Ein neuer Tag, ein neues Genom

9. September 2010 von Laborjournal

Vor nicht einmal 14 Tagen krabbelten zwei Ameisenarten in die Liste der sequenzierten Organismen (Science 329: 1068-71), letzte Woche kam dann der Apfel dazu (Nature Genetics, pub. online 29. August 2010), vorgestern flatterte noch schnell der Truthahn herein (PLoS Biol 8(9): e1000475) — und gestern verkündeten gerade mal elf  Autoren das erste „irische Genom“ (Genome Biology 2010, 11:R91).  Dazwischen posaunten die Medien noch etwas voreilig das Weizengenom hinaus, was das offizielle International Wheat Genome Sequencing Consortium allerdings in dieser Endgültigkeit erstmal wieder zurücknahm.

Wie auch immer, Genome sequenzieren ist schon lange kein Hexenwerk mehr. Und sofern man nicht gerade ein spezielles Interesse an dem jeweiligen Organismus hat, nimmt man sie mittlerweile fast nur noch beiläufig wahr. Auch wenn das alles sicher sehr gute Studien sind.

PZ Myers kommentiert denn auch in seinem Blog Pharyngula das erste Genom eines irisch-stämmigen Menschen als

[…] a curious paper — it’s fine research, and it’s a useful dollop of data, but it’s simultaneously so 21st century and on the edge of being completely trivial. It’s like a tiny shard of the future whipping by on its way to quaintness. […] It’s a good piece of work, another piece in the puzzle of human genomics, but it’s also a little bit odd. I’m always excited to see another organism’s genome sequenced, the first marsupial, the first sea anemone, the first avian, etc., and it’s also become a bit commonplace (oh, another bacterium sequenced…); it’s just weird to see „Irish“ announced as a new novel addition to the ranks of sequenced organisms, as if it were Capitella or something. Cool, but a little jarring.

Geht uns ähnlich. Mal sehen, welche Genome noch bis zum Wochenende kommen. Und ob wir sie alle noch gebührend registrieren…

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5 Gedanken zu „Ein neuer Tag, ein neues Genom“

  1. Ralf Neumann sagt:

    Der Kakao bzw. seine Pflanze ist der nächste. Folgende Mail erreichte uns gerade:

    […] der Süßwarenhersteller Mars hat mit dem US-Landwirtschaftsministerium und dem Technologiekonzern IBM ein herausragendes Forschungsprojekt abgeschlossen: Gemeinsam ist es in einem langjährigen und aufwändigen Verfahren gelungen, das Erbgut der Kakaopflanze zu entschlüsseln.

    Die Erkenntnisse sind ab sofort global und kostenlos im Internet verfügbar und bieten der weltweiten Forschergemeinde die Grundlage, um die Züchtung und den Anbau von Kakaopflanzen zu verbessern.

    Im Ergebnis können die weltweit 6,5 Millionen Bauern – größtenteils aus kleinbäuerlichen Plantagen – robuste, ertragreiche, sowie gegen Dürre und Schädlinge resistente Kakaobäume pflanzen, die Erträge steigern und so ihre Existenzgrundlage ausbauen. Auf diese Weise können ganze Volkswirtschaften – insbesondere in Afrika und Lateinamerika – gestärkt werden. Es war und ist nicht Ziel des Forschungsprojektes, Kakaopflanzen gentechnisch zu verändern.

    Erfahren Sie im Folgenden mehr über diese bahnbrechende Forschungsleistung.

    Und zwar hier und hier.

  2. Ralf Neumann sagt:

    … und jetzt streiten sogar zwei Teams — beide jeweils von konkurrierenden Schokoladen-Firmen unterstützt — um die Priorität beim Kakao-Genom:

    But there are two separate groups vying for credit in what some might consider the research arm of a chocolate factory war.

    The candy maker Mars is expected to announce on Wednesday that a project it financed has essentially completed the raw sequence of the genome of the cacao tree, and that it would make the data freely available to researchers.

    The announcement upstages a consortium involving French government laboratories and Pennsylvania State University that is backed in part by a competitor of Mars, Hershey. This group says it has also completed the sequence, but cannot discuss it until its paper analyzing the genome is published in a scientific journal.

    schreibt die New York Times.

  3. Ralf Neumann sagt:

    Und wieder ein Rekord gebrochen. Diesmal geht es um das kleinste bekannte Kerngenom. Das Online-Magazin ScienceDaily meldet heute:

    Genomic ‚Haircut‘ Makes World’s Tiniest Genome Even Smaller

    Die Message:

    Until recently, Enzephalotozoon cuniculi, a parasitic fungus commonly found in rabbits that can also be fatal to immunocompromised humans, has been widely regarded as having the smallest known nuclear genome. At 2.9 millions base pairs (Mbp) and approximately 2,000 genes, the genome of E. cuniculi is less than one-two thousandth the size of the human genome.

    But now, a team of researchers led by UBC Botany Prof. Patrick Keeling sequenced the genome of a closely related parasite that makes the E. cuniculi genome seem positively king-sized. The genome of E. intestinalis, a sister species of E. cuniculi that infects human intestines, is 20 per cent smaller, at only 2.3Mbp.

    Und weiter:

    Keeling and a team of researchers from Switzerland, Canada and the U.S. compared the genome of E. cuniculi and E. intestinalis and found little difference between the chromosome „cores“ but that the ends were all „trimmed“ in E. intestinalis.

    „The chromosomes are long threads of DNA, and in E. intestinalis its almost as though it got a haircut, removing hundreds of genes, but all from the ends of the threads,“ says Keeling.

    Also frei nach dem Motto: Chromosomen fangen von den Enden her zu stinken an.

  4. Ralf Neumann sagt:

    Bei Kakaopflanze und Tasmanischem Teufel geht der Prioritäten-Streit weiter. Siehe unseren neuen Beitrag „Pressemeldung oder Paper — abgerechnet wird zum Schluss“.

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