Engländer kommen billiger in Gen-Datenbank „FlyBase“

27. Juni 2018 von Laborjournal

(Gerade folgender Hinweis in der Redaktion eingegangen:)

„Ich wollte gerade ein Gen in der Drosophila-Datenbank FlyBase nachsehen. […] Hier ein Screenshot von dem, was ich vorfand (für größere Version auf’s Bild klicken):

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Interessant, dass Flybase unterstützt wird:

[…] by a grant from the National Human Genome Research Institute at the U.S. National Institutes of Health U41HG000739.

Und dass die den Support jetzt kürzen!

Noch interessanter aber ist die neue „Preisliste“: Europa gehört zu den „other countries“, wo jede Person 300 US-Dollar pro Jahr für den Zugang zur Datenbank zahlt — Amis und Engländer zahlen dagegen nur die Hälfte.

Hmm?…“

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Reproduzierbarkeitskrise? — Selber schuld!

13. Juni 2018 von Laborjournal

(Zugegeben, der folgende Text erschien bereits in etwas anderer Form als Editorial unserer Print-Ausgabe 10/2014. Kürzlich versicherte uns jedoch ein Leser, dass sich bis heute nichts an der Brisanz des Inhalts geändert habe — und dass es durchaus Sinn mache, ihn nochmals zu reproduzieren. Womit wir beim Thema wären…)

 

Die Forschung hat ein Reproduzierbarkeitsproblem. Mehrere Handvoll Studien zum Thema sind inzwischen publiziert — allesamt mit dem ernüchternden Ergebnis, dass die Autoren jeweils weit über die Hälfte speziell ausgewählter Studien nicht „nachkochen“ konnten (LJ 3/2014: 18-23). Und bekanntlich gilt ja nur als robustes wissenschaftliches Resultat, was unabhängig in Oslo, Osaka, Ouadougou oder wo auch immer reproduziert werden kann.

Doch nicht nur die Reproduzierbarkeit macht Sorgen. Seit 2005 mahnt der inzwischen berühmt-berüchtigte US-Epidemiologe John Ioannidis unermüdlich, dass die Mehrzahl der Forschungsergebnisse falsch sei — und zwar schlichtweg wegen lausiger und somit unhaltbarer Statistik (siehe auch unser Interview mit Ioannidis in Lab Times 4/2014: 30-33). „Why Most Published Research Findings Are False“ lautete damals der Titel seines aufsehenerregenden Papers in PLoS ONE (Bd. 2(8): e124).

Seitdem ist er nicht allein geblieben. Erst kürzlich griff etwa der Berliner Neurologe Ulrich Dirnagl das Thema in unserem Jubiläumsheft „20 Jahre Laborjournal“ mit einer eigenen Analyse auf (LJ 7-8/2014: 38-41). „Sind die meisten Forschungsergebnisse tatsächlich falsch?“, fragte er in Anlehnung an Ioannidis in der Überschrift. Und gab die Antwort bereits im Vorspann: „Leider ja — Bias und schlechte Statistik fluten viele Paper mit falsch positiven Resultaten.“

Bias, schlechte Statistik, Reproduzierbarkeitsmangel — all dies zusammen ergibt schnell ein übel riechendes Gebräu, über dem man leicht naserümpfend diagnostizieren kann: „Der Patient Wissenschaft ist wirklich krank.“ Doch worin könnte die Therapie bestehen? Man kann es drehen und wenden, wie man will — man landet immer wieder bei den Autoren und ihren Pflichten. Die folgenden zwei, gar nicht mal ganz neuen Studien sollen dies unterstreichen…       Diesen Beitrag weiterlesen »

Der ewige Postdoc… SPRICHT!

6. Juni 2018 von Laborjournal

In unserer Laborjournal-Ausgabe 3/2018 wie auch hier im Blog präsentierten vor einigen Wochen den unten folgenden Jubiläums-Cartoon „20 Jahre Forscher Ernst“ — damals allerdings mit leeren Sprechblasen, also ganz ohne Worte.

Für die zugehörige Story beziehungsweise Pointe baten wir Euch, liebe Leser, um Ideen und Mithilfe. Und tatsächlich erreichten uns einige Vorschläge…

Ganz zuletzt lieferte auch Zeichner Rafael Florés selbst den folgenden Dialog:

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Und tja, was sollen wir sagen — er gefiel der Redaktion einfach am besten! Was nicht wirklich überrascht, da Rafael ja schon seit über zwanzig Jahren mit unserem „ewigen Postdoc“ zusammenlebt.

Aber auch die nächsten vier Text-Ideen fanden wir kaum schlechter, als da im einzelnen wären:

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… von Blog-Kommentator“Elliott“

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… von Lorenz Adlung, Weizmann Institute of Science, Rehovot/Israel

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… von Blog-Kommentator „knaxel“

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… von Kurt Stueber, Max-Planck-Institut für Züchtungsforschung in Köln

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Vielen Dank für’s Mitmachen! Neue Laborjournal-T-Shirts gibt’s für alle fünf Texte — sobald sie aus der Produktion endlich bei uns angekommen sind…

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Gene machen nix, und „Molekül“ ist nicht gleich „Verbindung“

4. Juni 2018 von Laborjournal

Ganz ehrlich — wir geben uns sehr viel Mühe, die teilweise komplexen wissenschaftlichen Zusammenhänge exakt auszudrücken.

Ein Beispiel: Nahezu alle Printmedien schreiben inzwischen, dass Gene etwas machen. „Gen X macht Krebs“, „Gen Y macht hässlich“, „Gen Z macht lange Finger“, und und und … Wir machen das nicht! Wir achten peinlich genau darauf, dass in unseren Texten Gene NICHTS machen. Denn in der Zelle machen sie schließlich auch nichts, da liegen sie nur mehr oder weniger verpackt herum. Vielmehr macht die Zelle mittels ihrer Enzyme was mit den Genen: Aktiviert und exprimiert sie, legt sie wieder still, vervielfältigt sie, repariert sie, modifiziert sie, ver- und entpackt sie,…

Nein, Gene an sich machen nix. Und selbst wenn es sich mittlerweile auch im Laborsprech etabliert hat, den komplexen Weg vom Gen zum Effekt schnell mal als „Gen X macht Effekt Y“ abzukürzen — in unseren geschriebenen Texten würden wir das als unexakt, ja sogar als schlampig empfinden. Daher versuchen wir, die „machenden Gene“ zu vermeiden — obschon uns sicherlich in manchem Text das eine oder andere doch mal durch die Lappen geht.

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Wieviele Moleküle, wieviele Verbindungen?

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Dass uns bisweilen aber noch weitere begriffliche Schlampigkeiten durch die Lappen gehen, darauf haben uns kürzlich zwei Leser aufmerksam gemacht. Und was sie jeweils genau anprangern, ist nicht nur richtig — sondern durchaus auch interessant, da die betreffenden Ungenauigkeiten womöglich auch vielen Leserinnen und Lesern nicht bewusst sind.

Leser Nr. 1 schrieb:

Sehr geehrte Damen und Herren,

in dem Untertitel zum Beitrag von Andrea Pitzschke innerhalb des Specials „Bioaktive Materialien“ ist mir ein Fehler aufgefallen:

Dort ist die Rede von „[…] regelmäßigen Sterilisationsmaßnahmen […]“ zur Prävention von Wundinfektionen. Hier hätte es Desinfektionsmaßnahmen heißen sollen. Eine nachträgliche Sterilisation einer Wunde ist nicht möglich, allenfalls eine Desinfektion, da die für eine Sterilisation erforderlichen physikalischen oder physikalisch-chemischen Verfahren für lebendes eukaryotisches Gewebe (und sicher auch für menschliches Gewebe) nicht verträglich sind.

Zum Trost: Ich bemühe mich schon einige Jahrzehnte Doktoranden und anderen Mitarbeitern die Unterschiede zwischen Desinfektion und Sterilisation beizubringen.

Mit freundlichen Grüßen, …

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Und Leser Nr. 2 schrieb etwas ausführlicher:

Sehr geehrte Damen und Herren,

als ein Medium für Medizin- und Biowissenschaften, also im naturwissenschaftlichen Bereich angesiedelt, ist das Laborjournal dem exakten Ausdruck wissenschaftlicher Begriffe verpflichtet. Schließlich ist eine saubere Ausdrucksweise notwendig für die eindeutige Kommunikation und das unbeschwerte Verständnis zwischen den Wissenschaftlern, besonders wenn sie aus verschiedenen Bereichen kommen. Auch bemühen wir Hochschullehrer uns sehr, den Studierenden klarzumachen, warum es so wichtig ist, sich klar und eindeutig auszudrücken. Ich glaube, diese Aspekte sind nicht sonderlich kontrovers.

Als Chemiker stört mich deswegen die Nutzung des Begriffs „Molekül“, wo „Verbindung“ (oder „chemische Verbindung“) gemeint ist. Ein Beispiel: Im Laborjournal Nr. 1-2 lese ich […in der Rubrik „Frisch erforscht“; die Red.]: „Trüffelaroma kann nämlich im Labor synthetisiert werden, der typische Geruch beruht im Wesentlichen auf vier bis sechs Molekülen.“ So empfindlich dürfte nicht einmal eine trüffelsuchende Schweineschnauze sein, dass vier bis sechs Moleküle ausreichten!

Ich vermute, dass der Autor vier bis sechs chemische Verbindungen meinte — aber was er schreibt, bedeutet einfach was anderes und ist schlicht falsch. Der Ausdruck oben sagt etwas anderes aus als vom Autor beabsichtigt. Diese schlampige Nutzung der beiden Begriffe, mit „Molekül“ als Synonym für „Verbindung“, sieht man leider zunehmend auch in rein chemischen Zeitschriften. Chemical and Engineering News, immerhin publiziert von der American Chemical Society, ist ein abschreckendes Beispiel dafür.

Man kann nur darüber spekulieren, warum diese Fehlnutzung so um sich greift. Findet ein Laborjargon Eingang in die Literatur? Ist die sprachliche Präzision kein Wert mehr? Sucht der Autor vielleicht nach einem Synonym für Verbindung? (Dann gibt es andere und unkritische Möglichkeiten: Substanz, Spezies, Material, et cetera — je nach Situation.) Wie auch immer — jedenfalls ist es für jeden Autor ratsam, seine eigenen Formulierungen immer wieder kritisch zu betrachten.

Mit freundlichen Grüßen, …

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Wir können uns bei diesen beiden Lesern nur bedanken. Vielleicht machen uns ihre Zuschriften in puncto exakte Begriffe ja wirklich künftig noch ein kleines bisschen besser.

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