Etwas Schwund ist immer…

16. Mai 2017 von Laborjournal

(Eine typische Labor-Geschichte, erzählt von Valerie Labonté)

Nach längerer Abwesenheit im Labor rechnet man ja damit, dass manches nicht mehr an seinem Platz ist. Aber dass es gleich so schlimm kommen muss wie in diesem Beispiel…

Doktorandin Petra kommt nach einigen Wochen Schreibarbeit zu Hause wieder ins Labor, um für den nächsten Tag ein Experiment vorzubereiten, das ihr für das Paper noch fehlt. Das Vorhaben beginnt natürlich mit… Suchen! Ihre Pipetten sind auf andere Arbeitsplätze und in fremde Schubladen verteilt. Neben der Waage hat jemand eine Dauerpipette für alle eingerichtet — natürlich ist es eine von ihren. Also erstmal die Pipetten zusammensammeln, putzen und eichen.

Petra hat schon fast keine Lust mehr, aber sie muss ja nur vorbereiten heute. Nächste Aufgabe: Chemikalien zusammensuchen. Zwar gibt es diesen gut geordneten Chemikalienraum, doch hat jeder seine Stammchemikalien am Platz oder im Kühlfach gebunkert — oder wo es sonst gerade praktisch scheint. Normalerweise weiß man trotzdem, wo etwas zu finden ist — nur ist erstens Petras eigene Sammlung inzwischen geplündert, und sind zweitens diejenigen der Kollegen nicht mehr in dem selben Zustand wie vor Monaten.

Nach „Wo sind meine Pipetten?“ heißt also die zweite Laborrunde: „Wo sind meine Chemikalien?“. Zu allem Überfluss sind einige der nachbestellten Chemikalien inzwischen in anderen Flaschen als gewohnt gekommen, weshalb es noch länger dauert, bis Petra alles zusammengekratzt hat.

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Doktorarbeit netto

18. Juli 2016 von Laborjournal

Fast jeder Ex-Doktorand stellt sich irgendwann die Frage: „Wenn jedes Experiment, das in meiner Doktorarbeit steht, gleich genau so geklappt hätte — wie schnell hätte ich fertig sein können?“ Sicher spielt die Art der Arbeit und des experimentellen Systems eine entscheidende Rolle — aber am Ende ist wohl jeder zu dem Schluss gekommen: „Viiiiiel kürzer als die Jahre, die ich tatsächlich gebraucht habe.“

documweg

So rechnete uns beispielsweise kürzlich ein ehemaliger Doktorand in einer E-Mail vor, dass er mit „magischen Fingern“ netto gerade mal drei Monate für sämtliche Ergebnisse seiner Doktorarbeit hätte experimentieren müssen — inklusive zweimal Reproduzieren.

Natürlich hatte er aber keine „magischen Finger“, und so brauchte er tatsächlich knapp fünf Jahre. Zieht man noch drei Monate für’s Zusammenschreiben ab, kommt er damit bezüglich seiner Zeitinvestition auf eine „Erfolgsrate“ von grob fünf Prozent. So gesehen hätte er also nur etwa alle drei Wochen jeweils am richtigen Tag ins Labor kommen müssen. Sein Fazit daher: „Es sieht so aus, als ob in der experimentellen Forschung die Dinge gewöhnlich nicht funktionieren. Und es scheint, als wäre das ganz normal.“

Dass solche Rechnungen allerdings in der Realität nicht aufgehen, ist klar. Selbst der „Fünf-Prozent-Rechner“ von oben räumte ein, dass die anderen 95 Prozent für das Gesamtergebnis sicher auf andere Weise ebenso essentiell sind — auch wenn deren Resultate am Ende nicht in Doktorarbeit oder Paper stehen. Warum? Weil man Techniken erst lernen muss; weil einem zuweilen erst negative Resultate — oder gar Fehler — den richtigen Weg weisen; weil unzählige Vorversuche notwendig sind, um die optimalen Bedingungen für die experimentellen Systeme zu ermitteln; und und und…

So machte denn auch unser Ex-Doktorand am Ende seinen Frieden mit der realen Dauer seiner Dissertation. Und ergänzte versöhnlich: „Ein Experte ist man sowieso erst dann, wenn man jeden Fehler wenigstens einmal selbst gemacht hat.“

Foto: fotogestoeber – Fotolia.com

Purely observational and descriptive studies do not yield any clues to mechanisms and functions – Oh really?

15. April 2016 von Carsten T. Rees

Now this is an issue for our own owl — Read more from the ranting owl in this Lab Times article!

Our Own Owl

Print Your Own Microscope

15. April 2016 von Carsten T. Rees

parts of the Bowman microscopeLooking for a high performance microscope that’s small enough to slip under a fume hood or inside a biosafety cabinet? One so cheap to produce that it’s practically disposable? 3D printing can provide the answer. Richard Bowman’s research group at the NanoPhotonics Centre in Cambridge, UK, purchased their first 3D printer around three years ago. Read more and get your own resource code and assembly instructions from the Bowman’s group from this Lab Times article by Laura Jane Brooks.

Kastrierte Methoden

14. Januar 2016 von Laborjournal

In unserer aktuellen Printausgabe schrieben wir unter „Inkubiert“, welch ärgerlich geringschätzige Politik manche Journals hinsichtlich der Referenzen betreiben. Daneben gibt es aber noch eine — vielleicht sogar noch wichtigere — Rubrik, bei der viele Journals den Anschein erwecken, als würden sie diese am liebsten gar nicht drucken: Material und Methoden.

Sehr schön illustriert diesen Eindruck die folgende Twitter-Diskussion aus dem Jahr 2014:
 


 
Die Symptome dieser Geringschätzung des „Material und Methoden“-Teils sind folglich,

  • ihn auf ein völlig unverständliches Maß zusammenzukürzen;
  • ihn ganz ans Ende des Artikel zu hängen;
  • dazu noch die Schrift auf eine schwer zu lesende Größe zu verkleinern;
  • oder ihn gar nicht zu drucken, sondern nur noch als Online-Supplement anzubieten.

 
Wie „Neuroskeptic“ schreibt: All dies sendet ein fatales Signal — nämlich, dass „Material und Methoden“ ein zu vernachlässigendes Anhängsel eines Forschungsartikels seien. Und dass das „Interessante“ — Entdeckungen und Erkenntnisse — ja sowieso woanders stehe.

Dabei wird doch (hoffentlich) jedem Jungforscher eingetrichtert, dass Forschungsergebnisse erst zählen, wenn sie jederzeit und überall unabhängig reproduziert werden können. Was natürlich nur geht, wenn man die beschriebenen Experimente absolut exakt „nachkochen“ kann. Und was braucht man dazu? Eben — eine bis ins letzte Detail exakte Beschreibung der verwendeten Materialien und eingesetzten Methoden.

Was machen daher also die Journals, wenn sie den vermeintlich ach so langweiligen „Material und Methoden“-Teil der Forschungsartikel immer mehr verstecken und kastrieren? Genau — sie sorgen zunehmend dafür, dass Forschungsergebnisse nicht mehr unabhängig verifiziert werden können.

Und war da nicht gerade was von wegen Reproduzierbarkeitskrise in der Forschung?…
 
 

Vogelperspektiven

11. April 2014 von Laborjournal

Biologen, bitte kurz mal den Blick weg von Eppi, PCR und Annotations-Software auf diesen Vogel richten:

Ein Riesenibis (Thaumatibis gigantea) — nach EDGE (steht für: Evolutionarily Distinct and Globally Endangered) die Nummer 1 unter den akut vom Aussterben bedrohten Vogelarten. Bilder von den folgenden Nummern 2 bis 100 gibt’s hier. Wenn Bench oder Rechner Euch Zeit lassen, ruhig mal reinschauen.

Best of Science Cartoons (25)

8. April 2014 von Laborjournal

(Autor: Tom Cheney, Cartoon von hier.)

Der heilige Phoresius, Schutzpatron der Elektrophorese

1. April 2014 von Laborjournal

 

Dass der heilige Albertus Magnus der Schutzheilige der Naturwissenschaftler ist, ist sicherlich einigen bewusst. Weniger bekannt dürfte sein, dass ausgerechnet der heilige Petrus als Schutzheiliger für „Bessessenheit“ fungiert. Genauso wie Johannes der Täufer für „Alkoholismus“, oder Quirinus von Rom für „Eitergeschwüre“.

Dass die Liste der Schutzheiligen durchaus die eine oder andere Skurillität birgt, dürfte damit klar sein. Dennoch wetten wir, dass so gut wie niemand einen der Allerskurillsten unter ihnen kennt — den Heiligen Phoresius, den Schutzpatron der Elektrophorese.

Phoresius war der Sohn eines armen Schwarzwälder Flößers. Bei seiner Geburt sollen Engelein seiner Mutter ein Lied gesungen haben, das mit dem Reim begann „Wander, wander Teilchen du im Feld dem richt’gen Pole zu“. Andere sagen, dies sei Legende — tatsächlich hätten die Englein vielmehr gesungen: „Schwimme, schwimme du Partikel, die Spannung hat dich schon am Wickel“.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Don’t Stop Pipetting…

25. Februar 2014 von Laborjournal

… Lab-Video-Parodie auf „Don’t Stop Believing“ von Glee:

Lyrics:

Just some young postdocs
Trying to make it to the top
One took the midnight tram
Going back to lab

For the past twelve months
Paper’s been stuck in review
Ten new experiments
From damn reviewer two…

Den Rest des Texts gibt’s auf der YouTube-Seite des Videos („Mehr anzeigen“ klicken).

Best of Science Cartoons (24)

18. Februar 2014 von Laborjournal
Via Twisteddoodles
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