Print Your Own Microscope

15. April 2016 von Carsten T. Rees

parts of the Bowman microscopeLooking for a high performance microscope that’s small enough to slip under a fume hood or inside a biosafety cabinet? One so cheap to produce that it’s practically disposable? 3D printing can provide the answer. Richard Bowman’s research group at the NanoPhotonics Centre in Cambridge, UK, purchased their first 3D printer around three years ago. Read more and get your own resource code and assembly instructions from the Bowman’s group from this Lab Times article by Laura Jane Brooks.

So viel Schlamperei?

6. Februar 2015 von Laborjournal

Auszug aus dem Corrigendum eines Nature-Artikels:

We introduced two errors (by inadvertently removing five data points, two from the wild type and three from Ripk2-/-) into this figure when we were asked to provide a higher-resolution version at the production stage.

Auszug aus dem Corrigendum eines Nucleic Acid Research-Artikels:

The LSD1 panels were inadvertently duplicated on the construction of Figure 4D.

Auszug aus dem Corrigendum eines Froniers in Human Neuroscience-Artikels:

A small part of the data on five of the 43 patients was accidentally displaced in the data file, which affected two of the results presented in the original manuscript.

Auszug aus dem Erratum eines Cell-Papers:

[…] the panel for DMSO control (0.1% apoptosis) was misplaced in the next panel for Y-27632-treated control (0.3% apoptosis).

Auszug aus dem Erratum eines Nature Communications-Artikels:

This Article contains errors in Figs 4 and 6 that were introduced during the production process. In Fig. 4d, the lane labels ‘HA-JMJD2B mut’ and ‘HA-JMJD2B’ on the western blot were inadvertently switched. In Fig. 6b,c, labels for the red and green lines were also accidentally swapped.

Ohne Probleme ließen sich dieser Liste der „inadvertent and accidental errors, duplications and misplacements“ jede Menge weitere Beispiele anfügen. Insbesondere in den letzten Jahren haben Corrections und Errata massiv zugenommen — und auffallend oft bezichtigen sich die Forscher darin selbst solcher versehentlicher Schlampereien. Diesen Beitrag weiterlesen »

Oh, sorry — nur eine Verwechslung !?

9. Dezember 2013 von Laborjournal

Geht es nur uns so? Uns jedenfalls scheint es, dass immer mehr Errata und Corrections zu Papern erscheinen, in denen die Autoren Duplikationen in Abbildungen, die meist von anderen entdeckt wurden, nach dem folgenden Muster entschuldigen:

„Uuups, Verzeihung — da ist uns wohl beim Zusammenstellen der Abbildungen etwas durcheinander geraten. Und jetzt ist dummerweise Bande X, Scan Y oder Gewebeschnitt Z nochmals in eine zweite Abbildung hineingerutscht, die ja ein ganz anderes Experiment zeigt. Aber keine Angst, wir haben die richtige Bande U, Scan V oder Gewebeschnitt W natürlich wieder gefunden — und zeigen sie Euch jetzt hier im Erratum. Vergesst also die alte Abbildung, nehmt diese hier — und Ihr werdet ganz schnell sehen, dass alles, was wir geschrieben haben, natürlich trotzdem unverändert richtig ist. Die Daten im Erratum zeigen das ja jetzt auch viel schöner. Nicht böse sein, kann ja mal passieren. Und wenn Euch in anderen Abbildungen wieder etwas auffällt, meldet Euch einfach — wir kriegen das hin!“

Okay, das war die Persiflage. Nehmen wir ein echtes Beispiel. In Blood (Vol. 122(14): 2523) erschien Anfang Oktober eine Correction mit folgendem Text:  Diesen Beitrag weiterlesen »

Zeigt her Eure negativen Resultate!

12. Juni 2013 von Laborjournal

Sicher eine gute Aktion: Die Open Access-Zeitschrift F1000Research ruft dazu auf, Manuskripte, die negative oder Null-Resultate beschreiben, explizit dort einzureichen. Haben die Editoren sich versichert, dass die jeweiligen „Kein Effekt“-Resultate klaren Fragestellungen und solider experimenteller Arbeit entspringen, veröffentlichen sie die entsprechenden Paper gebührenfrei. Jedenfalls, sofern das Manuskript vor dem 31. August bei F1000Research eingetroffen ist — solange geht vorerst die Aktion.

Warum das eine gute Idee ist, beschreibt F1000Research in seinem Blog selbst sehr gut:

It can be very difficult to get papers presenting negative or null results published.  Many important results from scientific experiments are never published in the traditional peer reviewed literature, but negative and null results present a particular challenge. Despite the fact that many of these experiments are carefully designed and well executed, negative-result papers are regularly turned down by journals simply because they don’t show an exciting new finding.

This is not only a disappointment for the researchers who conducted the work, it’s also damaging to the overall scientific record. Diesen Beitrag weiterlesen »

Die Eule?

29. Juni 2012 von Laborjournal

Ein Fan unserer Lab Times-Kolumne „Observations of the Owl“ hat uns das folgende Foto geschickt:

Dies natürlich verbunden mit der Frage, ob auf dem Foto womöglich just die besagte Eule (s.u.) eingefangen wäre.

Schließlich zeichne sie sich doch gerade dadurch aus, wie scharf(sinnig) sie das menschliche (Forschungs)Treiben beobachte.

Doch leider müssen wir enttäuschen: Nein, die ist nicht „The Owl“. Trotzdem ein tolles Foto. Mehr davon gibt’s auf den Seiten des Tierfotografen und Eulen-Fans Wolfgang Holtmeier.

Namen zu Nummern

1. Juni 2012 von Laborjournal

Keine Angst, DAS gehört nicht dazu.

Nehmen wir Stefan Kaufmann, Direktor am Berliner Max Planck-Institut für Infektionsbiologie. Klar, dass man wenig Chancen hat, ausschließlich dessen Veröffentlichungen aufgelistet zu bekommen, wenn man „Kaufmann S“ in die einschlägigen Datenbanken eingibt. Den Nachnamen „Kaufmann“ mit dem Initial „S“ gibt es auch in Forscherkreisen ziemlich oft.

Wer allerdings einen Artikel von Stefan Kaufmann vorliegen hat, weiß, dass er sich aus diesem Dilemma mit der Erweiterung seiner Initiale auf „SHE“ behilft. Damit sollte er doch in den Datenbanken eindeutig identifizierbar sein. Leider nicht! PubMed akzeptiert beispielsweise nur maximal zwei Initiale, so dass man allenfalls nach „Kaufmann SH“ suchen kann. Und da ist es wirklich Pech, dass an der Mayo-Klinik im amerikanischen Rochester ein gewisser Scott H. Kaufmann fleißig über den programmierten Zelltod publiziert. Folglich bekommt man unter der PubMed-Abfrage „Kaufmann SH“ einen bunten Mix aus Apoptose-Artikeln und Bakterien-Papern.

Ein Ärgernis, dass vielfach auftaucht, wenn man es mit allzu gängigen Namen zu tun hat. Nach einem Bericht in Nature soll jedoch bald Schluss sein mit dieser Art Autorenkonfusion. Eine Initiative namens Open Researcher and Contributor ID (ORCID) will noch in diesem Jahr ein universelles System zur eindeutigen Identifizierung individueller Forscher einführen. Diesen Beitrag weiterlesen »

Von zweifelhaftem Verhalten der Journals

14. Februar 2012 von Laborjournal

Das Feld der wissenschaftlichen Journale scheint immer mehr zu verrotten. Und damit meinen wir gar nicht unbedingt das Geschäftsgebahren der großen Verlage à la Elsevier, Springer oder Thieme und Co. (siehe unseren früheren Beitrag „Boykott gegen Elsevier“ samt Kommentare).

Nein, eher passt in dieses Bild etwa die Zunahme sogenannter „Bogus Journals“, die auf nichts anderes aus sind, als das bei Open-Access-Online-Journals gängige „Author pays“-Modell auf unlautere Weise für einen schnellen Dollar auszunutzen. Auch hierüber berichteten wir kürzlich im Beitrag “’Junk Journals‘ und die ‚Peter-Panne’”.

Genauso passen in dieses Bild die zunehmenden Klagen von Forschern, dass Journals den Veröffentlichungswunsch von Manuskripten, deren Daten bereits publizierte Paper widerlegen, schlichtweg ignorieren, ablehnen oder zumindest stark erschweren. Ein Thema, dem wir das Editorial unserer neuesten Lab Times-Ausgabe gewidmet haben. Diesen Beitrag weiterlesen »

Zitat des Monats (7): „Lahm, teuer, uneffizient,…“

20. Dezember 2011 von Laborjournal

Bereits im Jahr 2008 wetterte der langjährige Ex-Editor des British Medical Journal, Richard Smith, in Lab Times gegen das traditionelle Prepublication Peer Review-System. Jetzt legt er in einem Editorial im Journal of Medical Screening (vol. 18(3):113-14) noch einen drauf:

The evidence, as opposed to the opinion, on prepublication peer review shows that its effectiveness has not been demonstrated and that it is slow, expensive, largely a lottery, poor at spotting error, biased, anti-innovatory (as perhaps in this case), prone to abuse, and unable to detect fraud. The global cost of peer review is $1.9 billion, and it is a faith-based rather than evidence-based process, which is hugely ironic when it is at the heart of science.

My conclusion is that we should scrap prepublication peer review and concentrate on postpublication peer review, which has always been the ‘real’ peer review in that it decides whether a study matters or not. By postpublication peer review I do not mean the few published comments made on papers, but rather the whole ‘market of ideas,’ which has many participants and processes and moves like an economic market to determine the value of a paper. Prepublication peer review simply obstructs this process.

Interessanterweise haben die zwei US-Kognitionsforscher Dwight Kravitz und Chris Baker gerade einen sehr passenden Aufsatz in Frontiers of Computational Neuroscience veröffentlicht, in dem sie vorschlagen, wie eine Kombination aus Pre- und Postpublication Peer Review tatsächlich funktionieren könnte. Der Titel: Toward a new model of scientific publishing: discussion and a proposal. Diesen Beitrag weiterlesen »

Sinn oder Nicht Sinn

17. November 2011 von Laborjournal

Im September 2008 brachten wir in Lab Times ein Editorial über eine etwas … hrrm… na ja … sagen wir:… skurille Studie aus den Proc. Natl. Acad. Sci USA. Ein deutsch-tschechisches Team hatte Bilder von Kuhherden ausgewertet, die sie über Google Earth heruntergeladen hatten — und war sich am Ende sicher: Die Kühe richten sich auf der Weide statistisch auffällig in Nord-Süd-Richtung aus, verfügen also offenbar — so deren Schlussfolgerung — über einen Magnetsinn, der sie die magnetischen Feldlinien der Erde wahrnehmen lässt.

Wie man dem Lab Times-Editorial entnehmen kann, war uns die Geschichte schon damals eher ein — begründetes — Augenzwinkern wert. Und so bekamen wir gar nicht mit, dass sie noch viel weiter ging. Asche auf unser Haupt, denn jetzt hat Nature die mindestens genauso skurrile Fortsetzung der Story. Diesen Beitrag weiterlesen »

Einfach effizient

9. September 2011 von Laborjournal

Die Laborjournal/Lab Times-Redaktion hat gerade nicht viel Zeit übrig. Neben der Vorbereitung unserer nächsten beiden Hefte, der Produktion der Media-Daten für das nächste Jahr sowie den Planungen für unseren Auftritt auf der diesjährigen BIOTECHNICA steht ein ganz besonderes Event an: Das fünfjährige Jubiläum von Lab Times, das wir an diesem Wochenende mit unseren Freien Mitarbeitern aus ganz Europa feiern.

Deshalb — zwischen Büro aufräumen, Buffet planen, Gäste einweisen usw. — an dieser Stelle nur ein Verweis auf einen netten Blog-Beitrag unserer US-Kollegin gerty-z mit dem Titel „101* tips to be a super-efficient academic“ Zwölf „Effizienz-Tipps“ präsentiert sie darin, und natürlich haben ihre Leser in den Kommentaren noch jede Menge mehr ergänzt.

Uns haben besonders gefallen:

DO blast music in your office. This will allow you to easily ignore the folks that you don’t want to talk to anyway.

Do NOT watch sporting events via online streaming when you should be doing experiments/writing/whatever

Alles in allem haben wir jedoch das Gefühl, dass die Liste noch lange nicht vollständig ist. Wer also noch einen Tipp hat, wie sich die Effizienz des akademischen Forschers steigern lässt — immer her damit.

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