Stahlkanal

11. Mai 2013 von Laborjournal

Francis Crick schnitt 1953 die Basenformen für das berühmte DNA-Doppelhelix-Modell noch aus Pappe aus. Mike Tyka, Postdoc an der University of Washington in Seattle, biegt dagegen dreidimensionale Protein-Bändermodelle aus Metallen — wie etwa hier den nahezu ubiquitären KscA-Kaliumkanal aus Kupfer und Stahl:

(Auf seinem Blog Beautiful Proteins stellte Mike Tyka zumindest bis März 2012 seine ganz persönlichen „Proteinschönheiten“ vor.)

Vom Ruhm der Täufer

13. März 2013 von Laborjournal

Klare Begriffe sind wichtig, keine Frage. Schließlich muss man wissen, worüber man redet. Gerade in der Wissenschaft.

Wo käme man denn hin, wenn man etwa „Kernteilung“ sagt — und der eine denkt an die gewöhnliche somatische Teilung, die andere dagegen an die Reifeteilungen der Keimzellen. „Mitose“ und „Meiose“ machen als Begriffe also Sinn — schaffen unmittelbar Klarheit, worüber man spricht.

Die Kehrseite solcher Namensfindung jedoch ist, dass manche Leute Begriffe einführen wollen, wo sie gar nicht notwendig oder kaum passend sind — oft nur mit dem Hintergedanken, dass der entsprechende Begriff auf ewig mit ihrer „Tauf-Person“ verknüpft sei. Wie der Calvin-Zyklus, das Broca-Areal oder die Homöobox mit Walter Gehring.

So wird beispielsweise auch Nobelpreisträger Sydney Brenner nicht müde immer wieder zu betonen, dass er damals den Begriff „Codon“ kreiert habe — und zwar bevor Marshall Nirenberg und Co. den genetischen Triplett-Code effektiv entschlüsselten. Was unlängst einen Zeitzeugen der molekularbiologischen Pioniertage zu dem süffisanten Kommentar veranlasste: „Ach der Brenner, der will doch damals die Ideen zu allem zuerst gehabt haben.“

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Aus Kollagen wird „Alter Sack“

6. März 2013 von Laborjournal

Maja Klevanski promoviert am Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie der Uni Heidelberg. Und sie zeichnet. Am liebsten Proteine. Selbst schreibt sie dazu:

Seit meinem Diplomprojekt sind Proteine meine Leidenschaft — nicht nur im Rahmen der Forschung, sondern auch in meiner Freizeit, indem ich versuche Kunst aus der Natur zu erschaffen.

Konkret sieht das so aus, dass sie sich das Bändermodell eines Proteins nimmt und dieses im Computer dreht und wendet — bis die Form sie an irgendetwas erinnert. Dann fügt sie dem Modell entsprechende Linien und Schattierungen hinzu, bis ihr „Kopfbild“ daraus entstanden ist.  Beispielsweise so:

Auf diese Weise entsteht etwa aus der Trimerisierungsdomäne des Human-Kollagens XVIII der „Alte Sack“ aus den Cartoons von Walter Moers…

… oder wird aus Insulin eine Hausfliege…  Diesen Beitrag weiterlesen »

Muster ohne Wert

6. Februar 2013 von Laborjournal

“Oh Gott, das war wieder einer der typischen Bioinformatik-Vorträge.” Der kürzlich so aufstöhnte, war ein Biochemiker. Zuletzt musste er in seinem Feld immer mehr von “diesen Bioinformatikern” begegnen. Wie in so vielen anderen Feldern auch.

“Nur reine Waschlisten”, klagte er weiter. “Warum gewisse Muster innerhalb des analysierten Monster-Datensatzes hier überrepräsentiert sind, dagegen dort kaum vorkommen. Dass es darin soundsoviel Prozent von diesem gibt, und soundsoviel von jenem. Und dann zeigt er uns strahlend, dass Proteine, die offenbar an der Transkription beteiligt sind, auffällig viel Glutamin enthalten. Als ob es dazu nicht schon einen Rattenschwanz an biochemische Daten geben würde. Und als ich ihn dann etwas ketzerisch nach einer Erklärung für die Glutamine fragte, hob er nur dumm-grinsend die Schultern.” Diesen Beitrag weiterlesen »

Der vorbereitete Geist

27. Juni 2012 von Laborjournal

… ein alter Spruch, für dessen Wahrheit die Forschung immer wieder neue Belege liefert.

Wie war das etwa mit den kleinen regulativen RNAs. Jede Menge Forscher dürften in ihren RNA-Gelen „komische Signale“ nahe der Lauffront gesehen haben. „Unspezifische Abbau-Produkte“, war deren Diagnose. Schließlich ist RNA deutlich instabiler als DNA, und RNAsen lauern auch quasi überall. Und so dachten sie nicht weiter darüber nach — auch wenn „kleine RNAs“ im nächsten und übernächsten Gel wieder vorneweg liefen.

Wer weiß, wie viele von ihnen sich letztlich mit der Hand kräftig vor die Stirn klatschten, als Ende der Neunziger klar wurde, dass die Zelle ganz gezielt solche kleinen RNAs produziert, um damit die Expression ihrer Gene feinzusteuern? Typischer Fall von nicht-vorbereitetem oder zu eng fokussiertem Geist.

Auf ganz ähnliche Weise dürften sich in den letzten Tagen wiederum andere Forscher an die Stirn geklatscht haben. Diesen Beitrag weiterlesen »

Rennende Blots

13. Oktober 2009 von Laborjournal

Schon seit einiger Zeit haben Lab Supplier die Möglichkeit entdeckt, ihre Produkte mit mehr oder weniger lustigen Internet-Videos zu bewerben. Zu der lustigeren Sorte gehört das neue Video zu Millipores „SNAP i.d. Protein Detection System“. Vorhang auf zu „The Western Blot Race“:


(Millipore lädt übrigens alle zwei Monate ein neues Werbevideo auf seine Youtube-Seite.)

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