Tipp 38:
Spotvolumen in 3D
Elektrophorese-Achterbahn, oder: Eine Berg- & Talfahrt in drei Dimensionen

Was ist denn eigentlich ein Spotvolumen? Und wie sehe ich in einem zweidimensionalen Elektrophoresegel, ob ein Protein-Spot wirklich vermehrt exprimiert ist? Solche Fragen begegneten Martin Maurer vom Institut für Physiologie und Pathophysiologie (Universität Heidelberg) immer wieder in Gesprächen auf Kongressen oder in der Arbeitsgruppe. Doch Spotvolumen in drei Dimensionen darzustellen, geht auch ohne millionenschwere 3D-Software. Maurer weiß wie:

"Zunächst einmal muss das Gel nach dem Scannen als TIFF- oder BMP-Datei abgespeichert werden. Mit einem Bildbearbeitungsprogramm (beispielsweise kostenlos im Netz: Scion Image für PC oder Apple Macintosh unter: www.scioncorp.com) wird das Bild geladen und als ASCII-Textdatei exportiert. Doch Vorsicht: Viele Grafikprogramme haben diese eigentlich einfache Funktion nicht.

Diese Textdatei enthält nun für jede Bildzeile und -spalte den entsprechenden Grauwert und kann in ein Programm mit Grafikfunktionen (wie zum Beispiel Microsoft Excel oder Microcal Origin) importiert werden. Wichtig ist bei beiden genannten Programmen die Einschränkung, dass das Bild nur 255 Spalten haben darf – bei unbeschränkter Zeilenzahl. Getreu dem Motto "schneide und drehe" muss das Bild also vorher erst zurechtgetrimmt werden. Dann wird die Matrix mit der Oberflächenfunktion dargestellt (z. B. in Excel: Einfügen > Diagramm > Diagrammtyp: Oberfläche) – fertig ist der 3D-Zauber!
Das unten gezeigte Beispiel stammt aus silbergefärbten zweidimensionalen Polyacrylamid-Elektrophorese-Gelen der Hämoglobin-Fraktion von Mäusen und wurde mit Scion Image für Windows 4.0.2 beta und Microcal Origin 5.0 erstellt. Ich habe es übrigens auch schon mit Bandenmustern aus PCR-Agarosegelen und Photos von der Doktorandenfete probiert. Es klappt."





Letzte Änderungen: 08.09.2004