Warum nicht einfach verdünnen?

29. November 2016 von Laborjournal

Gerade entwickelte sich hier in der Redaktion eine ganz nette Diskussion…

Gestern hatte unsere Mitarbeiterin Juliet Merz auf Laborjournal online über den enorm hohen Salzgehalt im Blut der ach so flinken Galápagos-Meeresechsen aus der Art Amblyrhynchus cristatus berichtet. Darin schrieb sie unter anderem:

Die Autoren schätzen den Natriumgehalt im Blut der Reptilien sogar noch höher ein: Denn das verwendete Messgerät konnte nur eine maximale Konzentration von 180 mmol/L ermitteln — und bei 15 Tieren schlug die Messung an dieser Grenze an.

Daraufhin meinte Kollege Köppelle heute:

Äh… woher wissen die Forscher das denn? Der Wert dieser 15 Tiere könnte jeweils exakt 180 mmol/L betragen haben, oder 180,1 mmol/L, oder auch mal 180 und mal 190 und mal 500 oder auch dreitausend mmol/L … Letzteres natürlich eher nicht — aber wo man nichts messen kann, kann man auch nichts aussagen.

dilutionNa ja, das ist vielleicht etwas zu hart. Denn dass man den Natriumgehalt im Blut daher wohl tatsächlich noch etwas höher ansetzen muss, ist ja schon sehr plausibel. Niedriger jedenfalls ganz gewiss nicht.

Ich hatte in dieser Sache jedoch einen anderen Einwand:

Warum haben die nicht einfach verdünnt und das Ergebnis mit dem Verdünnungsfaktor wieder hochgerechnet? Lernt man doch im ersten Laborpraktikum, dass man Proben so verdünnen muss, dass die Konzentration des gewünschten Parameters in den Messbereich des Gerätes fällt…

Daraufhin Kollege Köppelle:

Stimmt, hätte man auch machen können. Jedenfalls ein Grund, nochmal nachzurecherchieren und den Artikel nachzubessern.

Gesagt, getan. Und tatsächlich steht bereits im Abstract des zitierten Original-Papers:

A notable finding was the unusually high blood sodium level; the mean value of 178 mg/dl is among the highest known for any reptile. This value is likely to be a conservative estimate because some samples exceeded the maximal value the iSTAT can detect.

Und in „Material und Methoden“ wird das Ganze folgendermaßen erklärt:

Bildschirmfoto 2016-11-29 um 13.14.59

Worauf Kollege Köppelle meinte:

Ah, das ist offenbar irgendsoein Cartridges-benutzendes Dingens:

https://www.abbottpointofcare.com/products-services/istat-handheld

Aber man muss zuvor per Hand das Blut in die Cartridge füllen.

Fazit: Die waren also bloß zu faul, nochmal ins Feld zu fahren, nochmal Blutproben zu nehmen und dann ohne ihr ach so praktisches MultiAutoTool im Labor die Werte „althergebracht“ zu analysieren!

Mein Einwand wiederum:

Wahrscheinlich hatten sie auf den Inseln nix dabei, um Blutproben einfrieren zu können. Allerdings kommen vier der acht Autoren von der „University San Francisco de Quito, Galápagos Science Center, Puerto Baquerizo Moreno, Galápagos, Ecuador“. Die dürften es also nicht allzu weit ins Labor gehabt haben…

Wie auch immer. Der Eindruck bleibt, dass man diese Messung durchaus genauer hätte machen können — wenn die Autoren nur gewollt hätten. Kollege Köppelle und ich waren uns jedenfalls einig, dass sie froh sein können, uns beide nicht als Gutachter bekommen zu haben … 😉

 

Leidige Praxisprobleme

13. Februar 2015 von Laborjournal

Kaum einer zweifelt, dass Post-Publication Peer Review (PPPR) prinzipiell eine gute Sache ist. Was kann auch dagegen sprechen, wo und wie auch immer veröffentlichte Arbeiten im Nachgang online weiter zu kommentieren und zu diskutieren? Im besten Fall werden die Ergebnisse und Schlussfolgerungen womöglich robuster einsortiert oder es werden gar neue Ideen und Hypothesen angestoßen. (Ganz abgesehen davon, dass auch echte Flops umgehend entlarvt werden können — wie etwa konkret geschehen in den Fällen der Arsen-Bakterien oder der STAP-Stammzellen.) Im schlechtesten Fall frisst es einfach nur Zeit, aber das tun andere Dinge im Forschungsbetrieb noch auf viel sinnfreiere Weise…

Die konkrete Praxis des PPPR wird dagegen schon kontroverser diskutiert. Ein besonders „heißes“ Thema etwa ist, ob die Kommentatoren anonym bleiben dürfen — oder eben nicht. Selbst die zwischenzeitlich etablierten PPPR-Plattformen sind hier gespalten: Publons oder PubMed Commons lassen beispielsweise keine anonymen Kommentare zu, während PubPeer dagegen Anonymität explizit für wichtig hält.

Die Erfahrungen des Physikers und Postdocs Julian Stirling sprechen allerdings für keine der Varianten — zumindest in der Form, wie sie bislang praktiziert werden. Diesen Beitrag weiterlesen »

„Re-Inkubiert“ (2)

2. August 2013 von Laborjournal

(Urlaubszeit in der Laborjournal-Redaktion. Nicht zuletzt deshalb machen wir es in den kommenden Wochen wie das TV: Wir bringen Wiederholungen. Bis Ende August erscheint jede Woche, jeweils im Wechsel mit einem weiteren „Best of Science“-Cartoon, eine bereits in Laborjournal print publizierte Folge unserer „Inkubiert“-Kolumne. Sicher, alle schon ein wenig älter — aber eigentlich noch immer aktuell.)

 

Gehen Sie noch regelmäßig in den Journal-Club? Falls es diese Veranstaltung bei Ihnen überhaupt noch gibt? Nun, wenigstens aus der Diplom- und Doktorandenzeit sollte jeder diese wöchentliche Routineveranstaltung noch kennen. Der Autor hatte etwa an seinem Ex-Institut immer montags um 12 Uhr „Journal-Club“. Was jede Woche für ein bisweilen skurilles Schauspiel sorgte: Einer nach der anderen kam Montag morgens meist noch wochenendmüde ins Institut, schlurfte ziemlich unmotiviert ans schwarze Brett, las gelangweilt den Titel des anstehenden JCs, und trabte noch weniger begeistert wieder ab — jedenfalls die meisten. Und gesehen hat man dann um 12 Uhr nur wenige. Ja, so haben viele den guten, alten Journal-Club wohl als lästige Institutsroutine im Kopf, die einen nur von den wichtigen Experimenten abhält. Das hat er nicht verdient; denn nirgendwo sonst lernt man besser die Qualität von Publikationen zu beurteilen. Gerade heute gibt es wahrscheinlich mehr wundervolle Paper als jemals zuvor in der Geschichte der Biowissenschaften — und es ist unglaublich lohnend herauszuarbeiten, warum diese Paper so wundervoll sind. Und gerade heute gibt es so viele wirklich furchtbare Paper wie noch nie zuvor in der Geschichte der Biowissenschaften — und es lohnt sich sehr darüber zu sprechen, warum sie so furchtbar sind. Nicht zuletzt auch, da man sich nach einigen Ereignissen und Schlagzeilen der letzten Jahre auf die simple Faustformel „Gute Paper in guten Journals, schlechte in schlechten“ offenbar kaum noch verlassen kann. Gute Paper von schlechten zu unterscheiden gehört sicher zu den Schlüsselqualifikationen des fortgeschrittenen Wissenschaftlers — nicht nur, weil er selber welche schreiben muss. Dazu reicht gesunder Wissenschaftlerverstand alleine jedoch nur bedingt, man muss es trainieren. Und wie? Zum einen natürlich, indem man Paper wirklich liest. Zum anderen, indem man sie diskutiert. Und wo geht das besser als im guten, alten Journal-Club?

(aus Laborjournal 4-2006, Foto: © cameraman — Fotolia.com)

„Nie mehr Poster!“

3. September 2010 von Laborjournal

Aus der Reihe „Spontane Interviews, die es nie gab — die aber genau so hätten stattfinden können”. Heute: Postdoc Rant, Pollyanologisches Institut Universität Wolkenruhe.

LJ: Ah hallo, in der Rolle unter ihrem Arm steckt doch sicher ein Poster. Gerade von einer Tagung zurück?

Rant: Gut erkannt.

LJ: Und wie war’s?

Rant: Bescheiden.

LJ: Warum? Kam ihr Poster nicht an?

Rant: Bingo. Ich frag’ mich wirklich, wofür ich die drei Tage Poster machen geopfert habe.

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Laborjournal 10/2009 — Diskussion frei!

20. Oktober 2009 von Laborjournal

tit_2009_10Jemand schrieb uns dieser Tage, dass man doch im LJ Blog auch gut die Artikel der gedruckten Ausgabe kommentieren und diskutieren könnte. Gute Idee! Wer uns also irgendwas zu irgendeinem der Artikel aus Laborjournal 10/2009 sagen möchte, kann das ab jetzt im Kommentar-Thread dieses Posts tun. Das Inhaltsverzeichnis des jeweils aktuellen Hefts gibts hier — zur Erinnerung. Die Hefte selbst müssten ja noch überall herumliegen.

Ein „Anreißer“ vorweg: Das indirekte Zitat aus der englischen Times im Artikel über DNA-Fingerprinting-Pionier Alec Jeffreys auf Seite 71 stimmt so nicht ganz. Es heißt dort, dass 2008 allein in Großbritannien mittels der von ihm entwickelten DNA-Analyse 17.614 Verbrechen aufgeklärt worden wären (Times-Artikel hier). Diesen Beitrag weiterlesen »

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