Dreckige Genome

18. Februar 2011 von Laborjournal

Der Mensch mischt mit. So wie sie derzeit in den einschlägigen Datenbanken stehen, sind mindestens ein knappes Viertel aller Genomsequenzen von Nicht-Primaten mit menschlichen DNA-Sequenzen durchsetzt.

US-Forscher um Rachel O’Neill von der University of Connecticut nahmen sich sämtliche Genome aus vier Datenbanken vor: den Genome Browsern des Joint Genome Institute, des National Center for Biotechnology Information (GenBank) und der University of California, Santa Cruz, sowie der Datenbank Ensembl des European Bioinformatics Institute (EBI).

All diese Sequenzen screenten sie nach human-spezifischen repetitiven AluY-Elementen. Diese sind zwar keine 300 Basenpaare lang, kommen aber etwa eine Million Mal im Humangenom vor. Das Ergebnis: Von 2.057 untersuchten Genomsequenzen enthielten 454 AluY-Sequenzen — das macht 22,4 Prozent (PLoS ONE 6(2): e16410).

Kontaminationen von Sequenzierproben durch die Experimentatoren sind nichts Neues. So beschwichtigte etwa Richard Gibbs, Director des Human Genome Sequencing Center am texanischen Baylor College in der New York Times:

I don’t know of any good scientific work that has been compromised by cross-species contamination.

Essentiell sei eben, dass man jede erhaltene Sequenz gründlich auf Kontaminationen prüft — und entsprechend „säubert“.

Scheint so, als käme man mit dem „Säubern“ nicht ganz nach. Denn was anderes heißt es, wenn schon über 20 Prozent der Genome allein mit Alu-Sequenzen „verdreckt“ sind? Darunter so prominente Beispiele wie Mais, Zebrafisch, Xenopus, Cassava, Bacillus oder Pseudomonas.

Und dann verkündet ein Paper im Online-Journal mBio prompt in der gleichen Woche, dass Neisseria gonorrhea sich humane DNA-Fragmente von seinem Wirt ins eigene Genom gepflanzt hat — via horizontalem Gentransfer. Ist jetzt ein Schelm, wer Böses dabei denkt?

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