Geschichte an dieser Stelle nochmals „aufwärmen“, ist vielmehr eine E-Mail, die uns gerade von einem der Betroffenen erreichte. Darin schreibt er:

Liebe Frau Hollricher,

zu Ihrem Artikel über die nicht bearbeiteten Tierversuchsanträge in Jena nun doch eine positive Rückmeldung. Der Dekan teilte uns auf der letzten Fakultätsratssitzung mit, dass in den letzten Wochen fast alle Anträge bearbeitet und der größte Teil auch bewilligt wurde. Das Problem mit dem Bearbeitungsstau sei praktisch gelöst. Der Vorsitzende der Tierkommission meinte sogar kürzlich, dass die Anträge zügig bearbeitet werden, seit die Problematik öffentlich gemacht wurde.

Ein schöner Erfolg! Wie gut, dass es in Deutschland eine freie Presse gibt.

Ihnen ganz herzlichen Dank, dass Sie sich der Sache angenommen haben! […]

Tatsächlich ein schöner Erfolg — und irgendwie passend zur Weihnachtszeit.

Ralf Neumann

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Gender-Debatte: Unsinnige Glaubenslehre in der Biologie?

15. September 2017 von Laborjournal

[Der folgende Beitrag des Kasseler Biologen Ulrich Kutschera erschien als „Brief an die Redaktion“ in unserer aktuellen Print-Ausgabe LJ 9/2017, S. 12-13. Derart gekennzeichnete Artikel geben ausschließlich die Meinung des Autors wieder. Die Sichtweise der Redaktion kann daher eine völlig andere sein. Wir bringen Kutscheras Beitrag parallel hier auf unserem Blog, um über das Kommentar-Fenster dessen direkte Diskussion zu ermöglichen.]

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Gender-Debatte: Unsinnige Glaubenslehre in der Biologie?

Der Kasseler Evolutionsbiologe Ulrich Kutschera antwortet auf Brynja Adam-Radmanics Beitrag „Biologie in der Gender-Debatte: Vom Feminismus geächtet, vom Rechtspopulismus umarmt“ aus Heft 5/2017 (S. 16 ff.). Seiner Ansicht nach gehört die sozialkonstruktivistische Gender-Lehre auf dem Friedhof unsinniger Gedankengebäude begraben. Genau so wie etwa der Kreationismus, der Wünschelruten-Glaube und die Homöopathie.

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Foto: iStock / Thomas Faull

Im Mai 2017 veröffentlichte das Laborjournal einen Artikel mit dem Titel „Biologie in der Gender-Debatte: Vom Feminismus geächtet, vom Rechtspopulismus umarmt“. In diesem, von Frau Brynja Adam-Radmanic verfassten Kommentar wird die Tatsache aufgegriffen, dass im Rahmen der Umbenennungsaktion Freiburger Straßennamen auch der Natur­for­scher Carl von Linné wegen seines mutmaßlich zweifelhaften Frauenbildes ins Kreuzfeuer geriet – und im Zusammenhang mit der sozialkonstruktivistischen Gender-Ideologie thematisiert (LJ 5/2017: 16-19).

Die Autorin vertritt die These, dass die wenigen Biologen, die es wagen, eine Geschlechter-Irrlehre als unwissenschaftlich zu kritisieren, dem „rechtspopulistischen Spektrum“ beizuordnen seien. Diese populäre Ansicht geht auf den amerikanischen Urvater der Gender-Dogmatik zurück: John Money (1921-2006), ein Psychologe und höchst umstrittener „Sexologe“, der die Kritiker seiner biophoben Theorie der 1950er Jahre („Babys kommen geschlechtsneutral zur Welt und werden anschließend in männlich/weibliche Richtung erzogen“) als „rechtsradikale Rassisten“ und Anti-Frauenrechtler diffamiert hat. Die Ursprünge und Kernthesen der Gender-Ideologie, von mir daher auch als Moneyismus bezeichnet, sind, mit vielen authentischen Quellenangaben und Zitaten versehen, in meinem Buch Das Gender-Paradoxon. Mann und Frau als evolvierte Menschentypen (2016) zusammengefasst.

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