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Tipp 158:
Weiße PAGE-Gele

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Erinnern Sie das letzte Mal, als Sie nach einer gewissen Probe in einem dieser ULT-Gefrierschränke suchten? mehr

Paul Ehrlich benutzte Methylenblau bereits 1885 zur Vitalfärbung der grauen Substanz in peripherem Nervengewebe. Der Farbstoff ist aber auch für Molekularbiologen bei der Färbung von PAGE-Gelen interessant.


Gelbanden fixieren

Die Färbung von Nukleinsäuren in PAGE-Gelen mit Methylenblau ist eine kostengünstige und ungiftige Alternative zur Ethidiumbromid-Färbung. Doch die Methylenblau-Färbung hat einen entscheidenden Nachteil: Die blauen Banden werden nach einigen Stunden unsichtbar, wenn man das Gel nicht trocknet. Ohne speziellen Geltrockner verläuft die Trocknung aber sehr langsam und das Gel sieht danach aus wie eine verschrumpelte Pflaume.

Mit einem simplen Verfahren, das Ana Maria Soto und David Draper von der Towson beziehungsweise Johns Hopkins Universität kürzlich vorstellten, kann man das Methylenblau auch in luftgetrockneten PAGE-Gelen „fixieren“ (Anal. Biochem, 2012, 421, 345-6).
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Dazu färbt man das Gel zunächst wie üblich in einer Lösung aus 0,03 % Methylenblau und 300 mM NaAc (pH 5,2) bis es blau ist (nach etwa 15 Minuten). Anschließend entfärbt man das Gel mit Wasser, bis es transparent erscheint und nur noch die blauen Banden sichtbar sind.


Getränkt in Alkohol

Dann kommt der entscheidende Trick. Das Gel wird für 25 Minuten in 95 % Ethanol eingelegt wobei der Alkohol in dieser Zeit dreimal ausgetauscht und durch neuen ersetzt wird. Während dieser Prozedur schrumpft das Gel (ein 7 x 9 cm Minigel auf etwa 5 x 6,5 cm) und wird weiß.

Im Anschluss daran wickelt man das Gel in eine Haushaltsfolie und trocknet es für 30 Minuten an der Luft. Dabei streift man das Gel immer wieder glatt und wendet es, bis es eine gummiartige Konsistenz erhält und nicht mehr am Laborhandschuh klebt. Anschließend entfernt man die Folie und trocknet das Gel über Nacht. Um zu verhindern, dass sich das Gel verformt­, kann man es zwischen die Blattstapel eines Notizblockes legen.

Die so getrockneten Gele lassen sich nahezu unbegrenzt lagern ohne die blauen Banden zu verlieren. Darüber hinaus erhöht der weiße Gel-Hintergrund und das Schrumpfen des Gels die Sichtbarkeit der gefärbten Banden.

Harald Zähringer


Trick 158

Mit Methylenblau gefärbtes PAGE-Gel vor (oben) und nach Fixierung der Banden. Aufgetragen wurden unterschiedliche Mengen kurzer RNA-Fragmente. Im geschrumpften, weißen Gel unten sind die Banden besser zu sehen. So erkennt man etwa in der vierten Bahn, die mit einer 27 Nukloitide langen RNA beladen wurde, eine feine Bande degradierter RNA.

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Letzte Änderungen: 26.03.2012


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