10. August 2010 von Ralf Neumann
SpongeBob Schwammkopf...
Welches ist der bekannteste Schwamm? Ganz klar — ‘SpongeBob Schwammkopf’, die neongelbe, quaderförmige Vorabend-Comicfigur aus der Feder von Stephen Hillenburg. So manchem Elternteil stellt ‘Bob’ zwar mit seinem nervigen Gequäke in Rekordzeit die Nackenhaare auf, doch die Sprösslinge zwischen 6 und 10 hören nicht auf ihn zu lieben.
In der Scientific Community hat Bob indes nun Konkurrenz bekommen: Amphimedon queenslandica ist, da komplett farblos und still, offenbar nur ein entfernter Verwandter von Bob — allerdings: seit kurzem ist sein Genom entschlüsselt. “Na und”, mögen jetzt viele denken — und damit in die gleiche Kerbe hauen wie Bloggerin Mary von The OpenHelix Blog, die ihr Posting zum Thema provokativ beiläufig mit “Another day, another genome” überschrieb.
Auch der Titel des Nature Papers, ‘The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity‘, lässt ja irgendwie erstmal aufstöhnen, ob hier nicht wieder mal ein Genom rettungslos überverkauft wird. Compexity? In einem Schwamm? Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Genom, Krebs, Paper, Schwamm, SpongeBob
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6. Juli 2010 von Karin Hollricher
... sagte Nobelpreisträger Martin Chalfie in Lindau
59 Nobelpreisträger sind abgefahren, über 650 Nachwuchsforscher haben sich in alle Winde zerstreut, die Organisatoren haben die Reste zusammengepackt und ein Trupp eifrige Blogger lehnt sich erschöpft zurück.
Ich war auch drei Tage in Lindau und habe zugehört … Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Basic Research, Exzellenz, Lernen, Meeting, Nobelpreis
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21. Juni 2010 von Ralf Neumann
Die Bioinformatik hat nicht überall den besten Ruf. Man nehme etwa den Beitrag “Do computational biologists care about being right?“, der vor einem knappen Jahr im Blog Adaptive Complexity erschien. Darin heißt es:
You have these clever computer guys, and they don’t give a damn whether their models are actually right. They’ve come up with some clever algorithm or theoretical analysis, and that’s good enough. I’m not saying that computational guys have to test everything themselves, but many of them are not even proactive about getting someone else to test them. They’re just happy to move right along to the next project that will have zero impact on biology.
Hartes Urteil. Aber nicht ganz von der Hand zu weisen, solange Dinge geschehen wie zum Beispiel das, was eine den Lab Times-Lesern wohlbekannte Eule vor einiger Zeit beschrieb. Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Bioinformatik, Katzen, Paläontologie, Preis, Sequenz
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12. Mai 2010 von Ralf Neumann
Warum sind die „kleinen grünen Männchen“ vom Mars eigentlich grün? Weil sie Photosynthese machen können? Eine ganze Handvoll Science Fiction-Romane aus der Pulp-Reihe der 30er bis 50er Jahre proklamierte jedenfalls genau dieses.
Versteckt sich jedoch dahinter womöglich der Traum vom photosynthetischen Menschen, der seinen Energiebedarf wie die Pflanze einzig aus dem Sonnenlicht deckt? Gut möglich. Wobei man sich allerdings im gleichen Atemzug fragen muss, warum die Evolution bisher so gar keine photosynthetischen Tiere hinbekommen hat (abgesehen von Ausnahmen wie der Algen-versklavenden Seeschnecke Elysia chlorotica). Die Bausteine oder Module dazu waren jedenfalls in der Evolutionsgeschichte dauernd parallel verfügbar.
Was indes die Evolution nicht vollbringen konnte (oder wollte), das versuchen inzwischen — wer hätte es gedacht — eine ganze Handvoll Forscher. Zum Beispiel Pamela Silver und ihre Gruppe an der Harvard Medical School. Diese spritzten Zebrafisch-Embryonen einfach mal fluoreszenzmarkierte Blaualgen (Cyanobakterien), welche bekanntlich 50% der gesamten Photosynthese auf Erden machen. Und siehe da, die grünen „Power-Pakete“ nisteten sich über die gesamte Entwicklung stabil in Fischzellen ein (siehe dieses Video). Ganz anders als im Fall von etwa E. coli, die der Fisch sofort eliminiert, scheint dieser also extrem tolerant gegenüber den Blaualgen.
Zwar reichte die Energie, welche die Algen auf diese Art in den Zellen produzierten, dem Fisch natürlich noch lange nicht. Aber was wären Silver und Co. für Forscher, wenn sie nicht bereits einige Ideen zur weiteren Optimierung dieser erzwungenen „Power-Endosymbiose“ hätten.
Schlagworte: Blaualgen, Evolution, Experiment, Photosynthese, Zebrafisch
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30. April 2010 von Ralf Neumann
(Kürzlich erhielten wir unten folgende Mail, deren Inhalt wir hiermit zur Diskussion stellen:)
Liebe Laborjournal-Redaktion,
[...] die kritischen Anmerkungen zu angeblich bahnbrechenden Forschungsergebnissen und deren hanebüchener Entstehung erfeuen uns immer wieder. Danke dafür!
In diesem Kontext ist mir neulich folgende Veröffentlichung in die Hände gefallen: Lee, J-L., E. L. Levin: A comparative study of the ability of EMA and PMA to distinguish viable from heat killed mixed bacterial flora from fish fillets (J of Microbiological Methods 76 (2009) 93-96). Sicherlich läßt sich darüber streiten, ob ich für derartige Versuche gleich mit Mischkulturen arbeiten sollte. Man könnte auch verschiedener Meinung sein darüber, ob ich zur Untersuchung der Wirkung einer Substanz auf lebende und tote Keime nicht NUR lebende oder NUR tote Keime einsetzen sollte (in der Veröffentlichung wurden gleich Mixturen lebender und toter untersucht).
Was aber in meinen Augen GAR NICHT GEHT, liest sich auf Seite 94 so, ich zitiere: “Interestingly, we consistently obtained a Ct value from the negative controls where no DNA was added to Rti-PCR reagents (data not shown). The false positive of this Ct value was presumably derived from bacterial contamination of PCR reagents (Greisen et al., 1994, Corless et al., 2000)” Wir finden: nicht INTERESTINGLY, sondern durch einfache Schlamperei zu erklären. Dafür würden wir uns zwei Wochen im Keller schämen, aber VERÖFFENTLICHEN würden wir sowas nicht! Gut allerdings, dass es dafür noch Literaturstellen dazu gibt… Und WAS geben denn eigentlich alle anderen Ergebnisse her, wenn die Kontrollen nicht das halten, was ihr Name verspricht??
Viele Grüße,…
Schlagworte: Bakterien, Experiment, Fischfilets, Methode, Paper, Publikationsethik, Schlamperei
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23. April 2010 von Ralf Neumann
… wenn ihr von ‘T. rex‘ redet (und vergesst auch Marc Bolans gleichnamige Glamrockband aus den Siebzigern). Denn hier kommt Tyrannobdella rex — ein 4,5 cm langer Blutegel aus den Flüssen in und um Peru.
die Zähne des T. rex
Mit seinen acht in einer Reihe sitzenden und wahrhaft furchteinflößenden Zähnen (jedenfalls in der richtigen Vergößerung) sägt er sich in jegliches Fleisch, an das er andocken kann. Dies geschah unter anderem vor drei Jahren einem badenden Peruaner-Mädel, dem man T. rex anschließend von der Nase pflücken musste — was schließlich zur Entdeckung des ‘tyrannischen Königsegels’ führte (PLoS ONE 5(4): e10057).
Seinem großen Fast-Namensvetter ist der bissige Wurm übrigens noch selbst begegnet, da die ersten Spezies seiner Gattung bereits vor etwa 200 Millionen Jahren auf der Erde erschienen. Und womöglich hatte in den folgenden Millionen Jahren auch so manch großer T. rex einen kleinen T. rex an der Nase hängen.
Schlagworte: Dinosaurier, Egel, Evolution, Spezies
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23. März 2010 von Karin Hollricher
Uff, mitten im Mittagstief. Trotzdem haben wir mitbekommen, wer den von Roche und der Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie finanzierten Analytica Forschungspreis erhalten hat.
Zwei sogenannte Jungforscher (weil unter 40) waren es, die zusammen 50.000 Euro für “wegweisende Forschung” bekamen: Petra Dittrich von der ETH Zürich und Matthias Selbach vom MDC in Berlin.
Selbach untersucht, welchen Einfluss microRNAs auf die Translation haben. Mit dem von ihm und Kollegen entwickelten pulsed SILAC genannten Verfahren konnte er die Wirkung von miRNAs auf das gesamte Proteom einer Zelle messen. Wie das geht? Man gibt vergleicht das Proteom von Zellen, die man mit miRNAs und kurze Zeit (puls) mit stabilen Isotopen inkubiert hat, mit Zellen, die nicht mit miRNAs inkubiert wurden. Der Vergleich der markierten, de novo synthetisierten Proteine zeigt, wie die kleinen RNAs quantitativ die Translation beeinflussen.
Petra Dittrich entwirft Mikrochips für die Zellanalytik. Auf Silizium- und Kunststoffsubstraten bringt sie winzige Kanäle, Pumpen, Ventile und Reaktionskammern an, worin sie Reaktionen im Nanoliter-Maßstab durchführen kann. Derzeit arbeitet sie an eine Chip, auf den man einzelne Zellen aufbringen und sie mit winzigen Pinzetten festhalten kann. Das ermöglicht die Beobachtung einzelner Zellen. Auch kann sie auf Chipfs künstliche Zellen aus Lipidmembranen herstellen.
Schlagworte: Analytica, Experiment, Labor-Tools, Preise, Science Song
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19. März 2010 von Ralf Neumann
Wissen Sie, wie so mancher Feierabend einiger Laborjournal-Redakteure aussieht? Kurz ein paar wichtige Dinge mit der Familie klären, Abendessen vorbereiten, essen und dann, wenn’s eigentlich gemütlich werden könnte… — mit dem Nachwuchs auf irgendwelche Klassenarbeiten lernen. Das kommt besonders gut, wenn besagter Redakteur bereits den ganzen Tag lang Texte hochkomplexen Inhalts gelesen, bearbeitet oder selbst verfasst hat. Aber wie Kollege H. immer sagt: “Dem Redaktör ist nix zu schwör” — also zusammenreißen und unverdrossen ran an die Entstehung der Zünfte, die Brechungsgesetze, ‘backshift of tenses in reported speech’,….
Wie schnell dem LJ-Redakteur jedoch diese mühsam aufgesetzte, pseudofröhliche “Lernen macht Spaß”-Fassade wieder aus dem Gesicht fällt, sobald ihn sein pubertierender Nachwuchs nur mit supercoolem “Null Bock”-Blick mustert und dessen erste Äußerungen eigentlich nur nach “Leck mich doch am Arsch” klingen — das im Detail zu beschreiben, erspart er sich hier. Worauf er lieber aufmerksam machen will, ist eine neue Science-Studie zum Thema, über die er unter anderem folgende Nachricht las:
Mit dem Beginn der Pubertät ist die optimale Zeit für das Lernen vorbei. Schuld daran sind US-Forschern zufolge unter anderem Veränderungen im Hippocampus des Gehirns, die dessen Erregbarkeit bremsen und die Lern- und Gedächtnisleistung der Heranwachsenden verringern. Zumindest bei Mäusen lässt sich die pubertäre Lernschwäche mit Hilfe eines Stresshormons allerdings aufheben, berichten die Wissenschaftler im Fachblatt «Science» (Bd. 327, S. 1515). Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Experiment, Hormone, Lernen, Paper, Pubertät, Redakteur, Studien
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25. Februar 2010 von Ralf Neumann
Nature hatte letzte Woche einen lesenswerten Aufsatz mit dem Titel “Evolution: Return of the Hopeful Monsters” im Heft (Bd. 463, 864-67; Volltext hier online, mit Registrierung). Darin geht es um die langsame Abkehr von dem Prinzip, dass Evolution ausschließlich graduell durch stetiges Anhäufen von Mutationen voranschreite. Ein Prinzip, mit dessen Universalitätsanspruch der deutschstämmige Jude Richard Goldschmidt bereits 1940 in seinem Buch “The Material Basis of Evolution” aufräumen wollte. Doch damals bügelten die Großkönige der Evolutionsbiologie um Ernst Mayr und Co. Goldschmidts Theorie von den “Hopeful Monsters” brüsk und nachhaltig ab.
Seit kurzem jedoch häufen sich Daten, wegen derer man kaum mehr umhin kommt, sich an Goldschmidts hoffnungsvolle Monster zu erinnern. Diesen Beitrag weiterlesen »
Schlagworte: Evolution, Gen, Laborjournal print, Nature, Paper, Theorie
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19. Januar 2010 von Karin Hollricher
2010 ist das Internationale Jahr der Biodiversität – so will es die UNO. Biologische Vielfalt, da denkt man an das Gewimmel in Blumenwiesen, Gewässern und Wäldern. Naja, vielleicht ja auch noch an die Tiere und Pflanzen, die in der Wüste überleben. Aber an Parasiten? Mal ehrlich, eher nicht. Eine der wenigen Personen, die biologische Vielfalt mit Parasiten assoziieren, ist Susan Perkins, Associate Professor am American Museum of Natural History und Expertin für Plagegeister. Und um die „enorme Vielfalt an Parasiten zu feiern und ihre Wichtigkeit darzustellen“ , so schreibt Perkins, habe sie einen Blog kreiert, der ein Jahr lang, also bis zum 31. Dezember, täglich einen neuen Parasiten vorstellt. Den Anfang machte Plasmodium falciparum. Inzwischen haben sich 18 weitere Parasiten dazugesellt, darunter ein Ciliat namens Ichthyophthirius multifiliis, der Kuckuck und das Proteobakterium Wolbachia pipientis. Reinschauen!
Foto: NABU – D.Kjaer/rspb-images.com
Schlagworte: Biodiversität, Parasiten
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