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Tipp 83:
Probieren Sie doch mal FISH blau!
Winzige DNA-Pellets einfach wieder finden

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Na, wo ist es denn? Gar nicht so einfach zu sagen, wenn das DNA-Pellet stecknadelklein irgendwo und unerkannt im Reaktionsgefäß klebt. Mit dem nachfolgenden Lesertipp finden Sie es problemlos wieder.

Nicht nur bei der Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) gilt: Das Suchen nach dem verflixten DNA-Pellet gleicht manchmal dem sprichwörtlichen Aufstöbern von Stecknadeln in Heuhaufen. Ulrike Gamerdinger vom Institut für Pathologie des Universitätsklinikums Gießen weiß Abhilfe: Sie schlägt hier einen simplen Trick vor, der sich in etwa mit "FISH blau" umschreiben lässt:


"Wenn man seine DNA-Sonden für die FISH selber markiert, sieht man sich anschließend damit konfrontiert, diese zu fällen, um sie anschließend in einem Hybridisierungspuffer aufzunehmen. Die gefällte DNA findet sich in der Regel als etwa stecknadelkopfgroßes Pünktchen am Grunde eines Reaktiosgefäßes. Ist diese dann noch getrocknet, ist sie relativ schwierig zu sehen. Was tun?

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Um das DNA-Pellet besser begutachten zu können, kann dem zu fällenden DNA-Ansatz Dextranblau als Farbstoff zugesetzt werden. Ein Ansatz zur DNA-Fällung sieht dann beispielsweise folgendermaßen aus:
  • x µl DNA-Sonde 1
    (y µl DNA-Sonde 2, z µl DNA-Sonde 3, ...)
  • 10 µl Cot1
  • 3 µl salmon testis-DNA
  • 5 µl Blaumarker
  • 10 % des Vol. Natriumacetat
  • 2,5 x Vol. absoluter Alkohol
(Blaumarker: 0,5 % Dextranblau, 0,1 M NaCl, 20 mM EDTA, 20 mM Tris pH 7,8)



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Die gefällte DNA zeigt sich nach dem Abzentrifugieren als blaues Pellet. Auch getrocknet ist es noch gut sichtbar und das anschließende sich lösen der DNA-Sonde lässt sich gut kontrollieren. Darüber hinaus hat der Hybridisierungsansatz eine leicht bläuliche Färbung, die auch beim Auftragen auf den Objektträger hilfreich ist. Eine Beeinträchtigung der Hybridisierung durch den Farbstoff konnte ich noch in keinem Fall feststellen. Ich hoffe, dieser Tipp ist für einige Laborjournal-Leser hilfreich."

Ulrike Gamerdinger
(Institut für Pathologie,
Universitätsklinikum Gießen)


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Letzte Änderungen: 25.07.2005


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