Drei-in-eins-Reagenzien wie TRIzol für die Extraktion von RNA, DNA und Proteinen finden sich in fast jedem Labor. Die meisten verwenden TRIzol, das eine Mischung aus Phenol und Guanidin-Isothiocyanat enthält, aber nur für die RNA- und/oder Protein-Extraktion, weil das Protokoll für die DNA-Extraktion zeitaufwendig ist und nicht immer die gewünschte DNA-Qualität liefert.
Chen Ze Liang und seine Mitarbeiter von der Shenyang Agricultural University in Shenyang, China, fanden jedoch einen einfachen Trick, der die DNA-Extraktion aus tierischen Gewebeproben mit TRIzol erheblich beschleunigt und saubere DNA liefert.
Das Gewebematerial wird in gefrorenem Zustand zerkleinert und mit dem zehnfachen Volumen TRIzol versetzt. Anschließend folgt man dem klassischen Protokoll („TRIzol Reagent User Guide“) und gibt zunächst Chloroform zu, um nach Inkubation und Zentrifugation, Proteine in die organische Phase, RNA in die wässrige Oberphase, und DNA überwiegend in die Interphase zu sortieren.
Kurz schütteln
Die RNA isoliert man aus der Oberphase. Um die DNA aus der Inter- und Unterphase zu extrahieren, versetzt man diese mit 0,3 Millilitern Ethanol pro Milliliter für die Lyse eingesetztem TRIzol und schüttelt kurz. Statt die hierbei entstehenden DNA-Fäden zu pelletieren, wie beim klassischen Verfahren, angelt man sie beim Protokoll der Chinesen mit einer Pipettenspitze heraus. Danach wäscht man sie zweimal mit 0,1 molarem Natriumcitrat in zehnprozentigem Ethanol und einmal in 75 prozentigem Ethanol. Anschließend löst man die DNA in 0,3 Milliliter 8 mM NaOH und stellt den pH mit HEPES auf 8,0 ein.
Die Chinesen isolierten DNA aus Lymphknotengewebe vom Schwein einmal mit der klassischen Methode und einmal mit der Angeltechnik. Die Ausbeute war in beiden Fällen gleich, die Reinheit der geangelten DNA war aber deutlich höher: Die Absorptionsverhältnisse 260/230 und 260/280 lagen bei 2,6 beziehungsweise 1,9 – waren als nahezu optimal. Die Absorptionsverhältnisse bei den klassisch extrahierten Proben von 0,4 und 0,8 deuteten dagegen auf Verunreinigungen durch Phenol sowie Proteinreste hin.
Auch für Viren-DNA
Mit der Angelmethode kann man auch Viren-DNA extrahieren, die in den Gewebeproben vorhanden ist. Die Chinesen isolierten mit ihrer Technik zum Beispiel DNA aus Gewebeproben von Schweinen, die mit Circoviren infiziert waren, und wiesen die darin enthaltene Virus-DNA mithilfe der qPCR nach.
Da man die DNA-Fäden sehen muss, um sie mit der Pipettenspitze herausfischen zu können, eignet sich die Angelmethode jedoch nur für Proben, die große Mengen DNA enthalten.
Andrea Pitzschke
Bo Y. et al. (2021): High-purity DNA extraction from animal tissue using picking in the TRIzol-based method. Biotechniques, 70(3):186-190
Bild: Pixabay/creozavr (Fischer) & Pixabay/geralt (DNA)
