Tipp 63:
Die Wahrheit über Freeze & Squeeeze

Eine kleine Methode sorgt für großen Wirbel: In Laborjournal 04/2004 stellte Michael Radke eine verbesserte Freeze & Squeeze“-Anwendung vor, in Ausgabe 05/2004 beschrieb Andreas Maier die Originalmethode. Aufmerksame Leser schickten uns folgende, kritische Anmerkungen:

Im Prinzip korrekt, aber ...

... meint Diethard Tautz (Evolutionsgenetik/Universität Köln) zum Tipps & Tricks-Artikel im letzten Laborjournal 05/2004:

"Die Aufklärung zu "Freeze Sequeeze 1.0" im letzten Heft ist im Prinzip korrekt, aber das zugehörige Zitat stimmt leider nicht ganz. Es wird hier mein eigenes Paper zitiert (Tautz, D. & Renz, M. (1983): An optimized freeze-squeeze method for the recovery of DNA fragments from agarose gels. Anal. Biochem. 132 (1): 14-19), das aber schon eine Weiterentwicklung der Methode darstellt, wie auch aus dem Titel erkennbar ist (ich konnte damals zeigen, dass man statt der Fingerquetschmethode auch Zentrifugation nutzen und die Ausbeute durch Equilibrierung in einer Na-Acetat-Lösung steigern kann). Wir haben uns damals auf ein acht Jahre älteres, niederländisches Paper bezogen, in dem die Methode erstmals beschrieben wurde (Thuring, R.W. et al. (1975): Freeze-squeeze method for recovering long DNA from agarose gels. Anal. Biochem. 66 (1): 213-220).

Mein Paper ziert übrigens Platz eins meiner Publikationsliste, was meinen damaligen Doktorvater veranlasste zu orakeln, dass eine Karriere, die mit einem technischen Paper beginnt, eigentlich nicht gut verlaufen kann..."


Wohl bereits vor 1975 erfunden

Mikrobiologe Klaus Neuhaus von der TU München/Freising sowie Entwicklungsbiologin Mireille Schäfer aus Kassel schrieben uns ganz ähnliches wie Diethard Tautz. Nachfolgend Neuhaus’ Mail:

"Die Freeze & Squeeze-Sache wurde schon 1975 publiziert und wahrscheinlich einige Zeit davor erfunden. Nicht wie fälschlicherweise angegeben von Tautz & Renz 1983. Möglicherweise haben letztere es modifiziert."


Sogar noch älter?

Bereits Anfang der 70er Jahre frierquetschte man in Berlin, meint Bernhard Behrens (damals AG Trautner):

"Also wir haben am Institut für Molekulare Genetik in Berlin in der Abteilung von Prof. Dr. Trautner schon Anfang der 1970er Jahre DNA gefreezed und gesqueezed. Unser Chef hatte diese Methode aus Amerika mitgebracht. Die Methode ist also älter, als Sie schreiben, und geht auf andere Quellen zurück."


Bis heute bewährt

Positives zur fortentwickelten Freeze & Squeeze-Methode 2.0 (siehe Laborjournal 04/2004) hat Günther Keil von der Bundesforschungsanstalt für Viruserkrankungen bei Tieren (Insel Riems) zu vermelden:

"Wenn mich meine Erinnerung nicht trügt, habe ich Anfang der 80er Jahre von Axel Brennicke in Tübingen (ja, einem Highlight der LJ-Kolumnisten!) von Freeze-Squeeze 1.0 erfahren und in meinem Labor umgesetzt. Allerdings waren die Fragmentausbeuten in meinen Händen nicht besonders gut. Das änderte sich schlagartig, als um 1990 eine Diplomandin von einem Tübinger MPI Version 2.0 mitbrachte. Seitdem ist diese Präparation von Fragmenten aus Agarosegelen Standard in meinem Labor.

Erwähnenswert scheint mir, dass wir mit Freeze & Squeeze 2.0 Fragmente von 50 bp bis 135.000 bp nahezu quantitativ eluieren können und diese sich ohne weitere Aufarbeitung für alle unserer "downstream"-Anwendungen, darunter Transfektion in Zellkulturen, eignen."


Ganz andere Alternative

Zu guter Letzt: Marina Wenzel vom Institut für Biochemie (Uni Erlangen-Nürnberg) holt sich ihre DNA-Fragmente auf eine andere Weise aus dem Gel:

"Bei unserer Alternativmethode tragen wir die Probe einfach auf ein Low-Melt-Gel auf, schneiden das gewünschte Fragment aus, und zerstampfen es mit einem kleinen Eppi-Mörser (man kann es auch mit einer blauen Pipettenspitze zerkleinern). Dann zentrifugieren wir 5 Minuten ab und arbeiten mit dem die DNA enthaltenden Überstand weiter. Mal ganz ohne Phenol und Einfrieren."



Letzte Änderungen: 08.09.2004