Vertrauen ist gut, Kontrollen sind uncool

28. April 2015 von Laborjournal

(Auf der Paper-Debattier-Plattform PubPeer entwickeln sich bisweilen besorgniserregende Diskussionen. In eine davon war unlängst unser Autor Leonid Schneider verwickelt. Hier sein Bericht.)

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Kürzlich konnte ich bei einer Diskussion auf dem Publikations-Debattier-Portal PubPeer wieder einmal Erstaunliches lernen. Im Rahmen der Manipulationsverdächtigungen gegen den Zürcher Pflanzenforscher Olivier Voinnet wurde dort unter anderem auch diese Abbildung aus der Publikation Gibbings et al. in Nature Cell Biology 14:1314-21 diskutiert:

 

Der „Kritiker“ schrieb dazu:

TUBA and EF1A are not from the same gel; same molecular weight but different „curving/tilitng“ of the bands.

Was nichts anderes heißt, als dass die Banden der Ladungskontrolle einen ganz anderen Verlauf haben als diejenigen eines anderen gezeigten Proteins, obwohl beide Proteine ungefähr das gleiche Molekulargewicht haben. Und dies deutet wiederum klar darauf hin, dass die Ladungskontrolle von einem ganz anderen Gel oder einer anderen Membran kommt als das Protein, dessen gleiche Beladung sie bescheinigen sollte.

Tatsächlich hat diesen Befund auch niemand auf PubPeer bestritten. Stattdessen jedoch fragten manche, wo denn hier bitte überhaupt das Problem sei. Diesen Beitrag weiterlesen »

Bandenspuren

2. Juli 2014 von Laborjournal

Eine der „beliebtesten“ Methoden der Datenfälschung in Forschungsartikeln ist das mehrfache Kopieren und Einsetzen derselben Gelbanden. Man nimmt eine besonders schöne Bande, kopiert sie — und fügt sie in weiteren Gelpuren dort ein, wo im Original entweder keine oder wenigstens keine besonders eindrucksvollen Banden waren. Um die ganze Betrügerei zu tarnen, werden die kopierten Banden oftmals zuvor in Photoshop noch leicht verzerrt, im Kontrast verändert, vertikal und horizontal gespiegelt oder anders manipuliert.

Womit man den Kopierern jedoch weiterhin auf die Spur kommen kann, sind die spezifischen Gel- oder Scanfehler, die sich in den jeweiligen Banden geradezu diagnostisch widerspiegeln. Die inzwischen weithin berüchtigte Fälschungsjägerin (oder -jäger), die sich hinter dem Pseudonym Clare Francis verbirgt, machte uns beispielsweise kürzlich auf diesen Gelausschnitt aufmerksam (auf das Bild klicken für eine vergrößerte Version):

Sofort fällt auf, dass die Banden 1, 3 , 5 und 7, wie auch die Banden 2, 4 und 6 formgleich sind. Solche nahezu deckungsgleichen Formen können bis zu einer gewissen Grenze natürlich dadurch entstehen, dass ähnliche Proben unter identischen Laufbedingungen im gleichen Gel liefen. Jetzt schauen wir uns aber die Banden 2, 4 und 6 mal genauer an. Vor allem in der vergrößerten Version erkennt man, dass jede einzelne am rechten oberen Rand einen auffälligen weißen Punkt an exakt der gleichen Stelle enthält (es gibt noch mindestens einen weiteren, nicht ganz so auffälligen rechts von der Mitte). Solche „Punkte“ haben nun rein gar nichts mit den physikalischen Laufbedingungen des Gels zu tun, sondern resultieren entweder aus lokalen „Gelfehlern“ (etwa eingeschlossenen Partikeln oder Luftblasen) oder aus wiederum lokalen Störungen im Gelscan. Dass solche streng lokalen Ereignisse zufälligerweise und völlig unabhängig voneinander dreimal ein und denselben „weißen Punkt“ in drei sowieso schon formidentischen Banden verursachen — dafür dürfte die Wahrscheinlichkeit praktisch Null sein.

Clare Francis‘ Urteil ist klar: Diese Abbildung wurde durch multiple Bandenduplikation manipuliert. Und wir finden dafür ehrlich gesagt auch keine andere Erklärung. Vielleicht jemand anders?

(Übrigens geben wir hier bewusst nicht preis, aus welcher Veröffentlichung der gezeigte Gelausschnitt stammt. Wir werden zunächst die Autoren und das betreffende Journal um Stellungnahmen zu den „Befunden“ ersuchen.)

Und auch auf die Gefahr hin, Fälschungswillige weiter zu motivieren: Leider lassen sich mit ein bisschen mehr Photoshop-Arbeit auch die Formähnlichkeit der Banden und solche verräterischen Störungsmuster leicht beseitigen. Traurig, aber wahr. Wer weiß, in wie vielen Publikationen auf diese Weise bereits effektiv „alle Spuren verwischt“ wurden.

Der heilige Phoresius, Schutzpatron der Elektrophorese

1. April 2014 von Laborjournal

 

Dass der heilige Albertus Magnus der Schutzheilige der Naturwissenschaftler ist, ist sicherlich einigen bewusst. Weniger bekannt dürfte sein, dass ausgerechnet der heilige Petrus als Schutzheiliger für „Bessessenheit“ fungiert. Genauso wie Johannes der Täufer für „Alkoholismus“, oder Quirinus von Rom für „Eitergeschwüre“.

Dass die Liste der Schutzheiligen durchaus die eine oder andere Skurillität birgt, dürfte damit klar sein. Dennoch wetten wir, dass so gut wie niemand einen der Allerskurillsten unter ihnen kennt — den Heiligen Phoresius, den Schutzpatron der Elektrophorese.

Phoresius war der Sohn eines armen Schwarzwälder Flößers. Bei seiner Geburt sollen Engelein seiner Mutter ein Lied gesungen haben, das mit dem Reim begann „Wander, wander Teilchen du im Feld dem richt’gen Pole zu“. Andere sagen, dies sei Legende — tatsächlich hätten die Englein vielmehr gesungen: „Schwimme, schwimme du Partikel, die Spannung hat dich schon am Wickel“.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Bei Betrugsverdacht: Bunt ist besser!

4. Februar 2014 von Laborjournal

Wir hatten ja bereits hier und hier über die Unsitte der „Flickschuster-Gele“ geschrieben — Gele also, die virtuell aus den Spuren verschiedener Gele zusammengeflickt werden, um auf diese Weise das Ergebnis ein und desselben Experiments vorzutäuschen.

Komplett skrupellose Subjekte nutzen bei solchen Machenschaften die ein oder andere „besonders schöne“ Spur gar mehrfach im gleichen Gel — und verkaufen sie gleichwohl als Laufergebnisse verschiedener Proben. Das ist Fälschung und Betrug, ganz klar. Allerdings ist dieser nicht leicht nachzuweisen, da ähnliche Proben durchaus nahezu identische Banden- und Laufmuster liefern können.

Einen schnellen und einfachen Weg, wie jeder einen entsprechenden Verdacht auf „wundersame Spurenvermehrung“ zumindest vortesten könne, beschrieb kürzlich ein Kommentator in diesem Beitrag auf der Post-Publication-Peer-Review-Plattform PubPeer. Dessen Verdacht erregte folgende Gel-Abbildung:

Der Kommentator, der in dem Beitrag schlicht als „Peer 2“ auftritt, hatte die Abbildung des Gels zuvor in seinen Photoshop geladen — und zunächst einfach mal den Kontrast verstärkt. Die rote Dachzeile nennt das Zwischenergebnis: Die „Spleißnähte“ der zusammengeschusterten Gelspuren treten deutlich hervor.

Aber es geht noch weiter! Anschließend brachte „Peer 2“ Farbe in den Ausschnitt mit den verdächtigen Banden 11-18 — und zwar mit Hilfe eines Photoshop-Tools namens „Gradient Map“. Das Ergebnis sieht so aus:

(Hier klicken für beide Bilder in größerer Auflösung!)

Behauptet noch jemand, dass die Banden 14 & 15 sowie 17 & 18 jeweils nicht zu 100% identisch sind?

Wie gesagt, ein relativ einfacher Test, um den Verdacht einer unzulässigen Gelspur-Duplikation entweder unmittelbar auszuräumen — oder erheblich zu erhärten. Und ganz nebenbei dürfte es damit noch einen Grund weniger geben, warum entsprechende Untersuchungen auf wissenschaftlichen Fehlverdacht bei Journals und Forschungsinstitutionen oft unglaublich schleppend anlaufen — wenn überhaupt.

(Das Gel stammt übrigens aus diesem Paper der Erstautorin Gizem Dönmez. Über weitere Verdachtsmomente für Fehlverhalten in ihren Veröffentlichungen wird unter anderem ausführlich hier, hierhier hier, und hier berichtet.)

 

Mein Gel soll schöner werden…

7. Januar 2014 von Laborjournal

Warum sollte folgende Abbildung bei jedem Reviewer starkes Magengrummeln erzeugen?

Klar, oder? Die Spuren 5-7 sind ganz offensichtlich einzeln in das Gel mit den Spuren 1-4 hinein kopiert. Deutlich sind die schnurgeraden „Schnittkanten“ zwischen den Spuren zu erkennen. Zu lesen ist darüber in dem betreffenden Paper nichts — die Abbildung wird also als Ergebnis ein und desselben Experiments verkauft. Dies wiederum muss ja auch so sein, schließlich soll die gesamte Abbildung die Zeitabhängigkeit (0-24 h) des Bindeverhaltens zweier Bindepartner samt Kontrollen darstellen. Und die kann man quantitativ nur in ein und demselben Experiment zuverlässig bestimmen.

Was also ist hier vorgegangen?

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Der ganz normale Wahnsinn im Labor (3)

16. September 2013 von Laborjournal

„Und, wie war der Urlaub?“

Ja, es ist gerade die Zeit, in der Doktoranden, Postdocs und Co. allzu oft genau diese Frage entgegen geschleudert wird. Und für die Vielen unter ihnen, die darauf nur mit irrem Blick und einem großen Fragezeichen antworten können, sei der folgende Text ausgegraben, den einst eine Doktorandin unter dem Pseudonym „Sirene“ für Laborjournal schrieb (Heft 9/98):

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Morgen frag ich ihn

Sonne, Strand, Meer. Türkisblaue Lagunen und du schnorchelst bis die Haut schrumpelt. Dann kommt da diese Qualle angeschwommen. Du kennst sie, Aequorea, die mit dem Green Fluorescent Protein im Bauch. Das, was dich die letzten Wochen quasi urlaubsreif machte. Nicht mal hier hat man seine Ruhe vor dem Zeug. Die Qualle grinst dich blöde an und sagt: „Hallo“! Du wachst auf und bist schon am frühen Morgen schlecht gelaunt. Was bleibt, ist die Frage, ob du im wirklichen Leben mal die Chance haben wirst, auf Aequorea zu treffen.

Naja, die nächsten Jahre wohl kaum. Bei diesem Chef, der Urlaub für höchst überflüssige Zeitvergeudung hält. Er selbst könnte sein müdes Hirn auch mal wieder mit frischen Winden beleben, weit weg von muffigen Chefsesseln. Aber das muß jeder für sich selbst entscheiden, nur wir brauchen uns über Urlaub nicht den Kopf zu zerbrechen (wann, wohin, mit wem, woher das Geld nehmen — das kostet schließlich unnütz Kraft und Energie). Er regelt das schon für uns. Grund genug gibt’s immer, im Labor zu bleiben. Diesen Beitrag weiterlesen »

Gel romantique

27. November 2012 von Laborjournal

Na, zu diesem Gel könnte man sich doch jetzt jede Menge Geschichten ausdenken:

via PhD-bility

Was man dafür allerdings laden muss? (Oder war’s doch nur Photoshop…?)

Des Forsche iss gefährlisch — Helau!

20. Februar 2012 von Laborjournal

Unser Chefredakteur ist gebürtiger Mainzer. Und zum Rosenmontag musste er als solcher jetzt doch mal der starken Prägung nachgeben, dass alles, was „Meenzer“ zu dieser Zeit von sich geben, immer schnell nach Büttenrede klingt. Also — „wolle mer’n roi losse“: 

Forschers Fassenacht

Ihr liebe Leut, isch sachs Eusch ehrlisch:
Des Forsche iss gefährlisch.
Da siehste in dei’m Eppi dick Aktivitääät.
Die putzte wochelang bis nachts ganz spääät.
Am Ende prangt im Gel e fette Band,
nur ahn Versuch noch, ganz am Rand…
Doch ausgereschent der zeischt Dir ganz klar,
dass alles nur en bleeder Irrtum war.
Des Manuskript werd gleisch gelöscht,
e anneres Projekt werd überlescht.
Aach wenn des Selbstbewusstsein wackelt,
do werd net lang gefackelt,
denn wenn’s mit Resultate net so geht,
werd ei’m gleisch de Geldhahn zugedreht.
Und wenn de dann kaa Seilschaft hast,
dann war’s des midde Forscherei schon fast.
Dann kannste noch ins Ausland gehn,
zwar net nach Harvard, aber v’lleischt Athen.
Doch halt, des Forsche iss da werklisch rauh.
Und Fassenacht gibt’s aach kaa — Naa! Helau!

Lustige Lab Pics

23. September 2010 von Laborjournal

Schon mal die Röhrchen aus der Zentrifuge geholt — und das Bakterien-Pellet lächelt Dich an? Worauf auch Dich ein diabolisches Grinsen beschleicht: „Mal sehen, ob ihr nach der Lyse auch noch lacht….“ (Foto via pwnedexperiments)

Ja ja, es entstehen bisweilen lustige Bilder beim Färben, Kultivieren, Zentrifugieren, Mikroskopieren usw.

Auch nett etwa dieser fluoreszenzmarkierte Lilien-Staubbeutel — frei nach dem Motto „Alles Gute zum Muttertag“:

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