Kleine Lügen

22. April 2013 von Laborjournal

Jedes Paper enthält kleine Lügen. Ohne Ausnahme, da wetten wir.

Nehmen wir ein typisches Paper. Das liest sich — ohne die jeweils spezifischen Details — etwa nach folgendem Muster:

„Wir wollten wissen, ob […] Dazu gab es bereits diese und jene Beobachtung […] Wir folgerten daher, dass […] Um dies zu testen, führten wir zunächst das Experiment durch, dessen Ergebnisse in Abbildung 1 zusammengefasst sind […] Aufgrund dieser Daten vermuteten wir weiter, dass […] Die Ergebnisse der Experimente in den Abbildungen 2 und 3 erhärteten diesen Verdacht […] Da zudem Kollege Müller vor einiger Zeit XYZ beobachtete, lag nun nahe, dass Faktor A diesen Effekt vermittelt […] Wir verifizierten diese Annahme anschließend in den Experimenten der Abbildungen 4 und 5 […] Um die Beteiligung von A und damit den gesamten Mechanismus abzusichern, entwarfen wir schließlich das Experiment in Abbildung 6, welches den Mechanismus nochmals bestätigt […] Damit zeigen die Daten insgesamt klar, dass […] Abschließend schlagen wir angesichts dieser Erkenntnisse daher vor, dass […]“

Klingt nach einer guten Story, oder? Diesen Beitrag weiterlesen »

Muster ohne Wert

6. Februar 2013 von Laborjournal

“Oh Gott, das war wieder einer der typischen Bioinformatik-Vorträge.” Der kürzlich so aufstöhnte, war ein Biochemiker. Zuletzt musste er in seinem Feld immer mehr von “diesen Bioinformatikern” begegnen. Wie in so vielen anderen Feldern auch.

“Nur reine Waschlisten”, klagte er weiter. “Warum gewisse Muster innerhalb des analysierten Monster-Datensatzes hier überrepräsentiert sind, dagegen dort kaum vorkommen. Dass es darin soundsoviel Prozent von diesem gibt, und soundsoviel von jenem. Und dann zeigt er uns strahlend, dass Proteine, die offenbar an der Transkription beteiligt sind, auffällig viel Glutamin enthalten. Als ob es dazu nicht schon einen Rattenschwanz an biochemische Daten geben würde. Und als ich ihn dann etwas ketzerisch nach einer Erklärung für die Glutamine fragte, hob er nur dumm-grinsend die Schultern.” Diesen Beitrag weiterlesen »

Mathe mit Pflanzen

9. April 2012 von Laborjournal

Früher hieß es oft, Biologen stünden auf Kriegsfuß mit Mathe. Möglicherweise hat der Siegeszug der „Sequenz-Biologie“ samt ihren mathematisch-bioinformatischen Analysen das inzwischen ein wenig geändert. Vielleicht aber auch nicht.

Dabei sind Sequenzanalysen sicher nicht die einzigen biologischen Anwendungsfelder der Mathematik. Wie man etwa pflanzliche Spiralmuster mit ein wenig Mathe besser verstehen kann, zeigt auf nette Weise die folgende Video-Trilogie der Reihe „Doodling in Math“:


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8,7 Millionen (± 1,3 Millionen)

26. August 2011 von Laborjournal

Wenn man jemanden davon überzeugen will, dass es sich bei der Biologie um eine quantitative Wissenschaft handelt, sollte man ein Thema tunlichst meiden — nämlich: Wieviele Spezies leben auf der Erde? Noch weiter als einst bei der Zahl der menschlichen Gene klaffen hier die Schätzungen der Experten auseinander. Nehmen wir nur die Eukaryoten, also diejenigen Lebewesen mit Zellkern — und lassen Bakterien und Viren außen vor: Aktuelle „seriöse“ Schätzungen schwanken zwischen 3 und 100 Millionen Arten.

Fünf Forscher aus den USA, Kanada und England behaupten nun, die tatsächliche Zahl deutlich genauer eingrenzen zu können. Deren „Berechnung“ folgt vor allem einem stabilen Muster, welches sie in den Verhältnissen der systematischen Kategorien — Art, Gattung, Familie, Ordnung, Klasse usw. — erkannt zu haben glauben. Diesen Beitrag weiterlesen »

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