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Methoden & mehr: Daten

Bioinformatik Programme Webtools

Bioinformatik

Künstlicher Retina-Diagnostiker

Methode: Eine künstliche Intelligenz erkennt in Aufnahmen des Augenhintergrundes, ob sich Herz- oder Nierenkrankheiten anbahnen.

Proteinstruktur-Vorhersage mit Alphafold2

Methode: Das Programm AlphaFold2 sagt ausgehend von der aminosäuresequenz und mithilfe Multipler Sequenz-Alignments sowie Protein-Templates

Editorial

Interview Martin Steinegger zu ColaFold

Methode: ColabFold schickt die eingegebene Proteinsequenz zu einem MMseq2-Server, der sie mit Sequenzen in drei verschiedenen Datenbanken abgleicht

Editorial

Flexible HLA-Typisierung

Methode: mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit und voll automatisiert können die richtigen Genotypen für die unterschiedlichen HLA-Gene bestimmt werden.

Forschungsfeld Zöliakie

Methode: Eine wissenschaftliche Disziplin allein reicht nicht aus, um die Ursachen der Zöliakie zu erforschen.

Die EMBO Software Suite EMBOSS

Methode: EMBOSS ist ein enorm umfangreiches Programmsystem zur Sequenzanalyse, das kontinuierlich weiterentwickelt wird

Editorial

Q2 EVOLVE epromo von INTEGRA

Gewinnen Sie ein limitiertes, individuell bedrucktes EVOLVE-Starterpaket mit manuellen Pipetten von INTEGRA mehr

Programme

Simulate-GPT

Methode: Sprachmodelle wie ChatGPT könnte man als virtuelle Experten einsetzen, die Vorhersagen zu verschiedenen biomedizinischen Szenarien treffen,

Untrüglicher Blick auf Phänotypen

Methode: Sind Signalwege während der Zebrabärbling-Entwicklung gestört, sehen das Experten schnell. Die KI EmbryoNet macht den Job noch besser.

Alphafold2-Nachfolger

Methode: Das Proteinstrukturvorhersage-Programm AlphaFold2 benötigt multiple Sequenz-Alignments bekannter Proteine, um die Strukturen unbekannter Proteine

Editorial

Welche Pipettiertechnik passt am besten zur Anwendung?

Luftpolsterpipette oder Mehrfachdispenser – mit den Systemen von BRAND treffen Sie die richtige Wahl. mehr

Entwicklung eines neuen Laborinformationssystems

Methode: das medizinische Laborinformationssystem der Zukunft muss einfach zu bedienen und flexibel sein

Annotation von Sequenzvarianten mit GeneTalk

Methode: GeneTalk vereinfacht die Interpretation von NGS-Daten.

NGS-Datenanalyse mit pibase

Methode: Auf viele Sequenzanalyse-Programme ist noch zu wenig Verlass, pibase korrigiert fehlerhafte Punktmutationslisten

Textmining-Suchmaschine GeneView

Trick: GeneView sucht und filtert für Sie Literatur in PubMed (Central) und lässt sich auch durch unterschiedliche Schreibweisen nicht irreführen.

Probendokumentationsprogramm ordoSYSTEM

Methode: Mit dem Probenmanagementsystem ordoSYSTEM wird die Verwaltung von Proben und Reagenzien zum Kinderspiel.

Molekülbilder mit PyMOL

Methode: Eine unentbehrliche Hilfe beim Erstellen von Molekülbildern ist das Programm PyMOL.

Labor-Informations- und Management-Systeme

Methode: Ein Arbeitsgruppen-LIMS sollte die Verwaltung vorhandener Primer, Plasmide, Bakterienstämme, Enzyme, Antikörper oder Chemikalien erleichtern

Microarray-Analyseprogramm Mayday

Methode: Das kostenlose und benutzerfreundliche Microarray Data Analysis-Programm Mayday ist auch für unerfahrene Anwender geeignet.

Literaturverwaltungs-Programme

Methode: In Zeiten stetig steigender Preise für Journalabonnements lohnt es sich, über eine effiziente computerbasierte Literaturverwaltung nachzudenken

Proteinalignments mit STRAP

Methode: Wissenschaftlern, die nur gelegentlich Alignmentaufgaben lösen möchten, kommen Programme mit intuitiver Benutzerführung, Standard Short Cuts

Software zur Auswertung von 1D-Gelen

Trick: LabImage 1D ist ein Auswertungsprogramm für 1D-Gele. Es ist schnell und einfach zu handhaben und ist Ablauforientiert.

Virtuelle Bilder

Methode: Die Flut an Messdaten produziert so komplexe Datensätze, dass deren bildliche Darstellung unerlässlich ist

Literaturverwaltungsprogramm Zotero

Trick: Zotero ist ein Firefox-Plugin mit dem man Literatur geordnet und archivieren und durch Volltextsuche und Verzeichnisbaum auch wiederfinden kann.

3D-Abbildungen von Molekülstrukturen

Methode: Mit speziellen Programmen kann man Moleküle dreidimensional darstellen und miteinander in Beziehung setzen.

Lokalisations-Vorhersage von Proteinen

Trick: Der BaCelLo Predictor sagt voraus, wo sich ein Protein in der Zelle befindet. Sie geben dem Programm die FASTA-Sequenz und schon geht’s los.

Bildverwaltung und Bildrechte

Methode: Mit Bildverwaltungsprogrammen bringen Sie Ordnung in das Bilderchaos

Datensicherung im Labor

Methode: Schon kleine Pannen bei der Datensicherung können verheerende Folgen haben. Wir haben Tipps gegen den Datenverlust.

Ein Bild sagt mehr als tausend Proben

Methode: Die Hochdurchsatz-Phänotypisierung von Arabidopsis scheitert oft am teuren Equipment. Mit einer neuen Methode genügt eine simple Kamera und ein kostenloses Bildanalyse-Programm.

Alexa, wo sind meine Plasmide?

Methode: In welchem Freezer stecken nur die Epp-Cups mit den eingefrorenen Konstrukten von der letzten Klonierung? Vielleicht sollten Sie mal Alexa fragen.

Webtools

Umfassende Säugerzellen-Datenbank

Trick: Die Säugerzelldatenbank Cellfinder hat Daten über 2000 Säugerzelltypen und mehr als 50000 Zelllinien. Das neue Ontologie-Konzept ordnet intelligent.

Methoden richtig umsetzen – mit JoVE

Methode: Video-Publikationen ersparen mühsames studieren englischsprachiger Methoden-Paper.

Zentrallager für Gehirndaten

Methode: Mit ausgefeilten Techniken können Forschende Gehirne digital rekonstruieren. Die Brain Image Library soll helfen, in dem Datenwust nicht den Überblick zu verlieren.

Studierende als Datenquellen

Methode: In Praktika produzieren Studentinnen und Studenten einen riesigen Datenfundus, der viel zu schade ist, um in vielen einzelnen China-Kladden zu verstauben.

Automatisierte Bildanalyse

Trick: Biologen und Biologinnen ohne umfangreiche Informatik-Kenntnisse sind mit der Bildauswertung durch maschinelle Lernprogramme schnell überfordert

Wie von Zauberhand erstellt

Methode: Ein Datenmanagement-Plan führt penibel auf, was während eines Projekts mit den Daten passiert. Mit dem DataPLAN-Tool schreibt er sich wie von selbst.

Gute Planung ist das halbe Experiment

Methode: Bevor man im Labor drauflos experimentiert, sollte man sich über die wichtigsten Einflussfaktoren im Klaren sein. Ein neues Webportal soll helfen.

Transparente Datenvisualisierung

Methode: Die Auswertung von Reportergen-Assays mit multiplen Konstrukten kann schnell kompliziert werden. Das Webtool PlotXpress erleichtert die Datenanalyse.

Webtools, Server und Software für Biologen

Methode: Für die Analyse von Daten, etwa aus Sequenzierungen, Phylogenie-Studien oder Struktur-Analysen benötigen Biowissenschaftler Bioinformatik-Programme

Datenvisualisierung für alle

Methode: Kommerzielle Programme zur Visualisierung von Daten sind meist teuer und kompliziert. Kostenlos und leicht zu bedienen sind zwei neue Web-Tools aus Amsterdam.

Datenanalyse mit Galaxy Server

Trick: Die Webtools des Galaxy Servers erleichtern Biowissenschaftlern die Analyse von Hochdurchsatzdaten die zum Beispiel bei der Sequenzierung anfallen.

Aus Fehlern wird man klug - Fehlerreport-System

Trick: Über das Fehlerreport-System LabCIRS können Labormitarbeiter Fehler anonym melden und Strategien für deren Vermeidung festlegen.

Hilfe beim Datenjonglieren

Methode: Mit der kostenlosen Web-Applikation Biojupies kann man RNA-seq-Daten sortieren, analysieren und für die Publikation aufbereiten.