Kleine Lügen

22. April 2013 von Laborjournal

Jedes Paper enthält kleine Lügen. Ohne Ausnahme, da wetten wir.

Nehmen wir ein typisches Paper. Das liest sich — ohne die jeweils spezifischen Details — etwa nach folgendem Muster:

„Wir wollten wissen, ob […] Dazu gab es bereits diese und jene Beobachtung […] Wir folgerten daher, dass […] Um dies zu testen, führten wir zunächst das Experiment durch, dessen Ergebnisse in Abbildung 1 zusammengefasst sind […] Aufgrund dieser Daten vermuteten wir weiter, dass […] Die Ergebnisse der Experimente in den Abbildungen 2 und 3 erhärteten diesen Verdacht […] Da zudem Kollege Müller vor einiger Zeit XYZ beobachtete, lag nun nahe, dass Faktor A diesen Effekt vermittelt […] Wir verifizierten diese Annahme anschließend in den Experimenten der Abbildungen 4 und 5 […] Um die Beteiligung von A und damit den gesamten Mechanismus abzusichern, entwarfen wir schließlich das Experiment in Abbildung 6, welches den Mechanismus nochmals bestätigt […] Damit zeigen die Daten insgesamt klar, dass […] Abschließend schlagen wir angesichts dieser Erkenntnisse daher vor, dass […]“

Klingt nach einer guten Story, oder? Diesen Beitrag weiterlesen »

Echte Daten

17. April 2013 von Laborjournal

Kommt jemandem folgendes Szenario bekannt vor?

Chef und Diplomandin besprechen das nächste Experiment. Nochmals erklärt Chef „seine“ Hypothese und betont, dass demnach in dem Experiment ganz klar mehrere Dutzend Gene in der entsprechenden Mutante aufleuchten müssten.

Vier Wochen später steht fest: Gerade mal drei positive Signale, und auch die ergeben nicht gerade viel Sinn. Chef ist enttäuscht, wird sogar richtig sauer, misstraut plötzlich ihrem Experiment — und lässt Diplomandin schließlich einfach stehen. Diplomandin ist geknickt, dass sie Chef nicht die „gewünschten“ Resultate liefern konnte — und zweifelt schließlich an sich selbst, ob sie überhaupt zur Forscherin tauge.

Hey „Chef“, geht’s eigentlich noch? Diesen Beitrag weiterlesen »

Zitat des Monats (10)

22. März 2013 von Laborjournal

Geoffrey Boulton, Edinburgh University, im Wall Street Journal.

 

Muster ohne Wert

6. Februar 2013 von Laborjournal

“Oh Gott, das war wieder einer der typischen Bioinformatik-Vorträge.” Der kürzlich so aufstöhnte, war ein Biochemiker. Zuletzt musste er in seinem Feld immer mehr von “diesen Bioinformatikern” begegnen. Wie in so vielen anderen Feldern auch.

“Nur reine Waschlisten”, klagte er weiter. “Warum gewisse Muster innerhalb des analysierten Monster-Datensatzes hier überrepräsentiert sind, dagegen dort kaum vorkommen. Dass es darin soundsoviel Prozent von diesem gibt, und soundsoviel von jenem. Und dann zeigt er uns strahlend, dass Proteine, die offenbar an der Transkription beteiligt sind, auffällig viel Glutamin enthalten. Als ob es dazu nicht schon einen Rattenschwanz an biochemische Daten geben würde. Und als ich ihn dann etwas ketzerisch nach einer Erklärung für die Glutamine fragte, hob er nur dumm-grinsend die Schultern.” Diesen Beitrag weiterlesen »

Zitat des Monats (16)

8. November 2012 von Laborjournal

Heute mal was Positives aus dem Blog DrugMonkey. Im Eintrag The upside of scientific meetings“ heißt es dort:

It is not infrequent that I come back from scientific meetings all in a tizzy to do one of three things.

1) Put the hurry up on pumping out some data that we’ve been collecting.

2) Start new experiments! Several. We gotta get on this right now people so let’s moooooove!

3) Write two or three new grant proposals.

The reasons are varied but it all comes down to the constellation of encouragements you get at a conference through talking with various people about your data and their own data.

This is why we do this. Because the science is exciting. And meetings put a thick underline below this experience.

Foto: iStockphoto/geniebird

Kaum Schrott im Genom?

11. September 2012 von Laborjournal

Puh, da ist man erstmal sprachlos. Mit der puren Masse von gleich 30 Artikeln auf einmal in mehreren Journals erschlagen uns förmlich die über 440 Forscher des internationalen ENCODE-Konsortiums (Nature hat dazu einen speziellen „ENCODE-Explorer“ eingerichtet).

ENCODE steht für „Encyclopedia Of DNA Elements“ und der Name war und ist durchaus Programm: Nicht weniger, als sämtliche Abschnitte des Humangenoms funktionell zu katalogisieren, war Ziel des Projekts. Oder wie Brendan Maher in Nature schreibt:

The project’s aim is to catalogue the ‚functional‘ DNA sequences that lurk there, learn when and in which cells they are active and trace their effects on how the genome is packaged, regulated and read.

Ist dieses Ziel mit diesem Paper-Paukenschlag erreicht?

Wie üblich bei solchen Projekten, hat man jetzt erstmal eine Riesenmenge Daten produziert, die fortan Stoff für jede Menge eingehendere Analysen bieten. Und — wie ebenfalls üblich — wird dabei sicher auch noch ordentlich „falsch positives Datenrauschen“ aussortiert.

Vor allem eine pauschale Schlüsselerkenntnis proklamieren die ENCODE-Protagonisten jedoch schon jetzt: Im Humangenom gibt es fast keinen Müll, nahezu jede Base spielt offenbar irgendwie mit in der Orchestrierung des jeweils spezifischen Zellgeschehens. Diesen Beitrag weiterlesen »