Soll Peer Review Fälschung aufdecken? – 2.0

22. November 2023 von Laborjournal

Im Wall Street Journal erschien unlängst ein Artikel mit dem Titel „What’s Wrong With Peer Review?“ Darin stellt die Autorin die Frage, ob angesichts vieler aufsehenerregender Retractions in der jüngsten Vergangenheit der Peer-Review-Prozess seine Funktion überhaupt noch erfüllt – nämlich zu entscheiden, welche Studien tatsächlich zur Veröffentlichung taugen.

In dem Artikel erregte ein Zitat der Chief-Editorin von Nature, Magdalena Skipper, besondere Aufmerksamkeit. Hinsichtlich des Aufdeckens gezielter Fälschungen in Forschungsartikeln hält sie fest, dass dies keineswegs Job der Reviewer ist – und fügt hinzu:

Ich möchte meine Peer-Reviewer eigentlich nicht als eine Art Polizeikommando ansehen, das solches Fehlverhalten aufspürt.

Schon im Artikel werden Editoren-Kollegen mit anderer Meinung zitiert. Für noch mehr Diskussionen sorgte Skippers Aussage indes in den Sozialen Medien. So wunderte sich etwa die australische Psychologie-Professorin Simine Vazire auf X (ehemals Twitter):

Die Zitate der Nature-Chief-Editorin Magdalena Skipper zur Frage, ob Zeitschriften im Rahmen des Peer-Review auch auf Fehler und Datenqualität prüfen sollten, überraschen mich doch sehr.

Und mit dieser Überraschung war sie bei weitem nicht allein. Diesen Beitrag weiterlesen »

Preprint- statt Journal-Clubs

8. November 2023 von Laborjournal

Die Zahl der Vorab-Ver­öf­fent­li­chungen von Forschungsergebnissen auf Preprint-Servern hat zuletzt rasant zugenommen – unter anderem auch stark befeuert durch die COVID-19-Pandemie. Zugleich betreiben die meisten akademischen Institutionen seit vielen Jahrzehnten die guten, alten „Journal Clubs“, in denen bereits begutachtete und publizierte Studienresultate kritisch besprochen werden. Warum angesichts dessen nicht zwei Fliegen mit einer Klappe schlagen, dachten sich offenbar vor drei Jahren eine Handvoll Jungforschende: Warum nicht gewisse Synergien erzeugen, indem man den „Journal Club“ in einen „Preprint Club“ umwandelt?

Ungefähr so entstand 2020 die Idee zu einem institutionsübergreifenden Preprint Club (preprintclub.com), um via Online-Treffen neue immunologische Studien zu bewerten, die auf den Preprint-Servern bioRxiv und medRxiv erschienen waren. Keimzelle waren junge Immunologinnen und Immunologen an der Icahn School of Medicine at Mount Sinai in New York City und der University of Oxford, später kamen weitere vom Stockholmer Karolinska-Institut und der University of Toronto hinzu.

Fünf von ihnen haben den Gründungsprozess und die Idee dahinter gerade in Nature (doi: 10.1038/d41586-023-01819-y) genauer beschrieben. Darin halten sie fest:   Diesen Beitrag weiterlesen »

Kann die Bioforschung Excel wieder nutzen?

1. November 2023 von Laborjournal

Microsoft hat es endlich getan: Seit einigen Wochen kann man in deren Tabellenkalkulationsprogramm Excel Daten eingeben, ohne dass die eingebaute automatische Datenkonvertierung diese notorisch ungewollt verunstaltet – eine Funktion, die  der biomedizinischen Forschung sehr lange durchaus große Schäden zugefügt hat.

Fast schon höhnisch wirkt daher, wie sehr sich Microsoft jetzt für diese „Neuheit“ preist. Auf Microsofts Blog-Seite schreibt etwa die verantwortliche Produktmanagerin namens Chirag Fifadra in dem Beitrag „Control data conversions in Excel for Windows and Mac“:

Ich freue mich, Ihnen mitteilen zu können, dass wir nun aufgrund Ihrer Rückmeldungen die Einstellungen für die automatische Datenkonvertierung verbessert haben. […] Wir wollten die Frustration unserer Kunden über die automatische Konvertierung von Daten in bestimmte Formate durch Excel beseitigen. Daher haben wir Ihnen jetzt die Möglichkeit gegeben, das Standardverhalten von Excel zu ändern und bestimmte Arten der automatischen Datenkonvertierung nach Bedarf zu deaktivieren.

Schön, aber die „Rückmeldungen“ über gewisse „Frustrationen“ mit Excel gibt es inzwischen seit fast zwanzig Jahren – zumindest aus der Life-Science-Forschung. Bereits 2004 erschien in BMC Bioinformatics ein Artikel mit dem Titel „Mistaken Identifiers: Gene name errors can be introduced inadvertently when using Excel in bioinformatics“ (vol. 5, Art. nr.: 80). Darin fassen die Autoren zusammen:

Bei der Verarbeitung von Microarray-Datensätzen stellten wir kürzlich fest, dass einige Gennamen versehentlich in Nicht-Gennamen geändert wurden. Mit etwas Detektivarbeit konnten wir das Problem auf die Standardkonvertierung von Datumsformaten und Fließkommaformaten in dem […] Programmpaket Excel zurückführen. Von den Datumsumwandlungen sind mindestens 30 Gennamen betroffen, von den Fließkomma-Umwandlungen mindestens 2.000 […]. Diese Konvertierungen sind irreversibel; die ursprünglichen Gennamen können nicht wiederhergestellt werden. Für Analysen unter Einbeziehung von Gennamen sollte man sich dieses Problems bewusst sein. Denn immerhin könnten dadurch Gene – auch medizinisch wichtige – aus dem Blickfeld geraten. Ganz abgesehen davon, dass auf diese Weise selbst sorgfältig kuratierte Datenbanken bereits verunreinigt wurden.

Seitdem wartete die Community auf Besserung. Diesen Beitrag weiterlesen »

Zum Niedergang von #ScienceTwitter

11. Oktober 2023 von Laborjournal

Forschungsartikel werden nicht signifikant häufiger zitiert, wenn sie zuvor auf Twitter (heute X) angepriesen werden. Dieses Kernfazit ziehen elf aktiv twitternde Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler nach entsprechender Studie in einem bioRxiv-Preprint. Wir berichteten darüber in unserem vorletzten Blog-Beitrag.

Was wir darin ausgespart hatten, waren die abschließenden Absätze des persönlichen Bedauerns der Autorinnen und Autoren über den „Niedergang von Twitter“. Das ist eigentlich ein neues Thema, weswegen wir die Absätze jetzt in einem neuen Beitrag zitieren:

Seit mehr als einem Jahrzehnt ist Twitter eine unfassbar beliebte Plattform für Forscherinnen und Forscher, um ihre wissenschaftlichen Fortschritte mit einem breiteren Publikum zu teilen. Daher nehmen wir nach dem Kauf, dem Stellenabbau und der Umbenennung in X mit einer gewissen Wehmut den Niedergang von Twitter in den letzten Monaten zur Kenntnis. So ergab eine Umfrage unter fast 9.200 auf Twitter aktiven Wissenschaftlern, dass 54 Prozent in den letzten sechs Monaten ganz mit Twitter aufgehört oder ihre Twitter-Nutzung reduziert haben, während 46 Prozent einen alternativen Microblogging-Account eröffnet haben (die drei wichtigsten Empfänger sind Mastodon, Instagram oder Threads) (Nature 620:482-4).

Mit dem Niedergang von Twitter sind wir besorgt, dass die rasche Verbreitung von Forschungsergebnissen abnimmt, die interdisziplinäre Zusammenarbeit und der Austausch von Wissen behindert werden. Ebenso besorgt sind wir, dass die Fähigkeit von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern abnimmt, ein breiteres Publikum zu erreichen und zu informieren. Dies wird sich  auf das öffentliche Verständnis und die Unterstützung für die Wissenschaft auswirken. Umgekehrt könnte der Weggang von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern die Plattform, die früher als Twitter bekannt war, anfälliger für die Verbreitung von Fehlinformationen machen, die anerkannten wissenschaftlichen Erkenntnissen widersprechen. Wir hoffen daher, dass der massenhafte Abgang von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern von Twitter mit einem ebenso massenhaften Einstieg von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern in alternative Formen sozialer Medien einhergeht, die neue Möglichkeiten der wissenschaftlichen Kommunikation und des Engagements bieten.

Als Gruppe von Autorinnen und Autoren haben wir alle sehr von unserem Streifzug durch die sozialen Medien profitiert und eine Online-Gemeinschaft aufgebaut, in der wir von anderen lernen, über die Wunder der Natur staunen und uns über die Sünden der Menschheit empören. Teile dieses Engagements haben zu wissenschaftlichen Artikeln und Kooperationen geführt, die sonst nicht zustande gekommen wären, so auch der vorliegende Artikel. Die Steigerung des Bekanntheitsgrades unserer wissenschaftlichen Arbeiten war sicherlich nicht unser primäres Ziel, und so liegt der wahre Wert des öffentlichen wissenschaftlichen Engagements im Internet vielleicht darin, wie viele Freundinnen und Freunde wir auf diesem Weg gewonnen haben und welches Wissen wir mit unseren Online-Gemeinschaften geteilt und von ihnen gewonnen haben …

So ist es wohl leider. Auch wir als „Beobachter von Wissenschaft“ sehen diesen Niedergang von Twitter (heute X) als wertvolle und lebendige Plattform für Wissenschaftskommunikation sowohl innerhalb der Community wie auch darüber hinaus. Wobei an dieser Stelle fairerweise auch erwähnt sei, dass andere dem Aussagewert der Zahlen aus der zitierten Nature-Umfrage nicht ganz trauen – und vielmehr bezweifeln, dass tatsächlich bereits derart viele Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern ihre X-Aktivitäten eingestellt oder stark reduziert haben.

Weitere Erfahrungen und Meinungen zum vermeintlichen Niedergang von #ScienceTwitter auf X?

Ralf Neumann

Intime Rituale

4. Oktober 2023 von Laborjournal

Die zoologische Forschung hat null Hemmungen, über die intimen Hygiene-Rituale ihrer Versuchstiere zu berichten. Was Forscherinnen und Forscher ihrerseits auf der Toilette so treiben, traut sich dagegen keiner laut zu sagen. Bis zu dieser Glosse …

Was haben die Ameisen eigentlich der Forschung getan? Nestbeschmutzer sollen sie sein, behauptetet ein Regensburger Zoologen-Team um Tomer Czaczkes in einem Paper in PLoS ONE mit dem schönen Titel „Nest Etiquette – Where Ants Go When Nature Calls„. Statt ihr Geschäft draußen zu verrichten, hinterlassen die Ameisen der Art Lasius niger ihre Ausscheidungen oft gleich im Nest. Immerhin krabbelten die Laborameisen der Regensburger Gruppe in bestimmte Nischen in ihren Gips-Nestern, um sich zu erleichtern.

Wieso die Zoologie-Forschenden in die Intimsphäre der fleißigen Insekten eindrangen, erschließt sich allerdings nicht. Da räumen die Krabbeltiere den Wald auf, quasi bienenfleißig (wenn das keine Beleidigung in Ameisenkreisen wäre). Und was ist der Dank der Wissenschaft? Übelstes Nachspionieren und öffentliche Diffamierung. Ant-Shaming sozusagen, noch dazu in einer allgemein zugänglichen Open-Access-Zeitschrift.

Bizarre Verhaltensweisen

Glücklicherweise setzt sich Laborjournal  aus Prinzip für die Kleinen ein, und deshalb schlagen wir heute im Namen der Ameise zurück. Die Ergebnisse jahrelanger verdeckter Recherchen, bisher schamhaft in der untersten Redakteurs-Schublade verborgen, kommen endlich ans Licht. Denn wenn Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler über den Stuhlgang der Ameise schreiben, ist es nur fair, wenn wir nach dem Prinzip „Auge für Auge, Zahn für Zahn“ mal nachsehen, was die Forschenden selbst in ihren Instituts-Toiletten so treiben. Bizarre Verhaltensweisen, die im Tierreich ihresgleichen suchen, gelangen hier erstmals an die Öffentlichkeit. Streng anonym und anekdotisch.    Diesen Beitrag weiterlesen »

Häufiger zitiert durch Twitter (X)?

27. September 2023 von Laborjournal

Dank Herrn Musk heißt Twitter heute bekanntlich X. Dennoch wird auch für X gelten, was ein US-Team gerade unter dem Titel „Controlled experiment finds no detectable citation bump from Twitter promotion“ veröffentlicht hat (bioRXiv, doi.org/kvk7). Demnach beobachteten die Beteiligten in ihrem Experiment keinen signifikanten Anstieg der Zitierzahlen von Forschungsartikeln, wenn diese zuvor auf Twitter angepriesen wurden.

Zitierzahlen interessieren den publizierenden Forscher respektive Forscherin natürlich sehr. Daher wundert auch kaum, dass zuvor bereits mehrere Handvoll ähnlicher Studien zum Thema durchgeführt wurden. Dummerweise jedoch lieferten diese in der Summe sehr gemischte Ergebnisse – von keinem Einfluss anpreisender Tweets auf die künftige Zitierrate (z.B. hier und hier) über allenfalls mäßige Folgen (z.B. hier und hier) bis hin zu einem deutlich positiven Effekt (z.B. hier und hier).

Jetzt also nochmal eine Studie zum gleichen Thema, wahrscheinlich die annähernd hundertste. Warum sollte man sich die überhaupt anschauen? Na ja, vielleicht weil sie gleich zu Beginn die allermeisten anderen erstmal in die Pfanne haut, indem es dort heißt:  Diesen Beitrag weiterlesen »

Die Mikrobiomik hat’s nicht leicht

6. September 2023 von Laborjournal

Schon vor knapp fünf Jahren bemerkte unser Wissenschaftnarr süffisant zum Thema:

Mittlerweile spuckt PubMed pro Tag dreißig neue Mikrobiom-Artikel aus. Kein Fach, das nicht von der Mikrobiom-Manie erfasst wurde.

Um wenig später zu ergänzen:

Immerhin konnte aufgrund der Vielzahl der publizierten Studien mittlerweile eine Reihe von Metaanalysen durchgeführt werden. Diese schlussfolgern in aller Regel, dass man eigentlich gar nichts sagen kann, da die vorliegenden Studien gewisse Qualitäts-Mindestanforderungen nicht erreichen. Und dort, wo solide und gut gemachte Studien vorliegen, liefern diese entweder neutrale oder sogar negative Resultate. So geschehen etwa kürzlich in einer relativ großen Studie an Patienten mit Reizdarm: Den Probanden in der Stuhltransplantations-Gruppe ging es am Ende schlechter als denjenigen, die mit Placebo behandelt wurden.

Und damit hat er noch nicht mal das leidige Hauptproblem der Mikrobiomik angesprochen: Nämlich dass bei der Entnahme oder Weiterprozessierung der Mikroorganismen immer wieder unbemerkt menschliche DNA mit ins Röhrchen rutscht – und die Mikrobiom-Daten am Ende auf hässliche Weise kontaminiert. Das weiß man zwar schon länger und versucht daher, mit den Referenzdaten des Humangenoms solche Falsch-Daten nachträglich wieder herauszurechnen – dennoch werden bis heute weiterhin in schöner Regelmäßigkeit solche Kontaminationen aufgedeckt.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Postersession: Ritual im Großformat

30. August 2023 von Laborjournal

– EHER EINE GLOSSE –

 

„Poster? Nie mehr. Da bleib‘ ich lieber im Labor.“ So das Fazit eines Konferenzbesuchers nach einer enttäuschenden Poster-Session (siehe „Inkubiert“ in LJ 5/2015, S. 8). „Aalglatte Stories mit den Daten von vorgestern“, so der im Heft zitierte Informant.

Der Grund für die offenbar um sich greifende Zurückhaltung: Paranoia vor der Konkurrenz. Da könnte ja jemand die unveröffentlichten Experimente nachkochen. Kann man die Papierschlacht mit den Postern also gleich ganz bleiben lassen?

Andererseits: Was wäre eine Konferenz ohne eine zünftige Poster-Rallye? Denn Rituale wollen gepflegt werden und geben Halt im Jahreslauf des Forscherlebens.

Das Drama beginnt schon zu Hause im Labor.

Der Kampf mit dem Chef. Der hat nämlich in der Regel seine eigenen Vorstellungen davon, was man auf dem großen Blatt Papier zeigen soll – oder eben nicht zeigen darf, um die Konkurrenz im Dunkeln zu lassen.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Ist A=B dasselbe wie B=A?

26. Juli 2023 von Laborjournal

Nichts ist in der Forschung eine derart heikle Angelegenheit wie die richtige Reihenfolge der Autorinnen und Autoren auf einem Paper. Wobei die ganze Angelegenheit nochmal eine Spur delikater geworden ist, seitdem sogenannte Co-Erstautorschaften rasant zugenommen haben.

Der Grund für Letzteres ist klar: Immer mehr Paper können nur noch durch die gleichwertige Kooperation mehrerer Gruppen mit jeweils verschiedener Expertise entstehen. Was nicht selten dazu führt, dass am Ende zwei oder mehr Namen auf den ersten Plätzen mit einem hochgestellten Sternchen versehen werden – zu dessen Bedeutung es dann heißt:

* These authors contributed equally to this project and should be considered co-first authors.

Das Dumme dabei ist jedoch, dass ein ­Paper mit den drei Co-Erstautoren „Maier, Müller, Schmidt“ nach liebgewonnener Forschergepflogenheit schnell zu „Maier et al.“ degeneriert. Was natürlich nicht wirklich fair ist. „Müller et al.“ oder „Schmidt et al.“ wären es allerdings genausowenig. Fazit: Co-Erstautoren können zwar formal gleichberechtigt sein – werden aber beileibe nicht gleichbehandelt. … Hier geht’s weiter >>

Talent? Oder Glück gehabt?

19. Juli 2023 von Laborjournal

Ihnen wurde nichts auf dem Silbertablett serviert? Sie haben Blut, Schweiß und Tränen literweise in Ihren Werdegang investiert und die Konkurrenz wohlverdient auf hintere Plätze verwiesen?

 

Jetzt, in diesem Moment, in dem Sie ganz allein vorm Bildschirm sitzen – Hand aufs Herz: Halten Sie sich auf die eine oder andere Weise nicht auch für cleverer, fähiger oder kompetenter als so manch ein Nebenmann und so manch eine Nebenfrau? Also, der Schreiber dieses Newsletters tut es. Schließlich beruht sowohl Ihr als auch mein Erfolg hauptsächlich – wenn nicht ausschließlich – auf unseren persönlichen Eigenschaften: Wir sind talentiert, smart, fleißig, willensstark, leidensfähig und risikobereit! Und hatten – der Wahrheit halber – gelegentlich ab und zu vielleicht auch ein Fünkchen Glück.

Willkommen in der Welt psychologischer Kontexteffekte! Denn objektiv betrachtet sind weder Sie noch ich besonders begabt: Persönliche Eigenschaften wie Talent und Intelligenz sind Gauß-verteilt. Das heißt, zwei Drittel der Bevölkerung liegen innerhalb einer Standardabweichung um den jeweiligen Mittelwert, 95 Prozent innerhalb von zwei Standardabweichungen.  … Hier geht’s weiter >>