Tipp 105:
Plastik- versus Glaskapillaren

Die Verbrauchsmaterialien für die Real-Time-PCR verschlingen eine Menge Geld. Frank Willmroth und Ritva Atmanspacher suchten nach Einsparmöglichkeiten und fanden sie bei den Kapillaren.

"Aus Kostengründen haben wir Plastikkapillaren getestet und mit den herkömmlichen Glaskapillaren verglichen. Dazu haben wir uns für 14 Tage einen kostenlosen Testkit mit reichlich Kapillaren, ein LightCycler-Karussell und einen Transfer-Pin schicken lassen.

Von der Handhabung her gibt es kaum Unterschiede zu den Glaskapillaren. Vereinfacht ist das "Versenken" des Realtimemixes in die Kapillaren mittels Zentrifugation, da die Kunststoffkapillaren einfach in ein 1.5 oder 2.0 ml Reaktionsgefäß gestellt werden können, ohne den sonst benötigten Adapter für eine gewöhnliche Tischzentrifuge.

Zum Vergleich der Kapillaren haben wir in Triplikaten eine beliebige cDNA in log-Schritten verdünnt und ein Amplikon für das ribosomale S12 Protein für die Real-Time-PCR verwendet. In zwei unabhängigen Läufen haben wir jeweils eine cDNA-Verdünnungsreihe in den Plastik- und eine in den Glaskapillaren als Template verwendet, ohne eine Veränderung/ Anpassung des Temperaturprofils für die Amplifikation vorzunehmen (Einzelheiten u. Rohdaten unter www.tbit-info.de/realtime.pdf).

Der Vergleich der Rohdaten zeigt, dass die Fluoreszenzausbeute und die Cp-Werte zwischen Plastik- und Glaskapillaren vergleichbar sind (Abb.1). Die Detektionsgrenze/Empfindlichkeit scheint mit den Plastikkapillaren unwesentlich besser zu sein.

Fazit: Die erzielten Ergebnisse mit den Plastikkapillaren sind mindestens mit denen der Glaskapillaren vergleichbar. Die Verwendung der Polycarbonatkapillaren war ohne Änderungen am Original PCR-Protokoll möglich. Die Plastikkapillaren sind stabiler, entscheidend für uns war aber, dass sie 40 % günstiger sind."






Letzte Änderungen: 08.06.2006