Print Your Own Microscope

15. April 2016 von Carsten T. Rees

parts of the Bowman microscopeLooking for a high performance microscope that’s small enough to slip under a fume hood or inside a biosafety cabinet? One so cheap to produce that it’s practically disposable? 3D printing can provide the answer. Richard Bowman’s research group at the NanoPhotonics Centre in Cambridge, UK, purchased their first 3D printer around three years ago. Read more and get your own resource code and assembly instructions from the Bowman’s group from this Lab Times article by Laura Jane Brooks.

Kastrierte Methoden

14. Januar 2016 von Laborjournal

In unserer aktuellen Printausgabe schrieben wir unter „Inkubiert“, welch ärgerlich geringschätzige Politik manche Journals hinsichtlich der Referenzen betreiben. Daneben gibt es aber noch eine — vielleicht sogar noch wichtigere — Rubrik, bei der viele Journals den Anschein erwecken, als würden sie diese am liebsten gar nicht drucken: Material und Methoden.

Sehr schön illustriert diesen Eindruck die folgende Twitter-Diskussion aus dem Jahr 2014:
 


 
Die Symptome dieser Geringschätzung des „Material und Methoden“-Teils sind folglich,

  • ihn auf ein völlig unverständliches Maß zusammenzukürzen;
  • ihn ganz ans Ende des Artikel zu hängen;
  • dazu noch die Schrift auf eine schwer zu lesende Größe zu verkleinern;
  • oder ihn gar nicht zu drucken, sondern nur noch als Online-Supplement anzubieten.

 
Wie „Neuroskeptic“ schreibt: All dies sendet ein fatales Signal — nämlich, dass „Material und Methoden“ ein zu vernachlässigendes Anhängsel eines Forschungsartikels seien. Und dass das „Interessante“ — Entdeckungen und Erkenntnisse — ja sowieso woanders stehe.

Dabei wird doch (hoffentlich) jedem Jungforscher eingetrichtert, dass Forschungsergebnisse erst zählen, wenn sie jederzeit und überall unabhängig reproduziert werden können. Was natürlich nur geht, wenn man die beschriebenen Experimente absolut exakt „nachkochen“ kann. Und was braucht man dazu? Eben — eine bis ins letzte Detail exakte Beschreibung der verwendeten Materialien und eingesetzten Methoden.

Was machen daher also die Journals, wenn sie den vermeintlich ach so langweiligen „Material und Methoden“-Teil der Forschungsartikel immer mehr verstecken und kastrieren? Genau — sie sorgen zunehmend dafür, dass Forschungsergebnisse nicht mehr unabhängig verifiziert werden können.

Und war da nicht gerade was von wegen Reproduzierbarkeitskrise in der Forschung?…
 
 

Vogelperspektiven

11. April 2014 von Laborjournal

Biologen, bitte kurz mal den Blick weg von Eppi, PCR und Annotations-Software auf diesen Vogel richten:

Ein Riesenibis (Thaumatibis gigantea) — nach EDGE (steht für: Evolutionarily Distinct and Globally Endangered) die Nummer 1 unter den akut vom Aussterben bedrohten Vogelarten. Bilder von den folgenden Nummern 2 bis 100 gibt’s hier. Wenn Bench oder Rechner Euch Zeit lassen, ruhig mal reinschauen.

Best of Science Cartoons (25)

8. April 2014 von Laborjournal

(Autor: Tom Cheney, Cartoon von hier.)

Der heilige Phoresius, Schutzpatron der Elektrophorese

1. April 2014 von Laborjournal

 

Dass der heilige Albertus Magnus der Schutzheilige der Naturwissenschaftler ist, ist sicherlich einigen bewusst. Weniger bekannt dürfte sein, dass ausgerechnet der heilige Petrus als Schutzheiliger für „Bessessenheit“ fungiert. Genauso wie Johannes der Täufer für „Alkoholismus“, oder Quirinus von Rom für „Eitergeschwüre“.

Dass die Liste der Schutzheiligen durchaus die eine oder andere Skurillität birgt, dürfte damit klar sein. Dennoch wetten wir, dass so gut wie niemand einen der Allerskurillsten unter ihnen kennt — den Heiligen Phoresius, den Schutzpatron der Elektrophorese.

Phoresius war der Sohn eines armen Schwarzwälder Flößers. Bei seiner Geburt sollen Engelein seiner Mutter ein Lied gesungen haben, das mit dem Reim begann „Wander, wander Teilchen du im Feld dem richt’gen Pole zu“. Andere sagen, dies sei Legende — tatsächlich hätten die Englein vielmehr gesungen: „Schwimme, schwimme du Partikel, die Spannung hat dich schon am Wickel“.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Don’t Stop Pipetting…

25. Februar 2014 von Laborjournal

… Lab-Video-Parodie auf „Don’t Stop Believing“ von Glee:

Lyrics:

Just some young postdocs
Trying to make it to the top
One took the midnight tram
Going back to lab

For the past twelve months
Paper’s been stuck in review
Ten new experiments
From damn reviewer two…

Den Rest des Texts gibt’s auf der YouTube-Seite des Videos („Mehr anzeigen“ klicken).

Best of Science Cartoons (24)

18. Februar 2014 von Laborjournal
Via Twisteddoodles

Oh, sorry — nur eine Verwechslung !?

9. Dezember 2013 von Laborjournal

Geht es nur uns so? Uns jedenfalls scheint es, dass immer mehr Errata und Corrections zu Papern erscheinen, in denen die Autoren Duplikationen in Abbildungen, die meist von anderen entdeckt wurden, nach dem folgenden Muster entschuldigen:

„Uuups, Verzeihung — da ist uns wohl beim Zusammenstellen der Abbildungen etwas durcheinander geraten. Und jetzt ist dummerweise Bande X, Scan Y oder Gewebeschnitt Z nochmals in eine zweite Abbildung hineingerutscht, die ja ein ganz anderes Experiment zeigt. Aber keine Angst, wir haben die richtige Bande U, Scan V oder Gewebeschnitt W natürlich wieder gefunden — und zeigen sie Euch jetzt hier im Erratum. Vergesst also die alte Abbildung, nehmt diese hier — und Ihr werdet ganz schnell sehen, dass alles, was wir geschrieben haben, natürlich trotzdem unverändert richtig ist. Die Daten im Erratum zeigen das ja jetzt auch viel schöner. Nicht böse sein, kann ja mal passieren. Und wenn Euch in anderen Abbildungen wieder etwas auffällt, meldet Euch einfach — wir kriegen das hin!“

Okay, das war die Persiflage. Nehmen wir ein echtes Beispiel. In Blood (Vol. 122(14): 2523) erschien Anfang Oktober eine Correction mit folgendem Text:  Diesen Beitrag weiterlesen »

Best of Science Cartoons (20)

27. August 2013 von Laborjournal

(Von John Chase.)

„Re-Inkubiert“ (5)

23. August 2013 von Laborjournal

(Urlaubszeit in der Laborjournal-Redaktion. Nicht zuletzt deshalb machen wir es in den kommenden Wochen wie das TV: Wir bringen Wiederholungen. Bis Ende August erscheint jede Woche, jeweils im Wechsel mit einem weiteren „Best of Science“-Cartoon, eine bereits in Laborjournal print publizierte Folge unserer „Inkubiert“-Kolumne. Sicher, alle schon ein wenig älter — aber eigentlich noch immer aktuell.)

 

So gut wie jeder ehemalige Doktorand stellt sich irgendwann die Frage: „Wenn alle Experimente, die in meiner Doktorarbeit stehen, immer sofort geklappt hätten — wie lange hätte sie wohl gedauert?“ Und obwohl natürlich Art der Arbeit und des experimentellen Systems eine entscheidende Rolle spielen, ist wohl jeder zu dem Schluss gekommen: „Viel kürzer als die drei, vier oder fünf Jahre, die ich tatsächlich gebraucht habe.“ Die Frage scheint ehemalige Doktoranden gar derart zu beschäftigen, dass sie auch im Internet ausgiebig diskutiert wird. Einer dieser Debattierer rechnet in seinem Weblog etwa vor, dass er mit „magischen Fingern“ gerade mal drei Monate für sämtliche Ergebnisse seiner Doktorarbeit hätte experimentieren müssen — inklusive zweimal Reproduzieren. „Magische Finger“ hatte er aber nicht, und so brauchte er tatsächlich fünf Jahre. Zieht man nun noch drei Monate für‘s Zusammenschreiben ab, kommt er auch eine „Erfolgsrate“ von 5%. Statistisch gesehen hätte er folglich nur etwa alle drei Wochen jeweils am richtigen Tag ins Labor kommen müssen. Sein Fazit daher: „Es sieht so aus, als ob in der experimentellen Forschung die Dinge gewöhnlich nicht funktionieren. Und es sieht so aus, als wäre das ganz normal.“ Dass diese Rechnungen allerdings in der Realität nicht aufgehen, wissen indes auch nahezu all diese Debattierer. Selbst der „5%-Rechner“ von oben räumt ein, dass die verbleibenden 95% für die Arbeit wohl genauso wichtig sind — auch wenn die Resultate nicht in Arbeit oder Paper stehen. Warum? Weil man Techniken erst lernen muss; weil einem zuweilen erst negative Resultate — oder gar Fehler — den richtigen Weg weisen; weil viele unerwähnte Vorversuche notwendig sind, um die optimalen Bedingungen etwa für biochemische Reaktionen zu ermitteln; und so weiter… Darüber herrschte am Ende der erwähnten Diskussion denn auch weitgehend Einigkeit. Das Schlusswort lautete: „Ein Experte ist der, der bereits jeden Fehler wenigstens einmal selbst gemacht hat.“

(aus Laborjournal 6-2007, Foto: © cameraman — Fotolia.com)
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