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Tipp 120:
Analytische Ultrazentrifugation - Molekulargewichtsbestimmung mit der Ultrazentrifuge

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Defekte UZ

Leider nicht mehr für die Bestimmung des Molekulargewichtes von Membranproteinen geeignet: Ultrazentrifuge die ein geplatzter Rotor zerlegt hat.

Liebe Laborjournal Redaktion,

Hubert Rehm hat in seinem Artikel "Strukturprobleme" in der Laborjournal-Serie "Neulich an der Bench" (LJ 10/2007, Seite 78-79) wunderschön geschildert, wie Forscher bei Strukturbestimmungen von Membranproteinen oft dastehen wie der sprichwörtliche Ochs vor dem Scheunentor. Er hat in seinem Beitrag jedoch unterschlagen, dass man das Molekulargewicht eines Membranproteins auch mit der Analytischen Ultrazentrifugation (AUZ) bestimmen kann, um die Zahl der Untereinheiten herauszufinden.

Wie ich bereits in meinem Artikel "How dense are membrane protein complexes?" in Lab Times (2/2006, Seite 46) geschrieben habe, muss man bei der Analytischen Ultrazentrifugation beachten, dass das Molekulargewicht von der Dichte des Komplexes abhängt. Welche Rolle die Glykolysierung des Proteins und das prozentuale Verhältnis der Dichte von Protein zu Zucker dabei spielt und wie man dieses Problem löst, kann man in unserem im Jahr 2000 erschienen BBA-Paper nachlesen (Lustig et al. BBA, 1464, 199-206). Unsere Methode der "Gravitational Transperency" bei der AUZ wurde zum Beispiel von einer Forschungsgruppe von Hoffman la Roche übernommen und bestätigt, die damit den Zuckergehalt der untersuchten Proben gemessen hat (Ruf et al. BBRC 2004, 315, 247-254).

Für die Berechnung des Molekulargewichtes nach dem AUZ-Lauf haben wir das Programm SEGAL geschrieben (Machaidze und Lustig, Journal of Biological Physics and Chemistry 2006, 6, 91-102). Jedes andere AUZ-Programm funktioniert jedoch auch, so lange man die Gravitational Transperency Methode verwendet und die Hydratations-Bedingungen beachtet.

Ariel Lustig
(Biozentrum Basel)

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Letzte Änderungen: 09.02.2008


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