„Wir simulieren ein Virus, das noch gar nicht existiert“

28. Oktober 2020 von Laborjournal

 

 

Gerade sind wir über ein Interview gestolpert, das wir in unserem Aprilheft 2009 publiziert hatten. Mitten in der zweiten Welle der aktuellen Corona-Pandemie wird einem schon ein wenig gruselig, wenn man es heute liest:

„Wir simulieren ein Virus, das noch gar nicht existiert“

 

In seiner Firma ExploSYS verbindet der Mathematiker Markus Schwehm Biologie und Medizin mit Statistik und Informatik. Heraus kam eine Simulations-Software, um Notfallszenarien wie eine Grippe-Pandemie realitätsnah durchspielen zu können.

Laborjournal: Die jüngste Grippewelle liegt gerade hinter uns. Wir leisten uns Überwachungsnetzwerke, unterhalten Gesundheitsämter und lesen ständig über viel versprechende Forschungsergebnisse. Dennoch können die Experten immer noch nicht vorhersagen, wie sich solche Epidemien verbreiten. Können Sie es?

Markus Schwehm: Die Vorhersage der alljährlich auftretenden Influenza-Epidemien ist in der Tat noch nicht möglich. Für dieses System fehlen uns nicht nur die Daten, es ist auch so kompliziert, dass wir mit unserer Software keine vernünftige Vorhersage leisten können. Stattdessen simulieren wir mit unserer Software das Auftreten einer Pandemie, also eines neuen Virustyps, gegen den in der Bevölkerung noch keine Immunität vorhanden ist und der sich weltweit verbreitet. Das macht das Modellieren einfacher als bei der saisonalen Grippe.

Was genau verkaufen Sie?

Schwehm: Ich mache im Vorfeld einer Epidemie Beratung für Gesundheitsämter. Dort will man zum Beispiel wissen, wie viele Arztbesuche im Ernstfall zu erwarten sind, wie viele Krankenhausbetten gebraucht werden, oder welche Mengen an Medikamenten vorrätig gehalten werden müssen. Zu den Kunden gehören aber auch Unternehmen, für die eine Pandemie existenzbedrohend sein kann. Hier geht es vorwiegend um Notfallmaßnahmen, um die Produktion im Ernstfall aufrecht zu erhalten.      Diesen Beitrag weiterlesen »

Autoren am Rande des Nervenzusammenbruchs (16)

14. August 2012 von Laborjournal

Schon mal zitiert worden, bevor das Paper überhaupt offiziell veröffentlicht war?

Wie einem dies passieren kann, beschrieb vor kurzem der Bioinformatiker C. Titus Brown in seinem Blog Living in an Ivory Basement. Demnach unternahm er den „unüblichen Schritt“, ein Manuskript über ein neues Software-Tool zur Metagenomik-Analyse nicht nur bei PNAS einzureichen, sondern dieses parallel auf dem Preprint-Server arXiv zu posten, der sich insbesondere unter Physikern und Mathematikern großer Beliebtheit erfreut.

Ein paar Wochen danach erhielt Brown die Anfrage, seinerseits ein bestimmtes Manuskript zu begutachten — unter anderem deswegen, weil die Autoren sein arXiv-Paper bereits zitiert hatten. Diesen Beitrag weiterlesen »

Vorsicht, Abschreiber und ‚Copy-Paster’…

9. Juli 2010 von Laborjournal

… — die Luft wird dünner. 83 Scientific Publishers, darunter solche „Giganten“ wie Elsevier und Springer, haben sich für die Datenbank CrossCheck eingeschrieben, die es ihnen erlaubt mit einer Software namens iThenticate eingereichte Manuskripte auf Plagiarismus zu durchleuchten.

Doch ist es weniger die Software, die das Ganze zu einem machtvollen Instrument machen könnte, sondern vielmehr die schiere Größe der Datenbank. Denn hier ist ziemlich Unerwartetes geschehen: Alle 83 Verleger mussten zustimmen ihre eigenen Manuskript-Datenbanken mit CrossCheck zu teilen – und sie taten es. Auf diese Weise ist CrossCheck inzwischen auf 25,5 Millionen Volltext-Artikel aus nahezu 50.000 Zeitschriften und Büchern angeschwollen, mit denen die Verlage nun „verdächtige“ Manuskripte relativ bequem abgleichen können.

Und „verdächtige“ Manuskripte scheint es genug zu geben. Testläufe verschiedener Journals brachten einen Anteil von 6 bis 23 % „Verdächtigen“ unter allen eingereichten Manuskripten. Diesen Beitrag weiterlesen »

Berechenbares Zitationspotenzial

6. April 2010 von Laborjournal

Wir wissen, wie das Publikationsgeschäft normalerweise läuft: Der Editor einer Zeitschrift erhält eine bestimmte Anzahl Manuskripte für die nächste Ausgabe, er lässt sie von Peer Reviewern begutachten und entscheidet schließlich anhand deren Gutachten, welche davon am Ende tatsächlich gedruckt werden. Die übrigen schickt er als „abgelehnt“ zurück zu den Autoren.

Das könnte allerdings bald auch anders laufen. Ein aktuelles Paper in Bioinformatics (Vol. 25(24): 3303-9) gibt Anlass zu folgendem befremdlichen Szenario: Der Editor einer Zeitschrift erhält eine bestimmte Anzahl Manuskripte für die nächste Ausgabe und lässt sie nur noch grob vor-begutachten; danach schickt er sie alle durch ein bestimmtes Software-Paket, das ihm mit über 90-prozentiger Zuverlässigkeit berechnet, wie oft jeder einzelne Artikel in den folgenden vier Jahren zitiert wird. Und am Ende erscheinen in dem Journal knallhart von oben herab die potenziell meistzitierten Artikel. Diesen Beitrag weiterlesen »

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