Urlaub !!

5. August 2014 von Ralf Neumann

Der Laborjournal Blog macht Urlaub bis zum 26. August…

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Journal Covers, mal anders (10)

1. August 2014 von Ralf Neumann

Nature Neuroscience machte sein aktuelles Heft (Vol 17, No. 8) mit einem betont “rattigen” Hirn auf:

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… Und schrieb dazu:

During sleep, slow-wave activity (SWA) helps consolidate new memories and skills. Gulati and colleagues find that successful control of brain-machine interfaces (BMI) leads to coherent activation of task-relevant units during SWA, and that the more time spent in slow-wave sleep, the better the subsequent control of the BMI task. The cover depicts a sleeping rat as activity related to the control of the BMI is processed offline.

Cover image by Chelsea C. Wong (pp 1019 and 1107)

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Männer nehmen lieber Männer

29. Juli 2014 von Kommentar per Email

(Unser Autor Leonid Schneider referiert in folgendem Text eine neue Studie, nach der in den Life Sciences insbesondere männliche Top-Forscher am liebsten weitere Männer in ihre Gruppe holen.)

Frauen sind in den oberen Rängen der Forschungshierarchie leider immer noch stark unterrepräsentiert. Gleichzeitig ist, zumindest in den Lebenswissenschaften, das Geschlechtsverhältnis unter den Studenten und sogar Doktoranden schon seit längerem gut ausbalanciert. Spätestens bei den Nachwuchswissenschaftlern aber, und erst recht unter Professoren wird die Männer-Dominanz überdeutlich. Dabei tun die Universitäten und andere Forschungseinrichtungen doch ihr Bestes, um mehr Frauen in Führungspositionen zu etablieren. Sie bieten beispielsweise Kinderbetreuung vor Ort an und weisen in jeder Ausschreibung auf die Bevorzugung von weiblichen Bewerberinnen hin. Warum schaffen es denn so wenige Frauen bis zur Professur? Eine kürzlich in PNAS erschienene Studie hat nun folgendes aufgedeckt: „in den Life Sciences stellen männliche Fakultätsobere weniger Frauen ein“. Die Autoren sind Joan Smith, Software-Entwicklerin bei Twitter, und Jason Sheltzer, Doktorand bei der ausgesprochen erfolgreichen Zellbiologin Angelika Amon am MIT in Boston.

Für ihre Analyse sammelten die Beiden die Daten von über 2.000 Doktoranden, Postdocs und anderen Fakultätsmitgliedern in 24 der angesehensten US-Forschungseinrichtungen — und zwar allesamt aus Arbeitsgruppen, die primär molekularbiologisch forschen. Diesen Beitrag weiterlesen »

Best of Science Cartoons (28)

25. Juli 2014 von Ralf Neumann

— Die erste Zellteilung —

(Von Beatrice the Biologist)

Institutionen mit auf die Anklagebank

22. Juli 2014 von Kommentar per Email

(Unser Autor Leonid Schneider plädiert in folgendem Text für härtere Bestrafung bei vorsätzlicher Forschungsfälschung.)

Die Wissenschaft hat ein zunehmendes Glaubwürdigkeitsproblem. Immer mehr, zum Teil sehr hochkarätige Publikationen werden zurückgezogen oder von Kollegen öffentlich angezweifelt. Man siehe etwa nur die Retractions der beiden Nature-Paper über die märchenhaften STAP-Zellen

Die Gründe sind leider eher selten, wie oft von Autoren behauptet, „ehrliche Fehler“, sondern gravierende Datenmanipulationen, die nur mit Vorsatz zu erklären sind. Damit gerät die Glaubwürdigkeit der Wissenschaft in Gefahr — folglich muss etwas getan werden, um den Pfuschern in der Forschung das Handwerk zu legen.

Gewisse Lösungsvorschläge gehen bereits in die richtige Richtung. Diesen Beitrag weiterlesen »

Kleben mit Kraft — aber mit welcher?

18. Juli 2014 von Ralf Neumann

Man scheint nicht wirklich dahinter zu kommen, wie und warum Geckos kopfüber an glattesten Flächen kleben können. Obwohl der Mechanismus doch allerhöchstes Anwendungspotential verspricht.

Erst kürzlich berichteten wir an dieser Stelle über den verblüffenden Befund, dass die Kletterakrobaten im Trockenen zwar an bestimmten Teflonflächen (Polytetrafluoroethylen, PTFE) abrutschen — nicht aber, wenn die PTFE-Fläche mit einem Wasserfilm überzogen ist (PNAS 110(16): 6340-45). Kaum haben wir dies verdaut, gibt es schon wieder Verwirrendes von den Deckenläufern zu berichten — nämlich, dass die seit Jahrzehnten favorisierte Erklärung für deren Klebemechanismus offenbar falsch ist.

Ursprünglich vermutete man, dass sich zwischen Geckozehen und Kletterfläche elektrostatische Kräfte aufbauen. Diesen Beitrag weiterlesen »

Verrauscht und voller Fehler

11. Juli 2014 von Ralf Neumann

Die sogenannten Omiken haben die Biomedizin nachhaltig verändert. Seit die Rechnerkäfte wachsen und der Probendurchsatz mit immer größeren Mengen und immer schneller parallel machbar ist, heißt es: “Warum soll ich nur ein Gen/Protein analysieren, wenn ich alle auf einmal machen kann?” Entsprechend gilt heutzutage derjenige, der nur an einem oder einer Handvoll Proteine/Gene forscht, oftmals als geradezu hoffnungslos rückständig.

Masse zählt also. Doch wie sieht es mit “Klasse” aus? Welche Qualität haben etwa die Daten einer “Massenproduktion” bezogen auf das einzelne Protein oder Gen?

Interessanterweise gingen in unseren beiden aktuellen Jubiläumsausgaben — Lab Times-Ausgabe 50 und “20 Jahre Laborjournal” — gleich zwei Forscher auf diese Frage ein. Und mahnten Vorsicht beim Umgang mit Omik-Daten an.

Der ehemalige Gründungsdirektor des Dresdner Max-Planck-Instituts für Molekulare Zellbiologie und Genetik, Kai Simons, sagte im Lab Times-Interview:

Today, of course, you know… in every area we are confronted with thousands of proteins. That’s a big, big shift. We are facing complexity now but, we’re still using yesterday’s methods. Scientists are doing one gene after another and so forth and we know it is too slow. Then you try to put them into high-throughput… all these high-throughput papers, where most of the work is irreproducible. The problem is, nobody is responsible for the data. In the lab, when we work on one protein, we look for the optimal conditions; for example, when you want to do pull downs and identify interaction partners. However, we are trying to study thousands of proteins at once — using the same conditions for everything. It is obvious that there will be so much error. We have to come up with technological solutions to face the complexity.

Dazu passend referiert der Struktur-Molekularbiologe Patrick Cramer, Direktor am Göttinger Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, in seinem Laborjournal-Essay folgende Anekdote:

Um die fehlenden zellulären Mechanismen zu finden, stiegen wir vor einigen Jahren in die funktionale Genomik ein. Da die Transkription vom genomischen Kontext abhängt, mussten wir die Genaktivität global erfassen, nicht nur exemplarisch an einzelnen Genen. Einige Strukturbiologen winkten damals ab. Die Daten aus der Genomik seien doch total verrauscht. Ich wolle das doch nicht ernsthaft versuchen. Als Kristallograph sei ich doch harte Daten gewohnt. Das verunsicherte mich.

Und er bilanziert:

Genomweite Daten und systemische Ansätze fließen also zunehmend in die Molekularbiologie ein. Das bereitet manchen Unbehagen, denn die Möglichkeiten zur Fehlinterpretation sind mannigfaltig. Gerade deshalb ist es wichtig, sich genomweiten Daten mit einem molekular-mechanistischen Verständnis zu nähern.

Klingt, als wären die Datenproduktionen der Omiken vor allem Vorarbeiten, die man bei speziellem Einzelinteresse unbedingt kritisch prüfen müsse.

Ein Plädoyer für die biologische Grundlagenforschung…

8. Juli 2014 von Ralf Neumann

… halten Doktoranden der University California in San Diego (UCSD) in folgendem, nett gemachten Video:

2013 gewann das Werk den “Stand Up For Science”-Videowettbewerb der Federation of American Societies For Experimental Biology (FASEB).

Tipp: Tobias Maier via Twitter

Undurchsichtige Stiftung?

4. Juli 2014 von Kommentar per Email

Kürzlich erhielt die Laborjournal-Redaktion eine E-Mail, in der der Verfasser die Begutachtungspolitik der Else Kröner-Fresenius-Stiftung folgendermaßen kritisiert:

Ich habe mit dem Begutachtungsverfahren der Else Kröner-Fresenius-Stiftung äußerst negative Erfahrungen gemacht.

Zwei meiner im Abstand von etwa 12 Monaten eingereichten Anträge zu unterschiedlichen wissenschaftlichen Fragestellungen wurden bereits nach jeweils 2-monatiger Bearbeitungszeit abgelehnt. In der schriftlichen Mitteilung wurde mir empfohlen, die Ablehnungsgründe telefonisch abzufragen, was ich auch tat. Die Antworten waren aber nichtssagend: Es wurden formale Gründe genannt (der Antrag sei zu lang; der Antrag sei teilweise zu deskriptiv). Als wesentlicher Grund wurde jedoch auf eine zu niedrige Priorität in einem wie auch immer gearteten Vorbegutachtungsverfahren hingewiesen.

Ich möchte erwähnen, dass die Stiftung äußerst detaillierte Projektbeschreibungen einfordert. Es müssen beispielsweise ein bewilligter Tierversuchsantrag oder ein von der Ethikkommission genehmigter Antrag vorliegen. Die Vorbereitung solcher Anträge ist zeitraubend und relativ teuer.

Es wäre interessant zu erfahren, wie das Begutachtungsverfahren bei der Stiftung strukturiert ist. Bei der DFG ist dies mittlerweile absolut transparent und nachvollziehbar. Es werden ausführliche schriftliche Gutachten verschickt, die die Empfehlungen des zuständigen Panels (deren Mitglieder demokratisch gewählt werden und namentlich auf der Homepage erscheinen) beinhalten.

Es wäre schade, falls die Else Kröner-Fresenius-Stiftung ihre Mittel unabhängig von den üblichen Vorgaben der Peer-Review-Praxis verteilen würde und stattdessen einem nicht definierten „Bauchgefühl“ anonymer Gutachter folgt. In Zeiten knapper Ressourcen sollte dies bei einer finanzstarken Stiftung vermieden werden.

Ich würde mich sehr freuen, falls Sie dieser Frage nachgehen könnten und dadurch weiteren Antragstellern ähnlicher Ärger eventuell erspart werden könnte.

Möchte dazu jemand weitere Erfahrungen mitteilen? Entweder direkt im Kommentarfenster unten oder direkt an redaktion@laborjournal.de.

Bandenspuren

2. Juli 2014 von Ralf Neumann

Eine der “beliebtesten” Methoden der Datenfälschung in Forschungsartikeln ist das mehrfache Kopieren und Einsetzen derselben Gelbanden. Man nimmt eine besonders schöne Bande, kopiert sie — und fügt sie in weiteren Gelpuren dort ein, wo im Original entweder keine oder wenigstens keine besonders eindrucksvollen Banden waren. Um die ganze Betrügerei zu tarnen, werden die kopierten Banden oftmals zuvor in Photoshop noch leicht verzerrt, im Kontrast verändert, vertikal und horizontal gespiegelt oder anders manipuliert.

Womit man den Kopierern jedoch weiterhin auf die Spur kommen kann, sind die spezifischen Gel- oder Scanfehler, die sich in den jeweiligen Banden geradezu diagnostisch widerspiegeln. Die inzwischen weithin berüchtigte Fälschungsjägerin (oder -jäger), die sich hinter dem Pseudonym Clare Francis verbirgt, machte uns beispielsweise kürzlich auf diesen Gelausschnitt aufmerksam (auf das Bild klicken für eine vergrößerte Version):

Sofort fällt auf, dass die Banden 1, 3 , 5 und 7, wie auch die Banden 2, 4 und 6 formgleich sind. Solche nahezu deckungsgleichen Formen können bis zu einer gewissen Grenze natürlich dadurch entstehen, dass ähnliche Proben unter identischen Laufbedingungen im gleichen Gel liefen. Jetzt schauen wir uns aber die Banden 2, 4 und 6 mal genauer an. Vor allem in der vergrößerten Version erkennt man, dass jede einzelne am rechten oberen Rand einen auffälligen weißen Punkt an exakt der gleichen Stelle enthält (es gibt noch mindestens einen weiteren, nicht ganz so auffälligen rechts von der Mitte). Solche “Punkte” haben nun rein gar nichts mit den physikalischen Laufbedingungen des Gels zu tun, sondern resultieren entweder aus lokalen “Gelfehlern” (etwa eingeschlossenen Partikeln oder Luftblasen) oder aus wiederum lokalen Störungen im Gelscan. Dass solche streng lokalen Ereignisse zufälligerweise und völlig unabhängig voneinander dreimal ein und denselben “weißen Punkt” in drei sowieso schon formidentischen Banden verursachen — dafür dürfte die Wahrscheinlichkeit praktisch Null sein.

Clare Francis’ Urteil ist klar: Diese Abbildung wurde durch multiple Bandenduplikation manipuliert. Und wir finden dafür ehrlich gesagt auch keine andere Erklärung. Vielleicht jemand anders?

(Übrigens geben wir hier bewusst nicht preis, aus welcher Veröffentlichung der gezeigte Gelausschnitt stammt. Wir werden zunächst die Autoren und das betreffende Journal um Stellungnahmen zu den “Befunden” ersuchen.)

Und auch auf die Gefahr hin, Fälschungswillige weiter zu motivieren: Leider lassen sich mit ein bisschen mehr Photoshop-Arbeit auch die Formähnlichkeit der Banden und solche verräterischen Störungsmuster leicht beseitigen. Traurig, aber wahr. Wer weiß, in wie vielen Publikationen auf diese Weise bereits effektiv “alle Spuren verwischt” wurden.

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