Engländer kommen billiger in Gen-Datenbank „FlyBase“

27. Juni 2018 von Laborjournal

(Gerade folgender Hinweis in der Redaktion eingegangen:)

„Ich wollte gerade ein Gen in der Drosophila-Datenbank FlyBase nachsehen. […] Hier ein Screenshot von dem, was ich vorfand (für größere Version auf’s Bild klicken):

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Interessant, dass Flybase unterstützt wird:

[…] by a grant from the National Human Genome Research Institute at the U.S. National Institutes of Health U41HG000739.

Und dass die den Support jetzt kürzen!

Noch interessanter aber ist die neue „Preisliste“: Europa gehört zu den „other countries“, wo jede Person 300 US-Dollar pro Jahr für den Zugang zur Datenbank zahlt — Amis und Engländer zahlen dagegen nur die Hälfte.

Hmm?…“

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Gene machen nix, und „Molekül“ ist nicht gleich „Verbindung“

4. Juni 2018 von Laborjournal

Ganz ehrlich — wir geben uns sehr viel Mühe, die teilweise komplexen wissenschaftlichen Zusammenhänge exakt auszudrücken.

Ein Beispiel: Nahezu alle Printmedien schreiben inzwischen, dass Gene etwas machen. „Gen X macht Krebs“, „Gen Y macht hässlich“, „Gen Z macht lange Finger“, und und und … Wir machen das nicht! Wir achten peinlich genau darauf, dass in unseren Texten Gene NICHTS machen. Denn in der Zelle machen sie schließlich auch nichts, da liegen sie nur mehr oder weniger verpackt herum. Vielmehr macht die Zelle mittels ihrer Enzyme was mit den Genen: Aktiviert und exprimiert sie, legt sie wieder still, vervielfältigt sie, repariert sie, modifiziert sie, ver- und entpackt sie,…

Nein, Gene an sich machen nix. Und selbst wenn es sich mittlerweile auch im Laborsprech etabliert hat, den komplexen Weg vom Gen zum Effekt schnell mal als „Gen X macht Effekt Y“ abzukürzen — in unseren geschriebenen Texten würden wir das als unexakt, ja sogar als schlampig empfinden. Daher versuchen wir, die „machenden Gene“ zu vermeiden — obschon uns sicherlich in manchem Text das eine oder andere doch mal durch die Lappen geht.

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Wieviele Moleküle, wieviele Verbindungen?

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Dass uns bisweilen aber noch weitere begriffliche Schlampigkeiten durch die Lappen gehen, darauf haben uns kürzlich zwei Leser aufmerksam gemacht. Und was sie jeweils genau anprangern, ist nicht nur richtig — sondern durchaus auch interessant, da die betreffenden Ungenauigkeiten womöglich auch vielen Leserinnen und Lesern nicht bewusst sind.

Leser Nr. 1 schrieb:

Sehr geehrte Damen und Herren,

in dem Untertitel zum Beitrag von Andrea Pitzschke innerhalb des Specials „Bioaktive Materialien“ ist mir ein Fehler aufgefallen:

Dort ist die Rede von „[…] regelmäßigen Sterilisationsmaßnahmen […]“ zur Prävention von Wundinfektionen. Hier hätte es Desinfektionsmaßnahmen heißen sollen. Eine nachträgliche Sterilisation einer Wunde ist nicht möglich, allenfalls eine Desinfektion, da die für eine Sterilisation erforderlichen physikalischen oder physikalisch-chemischen Verfahren für lebendes eukaryotisches Gewebe (und sicher auch für menschliches Gewebe) nicht verträglich sind.

Zum Trost: Ich bemühe mich schon einige Jahrzehnte Doktoranden und anderen Mitarbeitern die Unterschiede zwischen Desinfektion und Sterilisation beizubringen.

Mit freundlichen Grüßen, …

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Und Leser Nr. 2 schrieb etwas ausführlicher:

Sehr geehrte Damen und Herren,

als ein Medium für Medizin- und Biowissenschaften, also im naturwissenschaftlichen Bereich angesiedelt, ist das Laborjournal dem exakten Ausdruck wissenschaftlicher Begriffe verpflichtet. Schließlich ist eine saubere Ausdrucksweise notwendig für die eindeutige Kommunikation und das unbeschwerte Verständnis zwischen den Wissenschaftlern, besonders wenn sie aus verschiedenen Bereichen kommen. Auch bemühen wir Hochschullehrer uns sehr, den Studierenden klarzumachen, warum es so wichtig ist, sich klar und eindeutig auszudrücken. Ich glaube, diese Aspekte sind nicht sonderlich kontrovers.

Als Chemiker stört mich deswegen die Nutzung des Begriffs „Molekül“, wo „Verbindung“ (oder „chemische Verbindung“) gemeint ist. Ein Beispiel: Im Laborjournal Nr. 1-2 lese ich […in der Rubrik „Frisch erforscht“; die Red.]: „Trüffelaroma kann nämlich im Labor synthetisiert werden, der typische Geruch beruht im Wesentlichen auf vier bis sechs Molekülen.“ So empfindlich dürfte nicht einmal eine trüffelsuchende Schweineschnauze sein, dass vier bis sechs Moleküle ausreichten!

Ich vermute, dass der Autor vier bis sechs chemische Verbindungen meinte — aber was er schreibt, bedeutet einfach was anderes und ist schlicht falsch. Der Ausdruck oben sagt etwas anderes aus als vom Autor beabsichtigt. Diese schlampige Nutzung der beiden Begriffe, mit „Molekül“ als Synonym für „Verbindung“, sieht man leider zunehmend auch in rein chemischen Zeitschriften. Chemical and Engineering News, immerhin publiziert von der American Chemical Society, ist ein abschreckendes Beispiel dafür.

Man kann nur darüber spekulieren, warum diese Fehlnutzung so um sich greift. Findet ein Laborjargon Eingang in die Literatur? Ist die sprachliche Präzision kein Wert mehr? Sucht der Autor vielleicht nach einem Synonym für Verbindung? (Dann gibt es andere und unkritische Möglichkeiten: Substanz, Spezies, Material, et cetera — je nach Situation.) Wie auch immer — jedenfalls ist es für jeden Autor ratsam, seine eigenen Formulierungen immer wieder kritisch zu betrachten.

Mit freundlichen Grüßen, …

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Wir können uns bei diesen beiden Lesern nur bedanken. Vielleicht machen uns ihre Zuschriften in puncto exakte Begriffe ja wirklich künftig noch ein kleines bisschen besser.

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Teste Deine Fußball-Gene! Oder auch nicht!

11. Juli 2017 von Laborjournal

Das musste ja kommen. Schließlich ist der Gedanke, Genomik und Fußball zur lukrativen Geschäftsidee zu verbinden, ja auch allzu verlockend. Und siehe da, seit kurzem vertreibt die 2015 gegründete Firma Soccer Genomics ihren „DNA Soccer Test“ unter dem Slogan „Discover Your Soccer Genetic Blueprint“.

Für 299 US-Dollar schickt einem Soccer Genomics einen „Home-based Buccal Swap Kit“, mit dem man seine DNA-Probe entnimmt und verpackt, wie im folgenden Video gezeigt:

Dann schickt man das Ganze zurück zum Soccer Genomics-Labor, in dem deren Maschinen diejenigen Gene aus der Probe sequenzieren und analysieren, die angeblich irgendwie mit Fußball-relevanten Fähigkeiten und Qualitäten zusammenhängen. Welche Gene das im einzelnen sind, geschweige denn, warum genau sie für die individuellen Fußball-Fertigkeiten wichtig sein sollen — das sucht man vergeblich auf der Firmen-Webseite.

Wie auch immer, als Ergebnis bekommt man dann die individuelle Fußball-genetische Analyse von der Firma — samt einem extra erarbeiteten und ausgefeilten Trainingsplan, wie man als einzelner sein konkretes genetisches Kick-Potential am effektivsten zum phänotypischen Erblühen bringen kann. Frei nach dem Firmen-Motto:

[…] unlock your DNA key, and sit back as you witness the beginning of your real genetic evolution.

Na ja, was sollen wir sagen? Wundert es jemanden, dass wir uns die 299-Dollar, die die weitere Recherche gekostet hätte, am Ende doch lieber gespart haben? Eben! Wir glauben auch so nicht, dass die Firma mit ihrem Soccer Test irgendetwas Substantielles zutage fördert. Punkt!

Was einen nebenbei aber wundert, ist, dass die Soccer Genomics-Leute nicht eine Handvoll Promi-Fußballer eingespannt haben — um deren Analyse-Ergebnisse werbewirksam für sich zu vermarkten. Die Herren Ronaldo und Co. sind zwar nicht billig, aber machen doch ansonsten jeden Blödsinn mit…

Oder haben sie es vielleicht sogar getan? Und bei Manuel Neuer kam raus, dass er eigentlich die Reaktionsschnelligkeit einer Schildkröte haben müsste. Oder bei Thomas Müller, dass ihm völliger Orientierungsverlust drohe, wenn es um ihn herum etwas schneller zuginge. Oder bei Lionel Messi, dass er mit solchen Feinmotorik-Defiziten besser Schach spielen sollte…

Komisch, aber solche Ergebnisse würden uns jetzt nur begrenzt wundern.

Ralf Neumann

 

Wohin mit dem Riesen-Virus?

19. Juli 2013 von Laborjournal

So sehen sie also aus, die „Kolosse“ der neuen Gattung Pandoravirus, die gerade für so viel Aufregung sorgen:

(Elektronenmikroskopische Aufnahme: Chantal Abergel and Jean-Michel Claverie)

Gefunden wurde der „Brocken“ von französischen Forschern der Universität Aix-Marseille in australischem Schlamm. Beschrieben haben sie ihn gerade in Science (Vol. 341(6143): 281-86, plus Kommentar auf S. 226-27).

An dieser Stelle nur die wichtigsten Kennzahlen des neuen Größen-Rekordhalters:

  • Größe knapp 1 Mikrometer — „normale“ Viren sind im Schnitt 20mal kleiner;
  • DNA-Genom von 2,5 Mbp — mehr als viele Bakterien und sogar die kleinsten eukaryotischen Parasiten (etwa Encephalitozoon intestinalis mit 2,3 Mbp);
  • 2.556 Protein-kodierende Gene — „normale“ DNA-Viren haben 10 bis 300, Bakterien zwischen 180 und 7.000;
  • Nur 7 Prozent dieser Gene haben irgendwelche Analoge in den gängigen Datenbanken, 93 Prozent sind also offenbar komplett neu.

Alles zusammen, aber vor allem Letzteres lässt gerade viele darüber spekulieren, ob die Gattung Pandoravirus gar womöglich zu einer vierten Domäne des Lebens gehören könnte. Schließlich kann Pandoravirus mit dieser genetischen Ausstattung nicht auch nur annähernd auf eine der bekannten zellulären Linien zurückgeführt werden.

Sicher, Viren leben ja streng genommen gar nicht — und auch Pandoravirus kann sich nicht frei, sondern nur in seinem Amöbenwirt Acanthamoeba castellanii replizieren. Das Szenario zur „Vierten Domäne“ jedoch ist vielmehr, dass Pandoravirus sich womöglich erst sekundär aus einer primitiven und bisher völlig unbekannten Einzeller-Linie zum parasitären Virus zurück reduzierte.

Oder wie Elisabeth Pennisi es in ihrem Science-Kommentar ausdrückt:

Most of the pandoravirus genes don’t look like any genes in known databases, suggesting the viruses originated from a totally different primitive cellular lineage than bacteria, archaea, and eukarya. The tree of life may need to be redrawn to account for these new viruses, some researchers say.

(Weitere Artikel zu Pandoravirus hier, hier und hier)

This Is Evolution…

25. April 2013 von Laborjournal

Der Song „Thrift Shop“ von Macklemore & Ryan Lewis scheint besonders beliebt für Musikvideo-Parodien mit biowissenschaftlichen Inhalten. Nach dem Citrat-Zyklus (siehe Post vom 5. April) ist jetzt die Evolution dran:

(Von HJoo7a)

Endosymbiose auf frischer Tat ertappt

7. Dezember 2012 von Laborjournal

Da wir’s gerade sowieso mit Evolutionsthemen haben: Ein weiteres ist die Endosymbiontentheorie. Es gibt ja immer noch viele, die sagen: Nettes Konzept, durchaus mit einigen Indizien — aber immer noch nicht bewiesen.

In Nature veröffentlichte jetzt ein Team aus aller Herren Forscherländer ein weiteres starkes Indizien-Paper: „Algal genomes reveal evolutionary mosaicism and the fate of nucleomorphs“ (doi:10.1038/nature11759). Darin beschreibt die Schar aus über 70 Autoren die Sequenzierung sowohl der Cryptophyceen-Alge Guillardia theta, wie auch der amöboiden Grünalge Bigelowiella natans von den Chlorarachniophyta.

Was können uns diese beiden marinen Einzeller zur Endosymbiontentheorie sagen? Viel. Denn beide besitzen neben dem eigenen Kern noch ein weiteres diskretes Plastiden-Kompartiment, in das noch der Rest eines anderen Kerns — ein sogenannter Nucleomorph — mit eingeschlossen ist.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Mehr Gene als bisher gedacht

24. November 2012 von Laborjournal

Schon mal gemerkt, dass Studien mit dem Fazit „höher/weiter/mehr als bisher gedacht“ gerade große Konjunktur haben? Neuestes Beispiel: Gleich zwei frische Paper verkünden, dass nicht nur in Bakterien, sondern auch in frühen Eukaryoten horizontaler Gentransfer — also die Aufnahme von Genen anderer Organismen ins eigene Genom — weitaus häufiger stattfand „als bisher gedacht“.

In der ersten Studie widmeten sich chinesische Forscher den Bedingungen vor knapp einer halben Milliarden Jahre, als gewisse Moose als erste höhere Organismen das Wasser verließen. Um plausible Rückschlüsse auf diesen epochalen Landgang zu ziehen, blickten die Chinesen dem Kleinen Blasenmützenmoos Physcomitrella patens mit spezieller Software ein wenig schärfer ins bereits sequenzierte Genom. Am Ende hatten sie darin 128 Gene aus 57 verschiedenen Genfamilien identifiziert, welche die Moos-Vorfahren seinerzeit direkt aus Bakterien, Viren und Protozoen in ihr Genom integriert hatten. Diesen Beitrag weiterlesen »

Alter Schwede, die Nobelpreise stehen wieder an

24. September 2012 von Laborjournal

Mitte September. Der Urlaub ist vorbei, der Rest der semesterfreien Zeit mit Tagungen und Kongressen vollge­stopft — und wie jedes Jahr um diese Zeit sieht man den ein oder anderen Forscher bereits unruhig werden. Unauffällig stocken sie den Sektvorrat im Kühlraum auf und erkundigen sich beiläufig schon mal nach dem besten Partyservice der Stadt. Man kann ja nie wissen, ob etwa am 8. oder 10. Oktober nicht plötzlich das Telefon klingelt und vööööööllig unerwartet jemand aus Stockholm am anderen Ende ist…

Richtig, die diesjährigen Nobelpreise stehen wieder an — am 8. Oktober der für Medizin und zwei Tage später der für Chemie. Und wenn es zuge­ge­benermaßen auch nur wenige sind, die aufgrund berechtigter Hoffnungen nervös werden, so kann sich dennoch kaum eine Forscherin X oder ein Forscher Y dem ganzen Nobelpreis-Treiben entziehen. Denn ist man vielleicht auch selbst (noch) nicht preiswürdig, so hält man sich doch wenigstens für kompetent. Und weil man dies meint, hat auch jede und jeder seine persönlichen Favoriten.

Nennen Sie uns Ihre! Keine Scheu!

Auch wir von der Laborjournal-Redaktion lassen uns nicht lumpen und spekulieren ein wenig mit: Diesen Beitrag weiterlesen »

Tricks im Dunkeln

24. Mai 2012 von Laborjournal

Kollegen-Schelte riecht immer ein wenig komisch. Dennoch, heute halten wir uns einfach mal die Nasen zu — und richten den Finger auf biotechnologie.de.

Letzte Woche tauchte dort folgende Meldung auf: Gen-Trick: Pflanze keimt im Dunkeln“. Damit war biotechnologie.de nicht allein, denn parallel berichteten noch jede Menge anderer Medien über das Paper der Karlsruher Botaniker um Tilman Lamparter (Plant Cell 2012 May 11, Epub ahead of print). Zum Beispiel auch der Spiegel, bei dem die Überschrift allerdings lautete: Chemischer Trick gaukelt Pflanzen Licht vor“.

Ein Trick also. Aber was für einer? Ein chemischer oder ein genetischer? Oder beides? Liegt da womöglich jemand daneben mit seiner Überschrift?

Die Antwort lautet: Ja! Aber nicht das BMBF-gesponsorte Fachportal biotechnologie.de, sondern vielmehr Deutschlands größtes Publikumsmagazin mit rotem Cover trifft die Sache deutlich besser. Denn direkt mit Genen hatte nicht zu tun, was Lamparter und Co. mit dem Moos Ceratodon als auch mit Arabidopsis veranstalteten. Diesen Beitrag weiterlesen »

Schwierige Genetik

13. Dezember 2011 von Laborjournal

Dass Zeitungsjournalisten oftmals Schwierigkeiten haben, Ergebnisse aus der Genetik richtig zu verstehen, und diese daher gerne „überverkaufen“ — das hat deren Zunft inzwischen leider allzu oft bewiesen. Und es scheint noch lange kein Ende in Sicht…

Einfach klasse daher, wie der australische Postdoc Daniel MacArthur im Blog genomes unzipped aktuell ein besonders krasses Beispiel auseinandernimmt. Unter dem Titel „On bad genetics reporting“ zerreißt er die folgende Kurznachricht aus dem britischen Independent vom 5. Dezember:

Sleeping is all in the genes

Scientists have found the reason why some people need more sleep than others lies in their genes. A survey of more than 10,000 people showed those carrying the gene ABCC9, present in one in five of us, slept longer than the average of eight hours. The finding, which is published in Molecular Psychiatry, could explain why Margaret Thatcher only needed four hours a night as Prime Minister while Albert Einstein was said to sleep for 11.

Nur eine Überschrift plus drei Sätze zwar — aber unglaublich, was man da an Fehlern reinpacken kann. Diesen Beitrag weiterlesen »

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