„The Scientist Who Scrambled Darwin’s Tree of Life“…

30. August 2018 von Laborjournal

… Diese Titelzeile im Magazin der New York Times machte mich neugierig. Wer das wohl sein soll? „Der wichtigste Biologe des 20. Jahrhunderts, von dem du noch nie gehört hast“, schreibt David Quammen in der NYT.

Und, wer ist es nun?

Es ist Carl Woese, der Ende 2012 verstorbene Experte für molekulare Phylogenie — obwohl dieser Begriff noch gar nicht existierte, als sich Woese mit der frühen Evolution von Bakterien zu beschäftigen begann.

 

Carl Woese, der „wichtigste unbekannte Biologe des 20. Jahrhunderts“, an Thanksgiving 2003. Er kam 1928 in Syracuse, New York, zur Welt, und promovierte an der Yale University in Biophysik. 1969 wurde er Professor für Mikrobiologie an der University of Illinois in Urbana-Champaign, wo er bis zu seiner Emeritierung blieb. Woese starb am 30. Dezember 2012.

 

Der wunderbare 7.500-Worte-Artikel stammt von David Quammen, einem mehrfach dekorierten Journalist und Buchautor. Er ist ein Exzerpt von Quammens neuestem Buch The Tangled Tree — A Radical New History of Life. Quammen liefert einen spannend zu lesenden Abriss über die Entdeckung der Archaeen samt deren Einordnung als neues Reich in den Tree of Life, über die Entstehung der molekularen Phylogenie als Forschungsdisziplin, über den horizontalen Gentransfer und seine Bedeutung für die Evolution — wie auch über die Person Carl Woese.

Quammen selber traf Woese nie, denn er begann erst zwei Jahre nach dessen Tod, sich mit dem Thema und dem Mann zu befassen. Also musste er sich seine Informationen in vielen Gesprächen mit denjenigen besorgen, die Carl Woese kannten. Aus deren Worten bekommt man ein ganz gutes Gefühl dafür, wie das war, als Woese und George Fox 1977 in einer Veröffentlichung die Archaebakterien neben den Eubakterien und den Eukaryoten als drittes Reich ankündigten.

Das Paper schaffte es zwar auf die Titelseite der New York Times und Woese stand für „15 Minuten im Rampenlicht“, so Quammen. Aber die Wissenschaftler hielten nichts von seinen Ideen. Ralph Wolfe, Mikrobiologe und ehemaliger Kollege von Woese, erinnert sich: „Wir bekamen viele Anrufe, alle negativ. Die Leute waren empört über diesen Unsinn. Was dazu führte, dass das ganze Konzept um mindestens zehn oder fünfzehn Jahre aufgehalten wurde.“ Und so verschwand der Forscher wieder in seinem Labor.

Woese hatte dennoch Recht, wie die Vergangenheit zeigte. Und obwohl seine Erkenntnisse das Bild vom Tree of Life drastisch veränderte, wurde der Forscher nie wirklich bekannt oder gar berühmt. Was, so Quammen, letztlich auch an seiner Persönlichkeit lag. Er sei ein eigensinniger Wissenschaftler gewesen — unbekannt, aber genial, schrullig, getrieben.

Was mich dann doch verwunderte. Ich selbst konnte Woese 2003 an seinem Wohnort Urbana (USA) persönlich treffen — kurz nachdem er den Crafoord-Preis (den ebenfalls ziemlich unbekannten kleinen Bruder des Nobelpreises) erhalten hatte. Carl Woese — damals mit zerzausten, weißen Haaren, knitterigem Gesicht und in legerer Kleidung — nahm sich drei Stunden Zeit für mich, obwohl es Thanksgiving war. Er wirkte weder schrullig noch eigensinnig. Entspannt, gesprächig, gut gelaunt war der Mann, er lachte viel. Ein sehr angenehmer Gesprächspartner — intelligent und dennoch geduldig, mir die Feinheiten seiner Ideen zu erklären. Und er war überzeugt, dass Darwin, wenn er denn zu der Zeit noch gelebt hätte, bei ihm — Woese — gearbeitet hätte.

(Der daraus entstandene Interviewtext samt einer kurzen Zusammenfassung von Woeses Arbeit stand übrigens Anfang 2013 anlässlich seines Ablebens auch hier im Blog.)

Nachdem ich den NYT-Artikel gelesen hatte, kaufte ich mir sofort das Buch. Ich habe zwar erst ein Viertel geschafft, kann es aber dennoch wirklich empfehlen. Und es sollte übersetzt werden für ein größeres Publikum. Denn Quammen hat eine super Schreibe. Es gelingt ihm, die Forschung von Woese und all seiner Kollegen, aber auch vieler anderer Wissenschaftler lebendig werden zu lassen. Er liefert Details, ohne langatmig zu werden; er schreibt witzig… Aber lesen Sie selber!

Wohin mit dem Riesen-Virus?

19. Juli 2013 von Laborjournal

So sehen sie also aus, die „Kolosse“ der neuen Gattung Pandoravirus, die gerade für so viel Aufregung sorgen:

(Elektronenmikroskopische Aufnahme: Chantal Abergel and Jean-Michel Claverie)

Gefunden wurde der „Brocken“ von französischen Forschern der Universität Aix-Marseille in australischem Schlamm. Beschrieben haben sie ihn gerade in Science (Vol. 341(6143): 281-86, plus Kommentar auf S. 226-27).

An dieser Stelle nur die wichtigsten Kennzahlen des neuen Größen-Rekordhalters:

  • Größe knapp 1 Mikrometer — „normale“ Viren sind im Schnitt 20mal kleiner;
  • DNA-Genom von 2,5 Mbp — mehr als viele Bakterien und sogar die kleinsten eukaryotischen Parasiten (etwa Encephalitozoon intestinalis mit 2,3 Mbp);
  • 2.556 Protein-kodierende Gene — „normale“ DNA-Viren haben 10 bis 300, Bakterien zwischen 180 und 7.000;
  • Nur 7 Prozent dieser Gene haben irgendwelche Analoge in den gängigen Datenbanken, 93 Prozent sind also offenbar komplett neu.

Alles zusammen, aber vor allem Letzteres lässt gerade viele darüber spekulieren, ob die Gattung Pandoravirus gar womöglich zu einer vierten Domäne des Lebens gehören könnte. Schließlich kann Pandoravirus mit dieser genetischen Ausstattung nicht auch nur annähernd auf eine der bekannten zellulären Linien zurückgeführt werden.

Sicher, Viren leben ja streng genommen gar nicht — und auch Pandoravirus kann sich nicht frei, sondern nur in seinem Amöbenwirt Acanthamoeba castellanii replizieren. Das Szenario zur „Vierten Domäne“ jedoch ist vielmehr, dass Pandoravirus sich womöglich erst sekundär aus einer primitiven und bisher völlig unbekannten Einzeller-Linie zum parasitären Virus zurück reduzierte.

Oder wie Elisabeth Pennisi es in ihrem Science-Kommentar ausdrückt:

Most of the pandoravirus genes don’t look like any genes in known databases, suggesting the viruses originated from a totally different primitive cellular lineage than bacteria, archaea, and eukarya. The tree of life may need to be redrawn to account for these new viruses, some researchers say.

(Weitere Artikel zu Pandoravirus hier, hier und hier)

Wenn Forscher die Muse küsst

9. Dezember 2012 von Laborjournal

Ungewöhnliche Abbildungen in Forschungsartikeln hatten wir gerade erst als Thema in diesem Blog. Was aber ist mit Poesie in Forschungsblättern? Schon klar, dafür sind sie nicht da. Dennoch aber hat das Oxford Journal Systematic Biology kürzlich damit angefangen — und frisch das folgende Gedicht „The Tree of Life“ von David R. Maddison, Zoologe an der Oregon State University in Corvallis, veröffentlicht:

The Tree of Life

I think that I shall never see
A thing so awesome as the Tree
That links us all in paths of genes
Down into depths of time unseen;

Whose many branches spreading wide
House wondrous creatures of the tide,
Ocean deep and mountain tall,
Darkened cave and waterfall.

Among the branches we may find
Creatures there of every kind,
From microbe small to redwood vast,
From fungus slow to cheetah fast.

As glaciers move, strikes asteroid
A branch may vanish in the void:
At Permian’s end and Tertiary’s door,
The Tree was shaken to its core.

The leaves that fall are trapped in time
Beneath cold sheets of sand and lime;
But new leaves sprout as mountains rise,
Breathing life anew ‘neath future skies.

On one branch the leaves burst forth:
A jointed limb of firework growth.
With inordinate fondness for splitting lines,
Armored beetles formed myriad kinds.

Wandering there among the leaves,
In awe of variants Time conceived,
We ponder the shape of branching fates,
And elusive origins of their traits.

Three billion years the Tree has grown
From replicators’ first seed sown
To branches rich with progeny:
The wonder of phylogeny.

Wenn David Madison nicht dichtet, koordiniert er unter anderem das weltweite Tree Of Life web project.

Aber abgesehen davon: Gibt es noch mehr Beispiele für Poesie in Forschungsblättern? Und wie geht es inzwischen eigentlich P.H. Metrius?

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