Kann die Bioforschung Excel wieder nutzen?

1. November 2023 von Laborjournal

Microsoft hat es endlich getan: Seit einigen Wochen kann man in deren Tabellenkalkulationsprogramm Excel Daten eingeben, ohne dass die eingebaute automatische Datenkonvertierung diese notorisch ungewollt verunstaltet – eine Funktion, die  der biomedizinischen Forschung sehr lange durchaus große Schäden zugefügt hat.

Fast schon höhnisch wirkt daher, wie sehr sich Microsoft jetzt für diese „Neuheit“ preist. Auf Microsofts Blog-Seite schreibt etwa die verantwortliche Produktmanagerin namens Chirag Fifadra in dem Beitrag „Control data conversions in Excel for Windows and Mac“:

Ich freue mich, Ihnen mitteilen zu können, dass wir nun aufgrund Ihrer Rückmeldungen die Einstellungen für die automatische Datenkonvertierung verbessert haben. […] Wir wollten die Frustration unserer Kunden über die automatische Konvertierung von Daten in bestimmte Formate durch Excel beseitigen. Daher haben wir Ihnen jetzt die Möglichkeit gegeben, das Standardverhalten von Excel zu ändern und bestimmte Arten der automatischen Datenkonvertierung nach Bedarf zu deaktivieren.

Schön, aber die „Rückmeldungen“ über gewisse „Frustrationen“ mit Excel gibt es inzwischen seit fast zwanzig Jahren – zumindest aus der Life-Science-Forschung. Bereits 2004 erschien in BMC Bioinformatics ein Artikel mit dem Titel „Mistaken Identifiers: Gene name errors can be introduced inadvertently when using Excel in bioinformatics“ (vol. 5, Art. nr.: 80). Darin fassen die Autoren zusammen:

Bei der Verarbeitung von Microarray-Datensätzen stellten wir kürzlich fest, dass einige Gennamen versehentlich in Nicht-Gennamen geändert wurden. Mit etwas Detektivarbeit konnten wir das Problem auf die Standardkonvertierung von Datumsformaten und Fließkommaformaten in dem […] Programmpaket Excel zurückführen. Von den Datumsumwandlungen sind mindestens 30 Gennamen betroffen, von den Fließkomma-Umwandlungen mindestens 2.000 […]. Diese Konvertierungen sind irreversibel; die ursprünglichen Gennamen können nicht wiederhergestellt werden. Für Analysen unter Einbeziehung von Gennamen sollte man sich dieses Problems bewusst sein. Denn immerhin könnten dadurch Gene – auch medizinisch wichtige – aus dem Blickfeld geraten. Ganz abgesehen davon, dass auf diese Weise selbst sorgfältig kuratierte Datenbanken bereits verunreinigt wurden.

Seitdem wartete die Community auf Besserung. Diesen Beitrag weiterlesen »

Penis-schreddernde Kobolde

26. Oktober 2023 von Laborjournal

Aus unserer Reihe „Forschung skurril“

Morbus Kobold macht, dass Sie sich vor Schmerz zusammenkrümmen – auch wenn Sie selbst gar nicht von dem Krankheitsbild betroffen sind. Seien Sie also gewarnt und lesen Sie mit Bedacht weiter!

Die Erstbeschreibung von Morbus Kobold, an dem meist alleinstehende Männer leiden, geht auf die Dissertation des Urologen Michael Theimuras Alschibaja von der Technischen Universität München aus dem Jahr 1978 zurück. Die namensgebende Ursache der Erkrankung ist unterdessen bereits seit 1929 bekannt – elektrische Handstaubsauger der Marke „Kobold“ von der Vorwerk SE & Co. KG. Das Besondere an ihnen ist ihre spezielle Bauform: Von anderen Staubsaugermodellen unterscheidet sich der Vorwerk-Kobold dadurch, dass sich sein Motor nicht zusammen mit dem Staubbeutel in einem wuchtigen Motorgehäuse befindet, sondern am unteren Ende eines Stieles direkt über der Saugdüse verbaut ist. Damit entfällt der übliche, ein bis zwei Meter lange Verbindungssaugschlauch zwischen Motor und Saugdüse.

Die Saugwirkung ist dank dieses außergewöhnlichen Designs verbessert. Allerdings hat dies Konsequenzen: Entfernt man(n) die Saugdüse, so trennt nur noch ein elf Zentimeter langer und 3,2 Zentimeter durchmessender Ansaugstutzen die Ansaugöffnung des Staubsaugers vom Saugvibrationen erzeugenden Motor.

Hmm, eine elf Zentimeter lange und drei Zentimeter breite Saugöffnung also?

Ja, lieber Leser oder liebe Leserin, Sie liegen richtig!  Diesen Beitrag weiterlesen »

Wo sind meine Paper hin?

18. Oktober 2023 von Laborjournal

Vielleicht sollte unser Forscher Ernst sich abends mit bestimmten Themen einfach nicht mehr beschäftigen …

 

(Gezeichnet von Rafael Florés. Über 200 weitere Labor-Abenteuer von „Forscher Ernst“ gibt es hier.)

 

Zum Niedergang von #ScienceTwitter

11. Oktober 2023 von Laborjournal

Forschungsartikel werden nicht signifikant häufiger zitiert, wenn sie zuvor auf Twitter (heute X) angepriesen werden. Dieses Kernfazit ziehen elf aktiv twitternde Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler nach entsprechender Studie in einem bioRxiv-Preprint. Wir berichteten darüber in unserem vorletzten Blog-Beitrag.

Was wir darin ausgespart hatten, waren die abschließenden Absätze des persönlichen Bedauerns der Autorinnen und Autoren über den „Niedergang von Twitter“. Das ist eigentlich ein neues Thema, weswegen wir die Absätze jetzt in einem neuen Beitrag zitieren:

Seit mehr als einem Jahrzehnt ist Twitter eine unfassbar beliebte Plattform für Forscherinnen und Forscher, um ihre wissenschaftlichen Fortschritte mit einem breiteren Publikum zu teilen. Daher nehmen wir nach dem Kauf, dem Stellenabbau und der Umbenennung in X mit einer gewissen Wehmut den Niedergang von Twitter in den letzten Monaten zur Kenntnis. So ergab eine Umfrage unter fast 9.200 auf Twitter aktiven Wissenschaftlern, dass 54 Prozent in den letzten sechs Monaten ganz mit Twitter aufgehört oder ihre Twitter-Nutzung reduziert haben, während 46 Prozent einen alternativen Microblogging-Account eröffnet haben (die drei wichtigsten Empfänger sind Mastodon, Instagram oder Threads) (Nature 620:482-4).

Mit dem Niedergang von Twitter sind wir besorgt, dass die rasche Verbreitung von Forschungsergebnissen abnimmt, die interdisziplinäre Zusammenarbeit und der Austausch von Wissen behindert werden. Ebenso besorgt sind wir, dass die Fähigkeit von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern abnimmt, ein breiteres Publikum zu erreichen und zu informieren. Dies wird sich  auf das öffentliche Verständnis und die Unterstützung für die Wissenschaft auswirken. Umgekehrt könnte der Weggang von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern die Plattform, die früher als Twitter bekannt war, anfälliger für die Verbreitung von Fehlinformationen machen, die anerkannten wissenschaftlichen Erkenntnissen widersprechen. Wir hoffen daher, dass der massenhafte Abgang von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern von Twitter mit einem ebenso massenhaften Einstieg von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern in alternative Formen sozialer Medien einhergeht, die neue Möglichkeiten der wissenschaftlichen Kommunikation und des Engagements bieten.

Als Gruppe von Autorinnen und Autoren haben wir alle sehr von unserem Streifzug durch die sozialen Medien profitiert und eine Online-Gemeinschaft aufgebaut, in der wir von anderen lernen, über die Wunder der Natur staunen und uns über die Sünden der Menschheit empören. Teile dieses Engagements haben zu wissenschaftlichen Artikeln und Kooperationen geführt, die sonst nicht zustande gekommen wären, so auch der vorliegende Artikel. Die Steigerung des Bekanntheitsgrades unserer wissenschaftlichen Arbeiten war sicherlich nicht unser primäres Ziel, und so liegt der wahre Wert des öffentlichen wissenschaftlichen Engagements im Internet vielleicht darin, wie viele Freundinnen und Freunde wir auf diesem Weg gewonnen haben und welches Wissen wir mit unseren Online-Gemeinschaften geteilt und von ihnen gewonnen haben …

So ist es wohl leider. Auch wir als „Beobachter von Wissenschaft“ sehen diesen Niedergang von Twitter (heute X) als wertvolle und lebendige Plattform für Wissenschaftskommunikation sowohl innerhalb der Community wie auch darüber hinaus. Wobei an dieser Stelle fairerweise auch erwähnt sei, dass andere dem Aussagewert der Zahlen aus der zitierten Nature-Umfrage nicht ganz trauen – und vielmehr bezweifeln, dass tatsächlich bereits derart viele Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern ihre X-Aktivitäten eingestellt oder stark reduziert haben.

Weitere Erfahrungen und Meinungen zum vermeintlichen Niedergang von #ScienceTwitter auf X?

Ralf Neumann

Intime Rituale

4. Oktober 2023 von Laborjournal

Die zoologische Forschung hat null Hemmungen, über die intimen Hygiene-Rituale ihrer Versuchstiere zu berichten. Was Forscherinnen und Forscher ihrerseits auf der Toilette so treiben, traut sich dagegen keiner laut zu sagen. Bis zu dieser Glosse …

Was haben die Ameisen eigentlich der Forschung getan? Nestbeschmutzer sollen sie sein, behauptetet ein Regensburger Zoologen-Team um Tomer Czaczkes in einem Paper in PLoS ONE mit dem schönen Titel „Nest Etiquette – Where Ants Go When Nature Calls„. Statt ihr Geschäft draußen zu verrichten, hinterlassen die Ameisen der Art Lasius niger ihre Ausscheidungen oft gleich im Nest. Immerhin krabbelten die Laborameisen der Regensburger Gruppe in bestimmte Nischen in ihren Gips-Nestern, um sich zu erleichtern.

Wieso die Zoologie-Forschenden in die Intimsphäre der fleißigen Insekten eindrangen, erschließt sich allerdings nicht. Da räumen die Krabbeltiere den Wald auf, quasi bienenfleißig (wenn das keine Beleidigung in Ameisenkreisen wäre). Und was ist der Dank der Wissenschaft? Übelstes Nachspionieren und öffentliche Diffamierung. Ant-Shaming sozusagen, noch dazu in einer allgemein zugänglichen Open-Access-Zeitschrift.

Bizarre Verhaltensweisen

Glücklicherweise setzt sich Laborjournal  aus Prinzip für die Kleinen ein, und deshalb schlagen wir heute im Namen der Ameise zurück. Die Ergebnisse jahrelanger verdeckter Recherchen, bisher schamhaft in der untersten Redakteurs-Schublade verborgen, kommen endlich ans Licht. Denn wenn Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler über den Stuhlgang der Ameise schreiben, ist es nur fair, wenn wir nach dem Prinzip „Auge für Auge, Zahn für Zahn“ mal nachsehen, was die Forschenden selbst in ihren Instituts-Toiletten so treiben. Bizarre Verhaltensweisen, die im Tierreich ihresgleichen suchen, gelangen hier erstmals an die Öffentlichkeit. Streng anonym und anekdotisch.    Diesen Beitrag weiterlesen »

Häufiger zitiert durch Twitter (X)?

27. September 2023 von Laborjournal

Dank Herrn Musk heißt Twitter heute bekanntlich X. Dennoch wird auch für X gelten, was ein US-Team gerade unter dem Titel „Controlled experiment finds no detectable citation bump from Twitter promotion“ veröffentlicht hat (bioRXiv, doi.org/kvk7). Demnach beobachteten die Beteiligten in ihrem Experiment keinen signifikanten Anstieg der Zitierzahlen von Forschungsartikeln, wenn diese zuvor auf Twitter angepriesen wurden.

Zitierzahlen interessieren den publizierenden Forscher respektive Forscherin natürlich sehr. Daher wundert auch kaum, dass zuvor bereits mehrere Handvoll ähnlicher Studien zum Thema durchgeführt wurden. Dummerweise jedoch lieferten diese in der Summe sehr gemischte Ergebnisse – von keinem Einfluss anpreisender Tweets auf die künftige Zitierrate (z.B. hier und hier) über allenfalls mäßige Folgen (z.B. hier und hier) bis hin zu einem deutlich positiven Effekt (z.B. hier und hier).

Jetzt also nochmal eine Studie zum gleichen Thema, wahrscheinlich die annähernd hundertste. Warum sollte man sich die überhaupt anschauen? Na ja, vielleicht weil sie gleich zu Beginn die allermeisten anderen erstmal in die Pfanne haut, indem es dort heißt:  Diesen Beitrag weiterlesen »

Besorgniserregende Stichproben

20. September 2023 von Laborjournal

„Wissenschaftsbetrug ist selten. Stimmt das eigentlich?“ Diese Frage stellte unser „Wissenschaftsnarr“ Anfang des Jahres in seiner Laborjournal-Kolumne (LJ 1-2/2023: 22-24). Und fasste ein Ergebnis seiner Recherche folgendermaßen zusammen:

Beispielsweise können mittlerweile wissenschaftliche Abbildungen automatisiert auf Manipulationen untersucht werden. Und tatsächlich zeigt die Anwendung dieser Techniken, dass mehr als vier Prozent aller biomedizinischen Publikationen Graphen und Abbildungen enthalten, die hochgradig verdächtig auf maligne Manipulationen sind – etwa die Verschiebung von Banden, Duplikationen, nicht plausible Fehlerbalken und so weiter. Diese Zahlen werden auch durch Arbeiten bestätigt, in denen Menschen die Abbildungen untersuchten.

Vier Prozent ist nicht selten. Noch schlimmer aber ist, dass in der Zwischenzeit weitere „Stichproben“ auf höhere Quoten kommen. So untersuchte beispielsweise ein fünfköpfiges Team der Universität Birmingham in Alabama, USA, insgesamt 67 Publikationen aus der rhinologischen Forschung mit dem KI-basierten Software-Tool Imagetwin auf potenziell unlauter duplizierte Immunofluoreszenz-Abbildungen (Int. Forum Allergy Rhinol., doi.org/ks6m). Bei 18 Artikeln schlug Image­twin Alarm. In neun davon charakterisierten die Autoren die Duplikationen daraufhin als „definitiv“, hinsichtlich der übrigen neun blieben sie bei „möglich, aber nicht vollends bestätigt“. Nimmt man nur erstere, bleibt folglich eine Manipulations-Quote von 12 Prozent.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Tube-Dunking

12. September 2023 von Laborjournal

 

Seit dem WM-Sieg am Sonntag drängen völlig neue Einflüsse in den Forschungsalltag unseres „Forscher Ernst“ …

 

(Gezeichnet von Rafael Florés. Über 200 weitere Labor-Abenteuer von „Forscher Ernst“ gibt es hier.)

 

Die Mikrobiomik hat’s nicht leicht

6. September 2023 von Laborjournal

Schon vor knapp fünf Jahren bemerkte unser Wissenschaftnarr süffisant zum Thema:

Mittlerweile spuckt PubMed pro Tag dreißig neue Mikrobiom-Artikel aus. Kein Fach, das nicht von der Mikrobiom-Manie erfasst wurde.

Um wenig später zu ergänzen:

Immerhin konnte aufgrund der Vielzahl der publizierten Studien mittlerweile eine Reihe von Metaanalysen durchgeführt werden. Diese schlussfolgern in aller Regel, dass man eigentlich gar nichts sagen kann, da die vorliegenden Studien gewisse Qualitäts-Mindestanforderungen nicht erreichen. Und dort, wo solide und gut gemachte Studien vorliegen, liefern diese entweder neutrale oder sogar negative Resultate. So geschehen etwa kürzlich in einer relativ großen Studie an Patienten mit Reizdarm: Den Probanden in der Stuhltransplantations-Gruppe ging es am Ende schlechter als denjenigen, die mit Placebo behandelt wurden.

Und damit hat er noch nicht mal das leidige Hauptproblem der Mikrobiomik angesprochen: Nämlich dass bei der Entnahme oder Weiterprozessierung der Mikroorganismen immer wieder unbemerkt menschliche DNA mit ins Röhrchen rutscht – und die Mikrobiom-Daten am Ende auf hässliche Weise kontaminiert. Das weiß man zwar schon länger und versucht daher, mit den Referenzdaten des Humangenoms solche Falsch-Daten nachträglich wieder herauszurechnen – dennoch werden bis heute weiterhin in schöner Regelmäßigkeit solche Kontaminationen aufgedeckt.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Postersession: Ritual im Großformat

30. August 2023 von Laborjournal

– EHER EINE GLOSSE –

 

„Poster? Nie mehr. Da bleib‘ ich lieber im Labor.“ So das Fazit eines Konferenzbesuchers nach einer enttäuschenden Poster-Session (siehe „Inkubiert“ in LJ 5/2015, S. 8). „Aalglatte Stories mit den Daten von vorgestern“, so der im Heft zitierte Informant.

Der Grund für die offenbar um sich greifende Zurückhaltung: Paranoia vor der Konkurrenz. Da könnte ja jemand die unveröffentlichten Experimente nachkochen. Kann man die Papierschlacht mit den Postern also gleich ganz bleiben lassen?

Andererseits: Was wäre eine Konferenz ohne eine zünftige Poster-Rallye? Denn Rituale wollen gepflegt werden und geben Halt im Jahreslauf des Forscherlebens.

Das Drama beginnt schon zu Hause im Labor.

Der Kampf mit dem Chef. Der hat nämlich in der Regel seine eigenen Vorstellungen davon, was man auf dem großen Blatt Papier zeigen soll – oder eben nicht zeigen darf, um die Konkurrenz im Dunkeln zu lassen.  Diesen Beitrag weiterlesen »