Typisches Verhalten einiger Journal-Editoren, wenn sie auf fehlerhafte Publikationen hingewiesen werden. Foto: Chris Brauns
(12.10.2020) Fehler im wissenschaftlichen Publikationsprozess passieren. Daher werden aufgedeckte Mängel korrigiert, Errata gedruckt und notfalls ganze Publikationen zurückgezogen. Die formalen Untersuchungen sind zwar für alle Beteiligten unangenehm, doch am Ende stehen die Reputation von Autoren und Editoren, ja von ganzen Fachzeitschriften auf dem Spiel. Im Korrekturfall sollte daher eigentlich niemand untätig bleiben können. Oder doch?
Wie Peer Review hätte funktionieren können, aber dann doch nicht funktioniert hat – das illustriert der Letter to the Editor „How to recognise and deal with dubious virus sequences?“ in der Zeitschrift Infection, Genetics and Evolution (81: 104242). In zwei Fallbeispielen sorgen sich darin Roland Zell und seine Co-Autoren der Picornaviridae Study Group des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) um die Qualitätssicherung durch Editoren.
Was war passiert? Die Arbeitsgruppe um Shoujun Li, Professor für Veterinärmedizin an der South China Agricultural University in Guangzhou, China, hatte im März 2019 in Elseviers Journal Infection, Genetics and Evolution erstmalig ein Hunnivirus in Katzen vorgestellt. Hunniviren, eine Gattung aus der Familie der Picornaviridae, sind „mini“ in jeder Hinsicht: nur dreißig Nanometer klein, unbehüllt und ausgestattet mit weniger als neun Kilobasen einzelsträngiger RNA. In Katzen waren sie bis dato unbekannt. Li und Kollegen attestierten eine 86,9- bis 95,3-prozentige Identität ihrer felinen Virussequenzen mit Hunniviren anderer Wirtsorganismen (Infect. Genet. Evol. 71: 47-50). Weiter unten im Text verkünden sie dann für „ihr“ Virus überraschenderweise 70,8 bis 83,5 Prozent Homologie mit hunniviralen Genomsequenzen aus Ratte sowie eine 68,8- beziehungsweise 68,9-prozentige Homologie mit weiteren Hunnivirus-Sequenzen in Rind beziehungsweise Schwein als den einzigen bekannten Wirtsorganismen. Warum waren diese Widersprüche nicht bereits im Peer Review aufgefallen?
Roland Zell, außerplanmäßiger Professor für Virologie an der Friedrich-Schiller-Universität Jena, hat zunächst einmal Verständnis: „Jeder, der für eine Fachzeitschrift tätig ist, kennt das: Gutachter erhalten ein Manuskript meist ohne Originaldaten. Vor allem Sequenzdaten sind auf Wunsch der Autoren häufig noch nicht von der GenBank freigegeben. Auch existieren in der Virologie oftmals gar keine Virus-Isolate, hochtitrige Virusmengen oder Zweitproben, um die Qualität der Sequenzierung zu verifizieren. Überdies gehen die Gutachter erstmal von der Wahrhaftigkeit der Autoren aus. Nimmt es ein geschickter Autor in diesem Stadium mit der Wahrheit nicht genau, können die Gutachter dies daher nur schwer erkennen. Fallen aber Unregelmäßigkeiten nach der Veröffentlichung auf, müssen wir diesen doch nachgehen.“
Die von Li und Kollegen an die GenBank übermittelte, vermeintlich feline Virussequenz (MF953886) erwies sich bald nach Veröffentlichung als identisch mit dem Hunnivirus-Genom aus Rattus norvegicus (KJ950971/NC_025671). Roland Zell weiß: „Für SARS-CoV-2 sind identische Genomsequenzen in unterschiedlichen Proben normal, für Picornaviren nicht. Einhundertprozentig identische Genome in fünf Jahre auseinanderliegenden Proben von unterschiedlichen Kontinenten zu finden, ist mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit unmöglich.“ Alle Nachfragen der ICTV Picornaviridae Study Group seit August 2019 ließen die chinesischen Forscher jedoch unbeantwortet.
Zell ergänzt: „Dass auch die GenBank bis heute nicht auf unser Anschreiben reagiert hat, verwundert mich ebenso. Vielleicht bietet sie derzeit nur einen eingeschränkten Service an.“ Den doppelten Eintrag verzeichnet die GenBank zumindest noch immer.
Existieren feline Hunniviren denn nun tatsächlich? Für Zell gab es nun kein Zögern mehr: Er kontaktierte Michel Tibayrenc, den Gründer und Editor-in-Chief von Infection, Genetics and Evolution...
Zunächst jedoch zum zweiten Fallbeispiel in Zells Letter to the Editor, denn dieses lässt ebenso viele Fragen offen. Im Jahr 2015 entdeckte die thailändisch-japanische Kooperation um Pattara Khamrin, Associate Professor am Department of Microbiology der Chiang Mai University, Thailand, ein neues Parechovirus (HPeV), ebenfalls eine Gattung aus der Familie der Picornaviren. Dafür hatten Khamrin und Kollegen fünfzig aus Kindern isolierte Nukleotidsequenzen des viralen HPeV-Proteins 1 in den phylogenetischen Baum aller Parechoviren eingeordnet (Infect. Genet. Evol. 31: 300-4). Eine ihrer Nukleotidsequenzen (CMH-N185-12) bildete dabei einen monophyletischen Zweig. Ein neues Parechovirus war gefunden, schlussfolgerten die Mikrobiologen.
Deren Publikation verrät allerdings nicht, wie sie den phylogenetischen Baum konstruierten. Den Gutachtern reichte im Peer Review die Information: „The tree was generated by using the neighbor-joining method in MEGA v5.05.”
Den Virologen um Roland Zell reichte das nicht. Zumindest schlugen alle ihre Versuche fehl, Khamrins phylogenetischen Baum mit den originalen Nukleotidsequenzen zu reproduzieren. Erst als sie die Nukleotid- in Aminosäuresequenzen übersetzten und ihre Rekonstruktionsversuche auf letztere ausweiteten, konnten sie Khamrins Stammbaum nachahmen. Eine derart ausgeprägte phylogenetische Diskrepanz zwischen Nukleotid- und Aminosäuresequenzen war ihnen bisher nicht untergekommen.
Eine Sichtung der von Khamrin in der GenBank hinterlegten Nukleotidsequenzen (KM407606-KM407608) ergab indes noch mehr Bemerkenswertes: Sie enthalten nur zwanzig unterschiedliche Codons, sodass jede einzelne Aminosäure gerade nur durch ein Triplett repräsentiert wird. In allen anderen HPeV-Genomen finden sich 45 bis 55 unterschiedliche Tripletts. War das neue Parechovirus derart außergewöhnlich? Oder waren der GenBank schlichtweg „rückübersetzte“ Nukleotidsequenzen übermittelt worden?
Zell beschreibt die Indizienbeweise: „Peter Simmonds, unser Kollege in der Picornaviridae Study Group von der University of Oxford, inspizierte die auffällige Codon-Nutzung genauer. Er fand heraus, dass sich das thailändische Codon-Muster leicht mit Software zur Codon-Optimierung reproduzieren lässt.“ Die Optimierung von Tripletts dient üblicherweise dazu, bedeutungsgleiche Codons in rekombinanten Proteinen auszutauschen, um die Expressionsausbeute in Wirtsorganismen zu verbessern. Wer Khamrins GenBank-Sequenzen augenscheinlich manipulierte und warum, bleibt jedoch ein Rätsel. Zells Bitte um Aufklärung ließen die thailändischen Kollegen bisher ohne Antwort.
Im Bestreben nach wissenschaftlicher Klärung und Aktualisierung der fehlerhaften Datenbank-Einträge kontaktierte die Picornaviridae Study Group schließlich im August 2019 Michel Tibayrenc, den besagten Editor-in-Chief von Infection, Genetics and Evolution. Eine Korrekturanfrage seitens des Chefredakteurs an die Autoren der beiden offensichtlich fehlerhaften Publikationen sollte schließlich am ehesten zur Lösung führen.
Doch Tibayrenc sah offenbar keinen Handlungsbedarf. Seine Antwort fiel knapp aus: Beide Publikationen seien vor Annahme des jeweiligen Manuskripts in einem ordnungsgemäßen Peer-Review-Verfahren begutachtet worden. Eine nachträgliche Begutachtung sei unnötig. Gerne könne Zell aber einen offiziellen Letter to the Editor verfassen.
Am Ende evaluierten gleich drei Gutachter Zells Leserbrief an den Editor-in-Chief. Durchweg äußerten sie sich verstört, wie man im ursprünglichen Peer Review derartige Widersprüche übersehen konnte – und legten dem Editorial Board von Infection, Genetics and Evolution die Kontaktaufnahme mit den Autoren der beanstandeten Publikationen nahe. Offensichtlich müssten entweder die Sequenzen korrigiert oder die Artikel zurückgezogen werden.
Zells Letter to the Editor erschien elektronisch im Februar 2020 sowie gedruckt in der Juli-Ausgabe von Tibayrencs Zeitschrift, also elf Monate nach Zells erstem Schreiben (Infect. Genet. Evol. 81: 104242). Darin bitten die Autoren: „We implore the Editor-in-Chief firstly to initiate a formal investigation in both of these cases and to contact the authors so that the existing sequence errors can be corrected for the benefit of the wider virological community.”
Laborjournal erkundigte sich in der letzten Augustwoche 2020 bei Michel Tibayrenc, ob eine formelle Untersuchung durch Elsevier in Betracht komme. Tibayrenc verwies die Nachfrage an den zuständigen Editor Matthew Scotch, Assistant Director des Biodesign Center for Environmental Health Engineering der Arizona State University, sowie an Mark Gannon, Elseviers Verleger im Portfolio „Mikrobiologie und Mykologie“. Scotch erklärte, dass Elsevier bisher weder die jeweils betroffenen Autoren kontaktiert noch eine formelle Untersuchung eingeleitet habe. Eine Zurücknahme beider Publikationen müsse noch diskutiert werden. Etwaige Änderungen im Peer Review des Journals seien unnötig – „as most major concerns are identified in the first round of review by at least one of the independent reviewers.” Elseviers Ansprechpartner Mark Gannon äußerte sich gar nicht.
Warum weder eine Kontaktaufnahme mit den Autoren noch eine formelle Untersuchung in den beiden Fällen nötig erscheinen, wollte Scotch als zuständiger Editor nicht begründen. Stattdessen verwies er zurück an Editor-in-Chief Michel Tibayrenc. Doch dessen Zeit erlaubte es ihm seitdem nicht, Nachfragen von Laborjournal zu beantworten.
Fragwürdige Daten bleiben demnach auch nach Jahren veröffentlicht. Die Möglichkeiten der außenstehenden „Kritiker“ scheinen erschöpft, all die Ungereimtheiten dem wissenschaftlichen Verhaltenskodex entsprechend aufzuklären. Zell resümiert daher: „Wenn begründete Fragen zu einem veröffentlichten Manuskript auftauchen, muss doch gehandelt werden. Einige Zeitschriften scheinen sich da allerdings zu sträuben. Meist begnügen sie sich damit, wachsweiche Korrigenda zu veröffentlichen. Wie häufig ziehen sie aber tatsächlich eine Publikation zurück? Ich persönlich ziehe jedenfalls meine Konsequenzen daraus und überlege genau, wo ich in Zukunft publiziere. Und ich denke, andere tun dies ebenso.“
Diejenigen, für deren eigene Forschung der Inhalt relevant ist, haben Zells Letter to the Editor hoffentlich gelesen. Alle anderen könnte aber nur ein Expression of Concern warnen, der üblicherweise die Verantwortlichkeit der Journal-Editoren betont und in Literatur-Datenbanken direkt mit der Originalpublikation verknüpft ist. Dieser Fall zeigt jedoch, dass es den Fachzeitschriften und Sequenzdatenbanken an einem generischen Mechanismus mangelt, um auf zweifelhafte Daten hinzuweisen. Und selbst dann hängt immer noch alles von der Kompetenz, der Motivation und vielleicht auch dem Wohlwollen der Editoren und Verleger ab.