Würmer sortieren — leicht gemacht

28. September 2009 von Laborjournal

eleg Caenorhabditis elegans — das ist bekannt — dient vor allem Entwicklungsbiologen als eines  ihrer liebsten „Haustiere“. Allerdings war es bisher sehr mühsam, die Würmchen nach diversen Entwicklungsstadien zu sortieren. Nach Augenmaß und mit Mundpipette verteilten die Wurmfoscher sie meist in verschiedene Töpfchen. Und dann, so berichtet der Berliner Doktorand Marlon Stoeckius vom Berlin Institute for Medical Systems Biology, hatte man dennoch oftmals  zu wenig exakt gleiche Entwicklungsstadien, um sie mit Hilfe moderner Hochdurchsatzmethoden zu vergleichen.

Also machte er sich mit seinem Chef, Nikolaus Rajewsky, sowie anderen Berliner und New Yorker Kollegen daran, ihre „Leidensgenossen“ von der lästigen Hand-und-Mundarbeit zu befreien. Das Ergebnis steht seit Anfang September auf den Online-Seiten von Nature Methods. Geschickt markierten sie die Würmer mit dem  Green Fluorescent Protein (GFP), woraufhin die einzelligen Embryonen zu einem ganz bestimmten Entwicklungsstadium zu leuchten begannen. Den Rest erledigte ein Fluoreszenz-aktivierter Zellsortierer (FACS), der die entsprechenden Zellen sauber und automatisch vom Rest abtrennte.

C. elegans: 1-Zell-Stadien

C. elegans: 1-Zell-Stadien

Und auch ein Proof-of-Principle-Experiment lieferten Stoeckius und Co. Die Hochdurchsatz-gesammelten Embryonen gingen umgehend weiter ins Hochdurchsatz-Second-Generation-Sequencing, mit dem Ziel die Expression kleiner Regulator-RNAs aufzuzeichnen. Ergebnis: Bereits im frühen Wurmembryo lassen sich komplexe und wohlkoordinierte Expressionsänderungen beobachten — sowohl zwischen als auch innerhalb verschiedener Klassen von kleinen RNAs.

Mit handverlesenen Embryonen wären diese Expressionsdynamik wohl nicht zu messen gewesen.

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