Der Forscher ist ein armer Gnom, der noch nicht forscht an einem „-om“

20. September 2012 von Laborjournal

Art Wuster vom Sanger Institute in Cambridge hat in seinem Blog Seqonomics unter dem Titel „Which is the best ‚ome of them all?“ nachgezählt — und was herauskam, belegt eindrucksvoll die „-Omomanie“ der letzten Jahre:

„Genom“ ist also der klare Sieger, vor allem bei den „PubMed Hits“; mit Riesenabstand folgen „Proteom“ und „Trankriptom“.

Tja, und wer mit seinem Zeug partout nicht hineinpasst in Wusters Top 14, der benennt ganz einfach selbst ein geeignetes „-om“. Dies allerdings kann schnell lächerlich wirken. Diesen Beitrag weiterlesen »

Ohne Werkzeug geh‘ ich da nicht ran

8. Februar 2011 von Laborjournal

Schon mal was vom Harlow-Knapp-Effekt (H-K-Effekt) gehört? Nein? Nicht schlimm, denn den Begriff gibt es erst seit kurzem — genauer gesagt seit den Artikeln von Grueneberg et al. 2008 in PNAS sowie Fedorov et al. 2010 in Nat. Chem. Biol. über die Forschungsaktivitäten zu den einzelnen Proteinkinasen im menschlichen Proteom.

Und was beschreibt nun der H-K-Effekt? Eigentlich nichts wirklich Spektakuläres. Die beiden Gruppen fanden lediglich, dass drei Viertel aller Kinase-Paper lediglich 10 Prozent der insgesamt 518 humanen Kinasen abdecken. Umgekehrt tauchten etwa 60 Prozent dieser Kinasen gerade mal in 5 Prozent der Kinase-Paper auf — was heißt, dass etwa 300 Kinasen bisher von der Community praktisch ignoriert wurden. Im Prinzip ist’s also genauso wie mit der Verteilung des sogenannten Wohlstands innerhalb der Bevölkerung, oder der Nutzungshäufigkeit der einzelnen Wörter einer Sprache.

Interessanter wird die Sache mit dem H-K-Effekt nun aber mit einem neuen Paper von Ruth Isserlin et al., das sie im Open Access Archiv arXiv veröffentlichte. Dies vor allem, weil sie noch genauer hinschaute. Zuerst einmal stellt sie fest, dass das Feld im Jahre 2002 förmlich explodierte, als ausgehend von der Human-Genomsequenz die gesamte Familie der menschlichen Kinasen — das Human-Kinom — identifiziert und publiziert wurde. Entsprechend fanden Isserlin und Co. bis 2002 etwa 80.000 Kinase-Paper in den Datenbanken, von 2002 bis heute dagegen 120.000.

Der Clou an der Geschichte ist jedoch, dass sich die relative Verteilung auf die einzelnen Kinasen bis heute nicht signifikant geändert hat. Diesen Beitrag weiterlesen »

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