Kaum Schrott im Genom?

11. September 2012 von Laborjournal

Puh, da ist man erstmal sprachlos. Mit der puren Masse von gleich 30 Artikeln auf einmal in mehreren Journals erschlagen uns förmlich die über 440 Forscher des internationalen ENCODE-Konsortiums (Nature hat dazu einen speziellen „ENCODE-Explorer“ eingerichtet).

ENCODE steht für „Encyclopedia Of DNA Elements“ und der Name war und ist durchaus Programm: Nicht weniger, als sämtliche Abschnitte des Humangenoms funktionell zu katalogisieren, war Ziel des Projekts. Oder wie Brendan Maher in Nature schreibt:

The project’s aim is to catalogue the ‚functional‘ DNA sequences that lurk there, learn when and in which cells they are active and trace their effects on how the genome is packaged, regulated and read.

Ist dieses Ziel mit diesem Paper-Paukenschlag erreicht?

Wie üblich bei solchen Projekten, hat man jetzt erstmal eine Riesenmenge Daten produziert, die fortan Stoff für jede Menge eingehendere Analysen bieten. Und — wie ebenfalls üblich — wird dabei sicher auch noch ordentlich „falsch positives Datenrauschen“ aussortiert.

Vor allem eine pauschale Schlüsselerkenntnis proklamieren die ENCODE-Protagonisten jedoch schon jetzt: Im Humangenom gibt es fast keinen Müll, nahezu jede Base spielt offenbar irgendwie mit in der Orchestrierung des jeweils spezifischen Zellgeschehens. Diesen Beitrag weiterlesen »

Falsch positive Blindgänger

2. April 2012 von Laborjournal

Die größten Feinde der experimentellen Forschung sind „Falsch Positive“. Man kann gar nicht scharf genug darauf drängen, Bedingungen und Kontrollen der jeweiligen Untersuchung so stringent zu planen, dass diese lästigen „Trittbrettfahrer-Daten“ weitmöglichst ausgeschlossen werden können. Nicht zuletzt auch zum Selbstschutz. Schließlich ist es jedes Mal höchstpeinlich, wenn einem die Kollegen hinterher nachweisen, dass man in seinem Paper vor allem Artefakten auf den Leim gegangen ist.

Vor diesem Grund erstrahlt gerade ein Science-Paper aus dem Sommer letzten Jahres in ziemlich unangenehmem Scheinwerferlicht. Mit dem Titel „Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome“ (Li et al., Science 333:53-58) schlug es damals äußerst geräuschvoll nicht nur in der RNA-Editing-Szene ein. Diesen Beitrag weiterlesen »

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