10. August 2010 von Ralf Neumann

SpongeBob Schwammkopf...
Welches ist der bekannteste Schwamm? Ganz klar — ‘SpongeBob Schwammkopf’, die neongelbe, quaderförmige Vorabend-Comicfigur aus der Feder von Stephen Hillenburg. So manchem Elternteil stellt ‘Bob’ zwar mit seinem nervigen Gequäke in Rekordzeit die Nackenhaare auf, doch die Sprösslinge zwischen 6 und 10 hören nicht auf ihn zu lieben.
In der Scientific Community hat Bob indes nun Konkurrenz bekommen: Amphimedon queenslandica ist, da komplett farblos und still, offenbar nur ein entfernter Verwandter von Bob — allerdings: seit kurzem ist sein Genom entschlüsselt. “Na und”, mögen jetzt viele denken — und damit in die gleiche Kerbe hauen wie Bloggerin Mary von The OpenHelix Blog, die ihr Posting zum Thema provokativ beiläufig mit “Another day, another genome” überschrieb.
Auch der Titel des Nature Papers, ‘The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity‘, lässt ja irgendwie erstmal aufstöhnen, ob hier nicht wieder mal ein Genom rettungslos überverkauft wird. Compexity? In einem Schwamm? Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Genom, Krebs, Paper, Schwamm, SpongeBob
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16. Juli 2010 von Ralf Neumann
Der Autor des Blogs Lounge of the Lab Lemming präsentierte gerade eine hinterhältig-böse Fantasie, wie man seine übelsten Wettbewerber ärgern könne: Man verfasse ein 40-seitiges Manuskript, das überhaupt keinen Sinn macht, schicke es unter falschem Namen und falscher Adresse an das Journal mit dem meistgehassten Chief Editor und gebe die drei ungeliebtesten Konkurrenten als mögliche Gutachter an. Und dann sollen die sich mal abstrampeln…
Schön-böse Idee. Allerdings fragt sich, wer hier wen mehr blockiert. Denn was wird wohl länger dauern: 40 Seiten Unsinn zu fabrizieren; oder 40 Seiten Unsinn als solchen zu erkennen — und ihn in die Tonne zu treten?
Schlagworte: Editor, Gutachten, Konkurrent, Paper, Publikationsethik
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9. Juli 2010 von Ralf Neumann
… — die Luft wird dünner. 83 Scientific Publishers, darunter solche „Giganten“ wie Elsevier und Springer, haben sich für die Datenbank CrossCheck eingeschrieben, die es ihnen erlaubt mit einer Software namens iThenticate eingereichte Manuskripte auf Plagiarismus zu durchleuchten.
Doch ist es weniger die Software, die das Ganze zu einem machtvollen Instrument machen könnte, sondern vielmehr die schiere Größe der Datenbank. Denn hier ist ziemlich Unerwartetes geschehen: Alle 83 Verleger mussten zustimmen ihre eigenen Manuskript-Datenbanken mit CrossCheck zu teilen – und sie taten es. Auf diese Weise ist CrossCheck inzwischen auf 25,5 Millionen Volltext-Artikel aus nahezu 50.000 Zeitschriften und Büchern angeschwollen, mit denen die Verlage nun „verdächtige“ Manuskripte relativ bequem abgleichen können.
Und „verdächtige“ Manuskripte scheint es genug zu geben. Testläufe verschiedener Journals brachten einen Anteil von 6 bis 23 % „Verdächtigen“ unter allen eingereichten Manuskripten. Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Datenbank, Laborjournal print, Paper, Plagiat, Publikationsethik, Software, Verlage
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20. Mai 2010 von Ralf Neumann
Aus der Reihe „Spontane Interviews, die es nie gab — die aber genau so hätten stattfinden können”. Heute: Dr. D. Enk, Cerebrologisches Institut Universität Wankelheim.
LJ: Hallo, Herr Enk. Woher kommen Sie gerade?
Enk: Von meiner Technischen Angestellten.
LJ: Experimente besprochen?
Enk: Nein. Ich habe sie gefragt, ob sie Koautorin auf unserem neuesten Paper sein möchte.
LJ: Und? Was hat sie gesagt?
Enk: Sie war ziemlich überrascht. Schließlich war sie noch nie auf einem unserer Paper mit drauf. Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Autorenschaft, Experiment, Interview, Paper, Publikationsethik, TAs
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30. April 2010 von Ralf Neumann
(Kürzlich erhielten wir unten folgende Mail, deren Inhalt wir hiermit zur Diskussion stellen:)
Liebe Laborjournal-Redaktion,
[...] die kritischen Anmerkungen zu angeblich bahnbrechenden Forschungsergebnissen und deren hanebüchener Entstehung erfeuen uns immer wieder. Danke dafür!
In diesem Kontext ist mir neulich folgende Veröffentlichung in die Hände gefallen: Lee, J-L., E. L. Levin: A comparative study of the ability of EMA and PMA to distinguish viable from heat killed mixed bacterial flora from fish fillets (J of Microbiological Methods 76 (2009) 93-96). Sicherlich läßt sich darüber streiten, ob ich für derartige Versuche gleich mit Mischkulturen arbeiten sollte. Man könnte auch verschiedener Meinung sein darüber, ob ich zur Untersuchung der Wirkung einer Substanz auf lebende und tote Keime nicht NUR lebende oder NUR tote Keime einsetzen sollte (in der Veröffentlichung wurden gleich Mixturen lebender und toter untersucht).
Was aber in meinen Augen GAR NICHT GEHT, liest sich auf Seite 94 so, ich zitiere: “Interestingly, we consistently obtained a Ct value from the negative controls where no DNA was added to Rti-PCR reagents (data not shown). The false positive of this Ct value was presumably derived from bacterial contamination of PCR reagents (Greisen et al., 1994, Corless et al., 2000)” Wir finden: nicht INTERESTINGLY, sondern durch einfache Schlamperei zu erklären. Dafür würden wir uns zwei Wochen im Keller schämen, aber VERÖFFENTLICHEN würden wir sowas nicht! Gut allerdings, dass es dafür noch Literaturstellen dazu gibt… Und WAS geben denn eigentlich alle anderen Ergebnisse her, wenn die Kontrollen nicht das halten, was ihr Name verspricht??
Viele Grüße,…
Schlagworte: Bakterien, Experiment, Fischfilets, Methode, Paper, Publikationsethik, Schlamperei
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6. April 2010 von Ralf Neumann
Wir wissen, wie das Publikationsgeschäft normalerweise läuft: Der Editor einer Zeitschrift erhält eine bestimmte Anzahl Manuskripte für die nächste Ausgabe, er lässt sie von Peer Reviewern begutachten und entscheidet schließlich anhand deren Gutachten, welche davon am Ende tatsächlich gedruckt werden. Die übrigen schickt er als “abgelehnt” zurück zu den Autoren.
Das könnte allerdings bald auch anders laufen. Ein aktuelles Paper in Bioinformatics (Vol. 25(24): 3303-9) gibt Anlass zu folgendem befremdlichen Szenario: Der Editor einer Zeitschrift erhält eine bestimmte Anzahl Manuskripte für die nächste Ausgabe und lässt sie nur noch grob vor-begutachten; danach schickt er sie alle durch ein bestimmtes Software-Paket, das ihm mit über 90-prozentiger Zuverlässigkeit berechnet, wie oft jeder einzelne Artikel in den folgenden vier Jahren zitiert wird. Und am Ende erscheinen in dem Journal knallhart von oben herab die potenziell meistzitierten Artikel. Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Paper, Peer Review, Publikationsethik, Software, Zitierungen
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19. März 2010 von Ralf Neumann
Wissen Sie, wie so mancher Feierabend einiger Laborjournal-Redakteure aussieht? Kurz ein paar wichtige Dinge mit der Familie klären, Abendessen vorbereiten, essen und dann, wenn’s eigentlich gemütlich werden könnte… — mit dem Nachwuchs auf irgendwelche Klassenarbeiten lernen. Das kommt besonders gut, wenn besagter Redakteur bereits den ganzen Tag lang Texte hochkomplexen Inhalts gelesen, bearbeitet oder selbst verfasst hat. Aber wie Kollege H. immer sagt: “Dem Redaktör ist nix zu schwör” — also zusammenreißen und unverdrossen ran an die Entstehung der Zünfte, die Brechungsgesetze, ‘backshift of tenses in reported speech’,….
Wie schnell dem LJ-Redakteur jedoch diese mühsam aufgesetzte, pseudofröhliche “Lernen macht Spaß”-Fassade wieder aus dem Gesicht fällt, sobald ihn sein pubertierender Nachwuchs nur mit supercoolem “Null Bock”-Blick mustert und dessen erste Äußerungen eigentlich nur nach “Leck mich doch am Arsch” klingen — das im Detail zu beschreiben, erspart er sich hier. Worauf er lieber aufmerksam machen will, ist eine neue Science-Studie zum Thema, über die er unter anderem folgende Nachricht las:
Mit dem Beginn der Pubertät ist die optimale Zeit für das Lernen vorbei. Schuld daran sind US-Forschern zufolge unter anderem Veränderungen im Hippocampus des Gehirns, die dessen Erregbarkeit bremsen und die Lern- und Gedächtnisleistung der Heranwachsenden verringern. Zumindest bei Mäusen lässt sich die pubertäre Lernschwäche mit Hilfe eines Stresshormons allerdings aufheben, berichten die Wissenschaftler im Fachblatt «Science» (Bd. 327, S. 1515). Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Experiment, Hormone, Lernen, Paper, Pubertät, Redakteur, Studien
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11. März 2010 von Karin Hollricher
Bloggerin Isis the Scientist warf kürzlich die Frage auf, was man als Autor eines Papers machen soll, wenn sich die Co-Autoren mit ihrem Job — dem Lesen respektive Korrigieren der Publikation vor der Einreichung – sehr viel Zeit lassen. Manchmal mag das nicht schlimm sein, aber was ist, wenn man selber dieses Paper braucht, um sich z. B. auf eine Postdoc-Stelle zu bewerben, und man dementsprechend unter Zeitdruck steht? Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Autorenschaft, Paper, Publikationsethik
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4. März 2010 von Ralf Neumann
Kollege Rehm bat mich gerade, auch hier im Blog auf seine Fortsetzungs-Reportage „Der Fehlerbalken im Auge des Forschers“ auf Laborjournal online hinzuweisen. Momentan erscheint dort täglich eine weitere Folge der Geschichte um vermeintliche oder tatsächliche Datenfälschung. Der Unterschied zu den vielen anderen bekannten Daily Soaps: Es hat sich alles tatsächlich zugetragen. Hier ist Hubert Rehms aktuelle Zusammenfassung:
Seit zwei Wochen läuft auf Laborjournal online die Serie „Der Fehlerbalken im Auge des Forschers“. Was bis jetzt geschah: Zur Jahreswende 2007/2008 gab es eine Auseinandersetzung der Nachwuchsforscher Nikolai Savaskan, damals Postdok am Institut für Anatomie der Charité, mit dem Forschungs-Quereinsteiger Markus Kühbacher. Kühbacher wirft Savaskan vor, in einem gemeinsamen Manuskript Daten gefälscht zu haben. Obwohl dieses Manuskript nie veröffentlicht wurde, schaukelt sich die Sache auf. Der DFG Ombudsman in Hamburg wird angerufen. Die Vermittlung scheitert und der Ombudsman gibt die Sache an die DFG-Kommission zur Aufklärung von Verdachtsfällen wissenschaftlichen Fehlverhaltens ab. Weil Savaskan ein Zögling des damaligen Institutsdirektors Robert Nitsch ist und dieser, nach Kühbachers Ansicht, nicht adäquat reagiert, untersucht Kühbacher die Publikationen von Nitsch auf Auffälligkeiten. Er findet auch einige. Weil Kühbacher zudem durch das Verhalten der Sprecherin des Ombudsman Ulrike Beisiegel irritiert ist, untersucht er auch deren Publikationen. Auch hier meint er Auffälligkeiten gefunden zu haben…
Die ganze Geschichte kann also auf Laborjournal online gelesen werden — und hier im Blog, unterhalb dieses Eintrags, kommentiert und diskutiert werden.
Schlagworte: Autorenschaft, Charité, DFG, Experiment, Paper, Publikationsethik
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