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Gen-Arbeit - in silico und in vivo

Publikationsanalyse 2006-2009: Molekularbiologie (Molekulargenetik)
von Lara Winckler, Laborjournal 05/2012

Die meistzitierten Artikel Die meistzitierten Reviews Die meistzitierten Köpfe

Bild der meistzitierten Köpfe (ca. 130 kb)



Bild: Fotolia/ Joachim Wendler + psdesign1

Vier starke Institute in Basel, Heidelberg, Leipzig und Tübingen beherrschen die Szene.

Die Molekularbiologie untersucht Struktur und Funktion biologischer Makromoleküle - DNA, RNA und Proteine, was im Grunde die Gesamtheit der zellulären Prozesse umfasst. Molekularbiologische Methoden finden praktisch überall in den Life Sciences Anwendung, und nicht nur dort: Mittlerweile bedienen sich auch die Kriminalisten der PCR, Klonierung, Mutagenese, der rekombinanten Expression, Hefe-Zwei-Hybrid-Systemen usw.

Kurz: Die Molekularbiologie ist ein weites Feld. Zu weit für einen Zitationsvergleich, der einigermaßen Sinn machen soll. Daher beschränken wir uns auf die Molekulargenetik, also die Erforschung des genetischen Informationsflusses und seiner molekularen Details, inklusive Genexpression und -replikation, Chromosomenstruktur sowie Kernexport und Splicing. Doch auch hier hat sich seit Oswald Avery et al.s Entdeckung aus dem Jahr 1944 - dass nämlich nicht Proteine, sondern die DNA Träger der genetischen Information ist - einiges getan.

Viele Bioinformatiker

Vor allem die modernen Sequenziermethoden und mit ihnen die Terabyte an Daten, die plätzlich zur Verfügung standen, halfen der Molekulargenetik auf die Sprünge. Alles ging damit sehr viel schneller - Analyse von Verwandtschaftsverhältnissen, Erstellen phylogenetischer Stammbäume, Struktur-Sequenz-Vergleiche, funktionelle Genomik, epigenetische Modifikationen etc. Diese Datenflut war von Hand nicht mehr zu bewältigen; die Bioinformatiker betraten die molekulargenetische Bühne. In diesem Vergleich machen sie einen nicht unerheblichen Anteil aus und besetzen unter den 50 bis heute meistzitierten Molekulargenetikern, die zwischen 2006 und 2009 zumindest zeitweise an einem Institut im deutschsprachigen Raum forschten, vordere Plätze. Allein vier der Top 10 sind Bioinformatiker. Peter Stadler (2.) etwa, Leiter der Leipziger Bioinformatik, entwickelt mit seiner Gruppe unter anderem Tools zur Strukturanalyse kleiner RNAs und zur Identifizierung funktioneller Elemente - Werkzeuge, die die Community begeistert aufnahm und entsprechend zitierte, siehe Platz 1 der meistzitierten Artikel aus den Jahren 2006 bis 2009.

Kleine RNAs ganz groß

Überhaupt zählten RNAs 2006-2009 zu den Topthemen der deutschsprachigen Molekulargenetik, und hier insbesondere die microRNAs (miRNAs), ihres Zeichens Genregulatoren und Gene Silencer. Vier der meistzitierten Artikel aus den Jahren 2006 bis 2009 hatten die kleinen RNAs zum Thema. Bei zweien war Mihaela Zavolan (5.), Biozentrum Basel, korrespondierende Autorin. Zavolan ist eine von elf miRNA-Spezialisten unter den Top 50, ebenso wie der Pflanzenforscher Detlef Weigel (3.), seit 2002 Direktor am Tübinger MPI für Entwicklungsbiologie, nebst einigen seiner Mitarbeiter, sowie der Wiener Bioinformatiker Ivo Hofacker (4.) und Nikolaus Rajewsky (6.) vom MDC Berlin.

Ein weiteres heißes Thema war 2006-2009 die Epigenetik. Sieben der Top 50 untersuchten diese reversiblen Veränderungen der DNA, insbesondere DNA-Methylierungen. Mit Thomas Jenuwein (8.), der 2008 vom Wiener Institut für Molekulare Pathologie (IMP) ans Freiburger MPI für Immunbiologie und Epigenetik wechselte, schaffte es einer unter die Top 10.

Die Grenzen der Molekulargenetik sind verwaschen. Da waren zum einen die vielen Bioinformatiker, die nicht ãnurÒ für die Analyse von DNA und RNA Software schrieben, sondern auch oder sogar in erster Linie für Proteine. Zum anderen die Genetiker, die sich auf das Sammeln von Genomsequenzen bis hin zu Metagenomen verlegt hatten - sie zählten wir nicht zu den Molekulargenetikern, ebensowenig wie die Humangenetiker, die nach Krankheits-spezifischen Genen suchten.

Auch die Abgrenzung zur Biochemie und Zellbiologie war nicht immer eindeutig. So sind etwa die Kern- und Chromatinstrukturforscher Jan Ellenberg (19.), EMBL Heidelberg, und Rudolf Grosschedl (37.), MPI für Immunbiologie und Epigenetik Freiburg, unter den Top 50, während wir Mitoseforscher außen vor ließen.

Die Computational Biologists sind in der molekulargenetischen Forschung so stark vertreten wie in fast keiner anderen biologischen Disziplin. Doch gerade diese intensive Zusammenarbeit von in silico-Spezialisten und Hands on-Forschern macht die Molekulargenetik so erfolgreich - moderne Themen, erforscht mit modernen Methoden.


Wie die Tabellen entstanden

Berücksichtigt wurden Artikel mit Erscheinungsjahr zwischen 2006 und 2009 sowie mindestens einem Autor mit Adresse im deutschen Sprachraum. Die "Köpfe" arbeiteten von 2006 bis 2009 zumindest zeitweise an einem Institut für Molekulargenetik, publizierten zu einem großen Teil in Zeitschriften für Molekulargenetik oder arbeiteten in erster Linie an für die Molekulargenetik bedeutsamen Projekten.

Für die Berechnung der Zitierungen zählen wir zusammen, wie oft jeder der in Frage kommenden Originalforschungsartikel - veräffentlicht in den Jahren 2006 bis 2009 - bis heute zitiert wurde. Reviews zählten für die "Köpfe"-Wertung nicht.

Der Hirsch-Index (h-Index) bezieht sowohl die Anzahl der Publikationen eines Forschers als auch deren Zitierhäufigkeit mit ein. Einen hohen h-Index kann man als Maß des wissenschaftlichen Einflusses des Autors ansehen. Der h-Index wird folgendermaßen ermittelt: Alle veröffentlichten Originalforschungsarbeiten eines Autors werden nach der Zahl ihrer Zitierungen absteigend aufgelistet: Der h-Index ist die Nummer in der Rangliste, an der die Zahl der Zitierungen noch mindestens dem Platz des Artikels entspricht. Ein Wissenschaftler hat zum Beispiel einen h-Index von 20, wenn 20 seiner Veröffentlichungen mindestens 20-mal zitiert wurden.

In unserer Publikationsanalyse berechnen wir den h-Index eines Teils der Originalforschungsartikel, nämlich jenen aus dem betrachteten Veröffentlichungszeitaum (2006 - 2009). Aus diesem Grund kann sich der h-Index eines Forschers bei uns auch nach unten ändern - anders als beim absoluten h-Index aller Artikel eines Forschers.

Die Zahlen für Zitierungen und Artikel lieferte die Datenbank "Web of Science" des Thomson-Institute for Scientific Information (ISI) in Philadelphia. Stichtag war der 24.4.2012.

Wichtig: Fehler, die bereits in den Datenbanken stecken, kännen wir in der Regel nicht erkennen.





Die meistzitierten Artikel

Rang Autoren Paper Zitierungen
1.Birney E, ..., Hofacker IL, Flamm C, Fried C, Hertel J, Lindemeyer M, Missal M, Tanzer A, Washietl S, Korbel J, Stadler PF, ..., de Jong PJ.Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature 2007, 447(7146):799-8161462
2.Landgraf P, ..., Sewer A, Hermida L, ..., Zavolan M, Tuschl T.A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing. Cell 2007, 129(7):1401-14872
3.Selbach M, ..., Rajewsky N.Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs. Nature 2008, 455(7209):58-63789
4.Weber M, ..., Stadler MB, ..., Schübeler D.Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation in the human genome. Nat Genet 2007, 39(4):457-66549
5.Bhattacharyya SN, Habermacher R, ..., Filipowicz W.Relief of microRNA-mediated translational repression in human cells subjected to stress. Cell 2006, 125(6):1111-24469
6.Korbel JO, ..., Tanzer A, ..., Snyder M.Paired-end mapping reveals extensive structural variation in the human genome. Science 2007, 318(5849):420-6391
7.Aravin A, Gaidatzis D, ..., Zavolan M, Tuschl T.A novel class of small RNAs bind to MILI protein in mouse testes. Nature 2006, 442(7099):203-7366
8.Ohm JE, ..., Jenuwein T, ..., Baylin SB.A stem cell-like chromatin pattern may predispose tumor suppressor genes to DNA hypermethylation and heritable silencing. Nat Genet 2007, 39(2):237-42329
9.Sultan M, ..., Vingron M, Lehrach H, Yaspo ML.A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome. Science 2008, 321(5891):956-60316
10.Métivier R, ..., Ibberson D, Reid G, Benes V, ..., Gannon F, Salbert G.Cyclical DNA methylation of a transcriptionally active promoter. Nature 2008, 452(7183):45-50311



Die meistzitierten Reviews

Rang Autoren Paper Zitierungen
1.Filipowicz W, Bhattacharyya SN, Sonenberg N.Mechanisms of post-transcriptional regulation by microRNAs: are the answers in sight? Nat Rev Genet 2008, 9(2):102-14947
2.Bushati N, Cohen SM.microRNA functions. Annu Rev Cell Dev Biol 2007, 23:175-205463
3.Rajewsky N.microRNA target predictions in animals. Nat Genet 2006, 38 Suppl:S8-13385
4.Moldovan GL, Pfander B, Jentsch S.PCNA, the maestro of the replication fork. Cell 2007, 129(4):665-79364
5.Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W.Repression of protein synthesis by miRNAs: how many mechanisms? Trends Cell Biol 2007, 17(3):118-26359
6.Eulalio A, Behm-Ansmant I, Izaurralde E.P bodies: at the crossroads of post-transcriptional pathways. Nat Rev Mol Cell Biol 2007, 8(1):9-22348





Die meistzitierten Köpfe

Rang Name Ort Zit. Art. h-Index
1.Peer BorkStrukt. & Comput.biol., EMBL Heidelberg 74695834
2.Peter F. StadlerBioinformatik, Uni Leipzig34607423
3.Detlef WeigelMol.biol., MPI Entw.biol, Tübingen33276032
4.Ivo L. HofackerBioinf. & Comput.biol., Uni Wien 28553018
5.Mihaela ZavolanBiozentrum, Universität Basel 27812323
6.Nikolaus RajewskySystembiol. Genregulation, MDC Berlin-Buch 25231211
7.Jan O. KorbelGenombiol., EMBL Heidelberg (bis 2007 USA)24411815
8.Thomas JenuweinMPI Imm.biol. & Epigen., Freiburg (bis 2008 Wien)22892722
9.Jana HertelBioinformatik, Uni Leipzig22291412
10.Andrea TanzerBioinformatik, Uni Leipzig206277
11.Claudia Stocsits (Fried)Bioinformatik, Uni Leipzig178455
12.Kristin Reiche (Missal)Bioinformatik, Uni Leipzig 1765107
13.Christoph FlammTheoret. Chemie, Uni Wien & Bioinf., Uni Leipzig1739149
14.Jan-Michael PetersChromosomenbiol., IMP Wien 16862319
15.Manuela Marz (Lindemeyer)Uni Jena (b.‘11 Marburg, b.‘09 Leipzig)168598
16.Witold FilipowiczFriedrich-Miescher-Institut (FMI) Basel 15981313
17.Hans-Werner MewesGenom-orient. Bioinformatik, TU München15463818
18.Hans R. LehrachVertebr.genomik, MPI Mol. Gen., Berlin15206121
19.Jan EllenbergGenexpression & Biophysik, EMBL Heidelberg 14292619
20.Matthias W. HentzeGene Expression Program, EMBL Heidelberg13073820
21.Vladimir BenesGenomics Core, EMBL, Heidelberg 12891815
22.Elisa Izaurralde Biochemie, MPI Tübingen (bis 2006 EMBL HD) 12782017
23.Dirk SchübelerEpigenetik, Friedrich-Miescher-Inst. (FMI) Basel12471212
24.Reinhard LührmannZell. Biochem., MPI Biophys. Chem., Göttingen12034021
25.Norman WarthmannMPI Entw.biol., Tübingen (seit 2010 IGB Berlin)11901413
26.Jörg VogelMol. Inf.biol., IMIB Uni Würzburg (bis 2009 Berlin)11862320
27.Michael B. StadlerBioinf. & Comput.biol., FMI Basel11561611
28.Stephan OssowskiMPI Entw.biol., Tübingen (seit 2010 Barcelona)10351413
29.Alain Sewer Bioinf., Biozentrum, Uni Basel (seit 2007 Lausanne) 101433
30.Gunter MeisterBiochemie, Uni Regensburg (bis 2009 Martinsried )9941211
31.Heinrich LeonhardtEpigen., Biozentrum LMU München, Martinsried9613016
32.Martin VingronComput. Mol.biol., MPI Mol.gen., Berlin9364713
33.Wei ChenAngew. Bioinformatik, MPI Mol.gen., Berlin8791513
34.Michael WeberFMI Basel (seit 2008 Montpellier)86375
35.Ed C. Hurt Biochemie-Zentrum (BZH), Uni Heidelberg 8452918
36. M. Cristina CardosoDepartment of Biology, TU Darmstadt8232513
37.Holger StarkMPI Biophys. Chemie & Ztr. Mol.biol., Göttingen8191914
38.Rudolf GrosschedlMPI Immunobiol. & Epigenetik, Freiburg7811412
39.Dimos GaidatzisBioinf., Biozentrum, Uni Basel & FMI Basel78077
40.Patrick CramerBiochemie, Genzentrum Uni München 7713318
41.Axel ImhofChromatin-Modif., Adolf-But.-Inst., LMU München 7682516
42.Martin MünsterkötterBioinf., Helmholtz-Ztr. München, Neuherberg76787
43.Dmitrij FrishmanGenom-orient. Bioinf., TU München, Weihenstephan 7562612
44.Tatiana A. BorodinaVertebr.genomik, MPI Mol. Gen., Berlin 75577
45.Susan M. GasserFMI Basel7362114
46.Jürg MüllerMPI Biochemie, Martinsried (bis 2010 EMBL Heidelberg)7101010
47.Elena ContiMPI Biochemie, Martinsried (bis 2007 EMBL Heidelberg)7021612
48.Jan RehwinkelBiochem., MPI Entw.biol., Tübingen (seit 2008 Oxford)70077
49.Stefan KubicekCenter for Mol. Med. (CeMM) & Biozentrum Wien66766
50.A. Francis StewartMPI Mol. Zellbiol. & Gen., Dresden 6501814
51.Isabelle Behm-AnsmantMPI Entw.biol., Tübingen (seit 2007 Nancy)64697






Letzte Änderungen: 02.09.2012


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