Tausche Falsch gegen Neu

18. Juni 2015 von Ralf Neumann

Wenn in einer Publikation nach Jahren eine Abbildung als „falsch“ erkannt wird — ist es dann in Ordnung, diese im Rahmen einer „Correction“ durch analoge Daten aus der frischen Wiederholung des beschriebenen Experiments zu ersetzen?

Hintergrund dieser Frage ist eine aktuelle „Correction“, die als Folge der Kritik an rund vierzig Veröffentlichungen des Zürcher Pflanzenforscher Olivier Voinnet publiziert wurde. Auf der Diskussions-Plattform PubPeer wird Voinnet und seinen Ko-Autoren seit Monaten vorgeworfen, dass sie allesamt zweifelhafte Abbildungen enthielten (siehe auch unsere Berichte hier und hier). Zu sechs dieser Publikationen sind seither „Corrections“ erschienen (1, 2, 3, 4, 5, 6), ein Paper wurde komplett zurückgezogen.

Die aktuelle Correction des Papers Olivier Voinnet et al. in The Plant Journal (Vol. 33(5): 949-56) aus dem Jahr 2003 beginnt folgendermaßen:

In the article by Voinnet et al. (2003), it has recently been noted that the original Figure 3b in this paper was assembled incorrectly and included image duplications. As the original data are no longer available for assembly of a corrected figure, the experiment was repeated, in agreement with the editors, by co-author S. Rivas. The data from the repeated experiment, presented below together with the original figure legend, lead to the same interpretation and conclusions as in the original paper.

Die Originaldaten waren folglich zwölf Jahre später nicht mehr vorhanden, also wiederholte einer der Autoren das beschriebene Experiment. Die resultierenden 2015er-Ergebnisse korrigierten die Autoren schließlich mit der damaligen (!) Original-Bildlegende  in das 2003er-Paper hinein — und proklamierten am Ende, dass die frischen Daten ja genauso prima zu der alten Interpretation und Schlussfolgerung führen würden wie damals diejenigen aus dem „falsch zusammengestellten“ Bild.

Klingt komisch, oder? Ist das überhaupt in Ordnung?     Diesen Beitrag weiterlesen »

Bild unter Verdacht (1)

5. Mai 2015 von Ralf Neumann

Seit jeher erhält Laborjournal Hinweise auf mögliche Manipulationen in Paper-Abbildungen. In den letzten Monaten haben diese jedoch auffällig zugenommen. Grund genug, ab jetzt einige der verdächtigen Abbildungen anonymisiert hier im Blog zu präsentieren — und zu fragen, ob an dem Manipulationsverdacht tatsächlich etwas dran sein könnte. Oder eben nicht.

Den Anfang machen wir mit folgendem Ausschnitt aus der Abbildung eines gewissen 2007er-Papers:

Der Verdacht:

(1) Das unterste Western-Blot-Panel scheint eine vertikal gespiegelte Kopie des obersten zu sein, obwohl beide natürlich zwei verschiedene Experimente darstellen sollen. Neben der Ähnlichkeit der Bandenformen besonders starkes Indiz für eine unzulässige Duplikation: Der helle, vertikale „Störungsstreifen“ (roter Pfeil) durch die zweite Bande von rechts (oben) beziehungsweise die zweite Bande von links (unten).

(2) Zudem scheint das zweite Panel von unten eine Kopie des zweiten Panels von oben zu sein – allerdings wurden hier offenbar die Banden des oberen Panels zusätzlich noch in der Breite gestreckt sowie in der Höhe gestaucht. Besonders „entlarvend“ für die mutmaßliche Kopie scheinen auch hier wiederum die unspezifischen Störungen zu sein — konkret die Dreckpunkte (blaue Pfeile), die sich relativ zu den Banden jeweils an denselben Stellen befinden.

Die Frage:

Sind die Panels womöglich wirklich in der beschriebenen Weise dupliziert worden? Oder gibt es stattdessen andere, „angenehmere“ Erklärungen für die Auffälligkeiten?

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Komische Kommentarauswahl bei PubPeer

30. April 2015 von Ralf Neumann

Nicht nur unser Autor Leonid Schneider macht gerade so seine Erfahrungen mit der Paper-Diskussionsplattform PubPeer (siehe hier und hier). Meine eigenen letzten Erlebnisse dort fand ich allerdings gar nicht prickelnd. Und das kam so:

In den letzten Wochen postete ich insgesamt drei Kommentare als „Unregistered Submission“ auf PubPeer. (Als „Peer“ kann ich mich dort nicht anmelden, da hierfür eine Instituts-Emailadresse verlangt wird, die ich als Laborjournalist nun mal nicht habe.) Laut eigener Aussage prüfen die PubPeer-Betreiber zunächst alle Beiträge, die als „Unregistered Submission“ hereinkommen — und versprechen deren baldige Publikation, sofern sie keine persönlichen Beleidigungen enthalten.

Von meinen drei eingereichten Kommentaren erschien genau einer — und dies sehr schnell. Die anderen beiden erschienen bis heute nicht. Jetzt ist ein Schelm, wer Böses dabei denkt, dass es ausgerechnet der „negative“ Beitrag war, den PubPeer publizierte. In diesem hatte ich mögliche Duplikationen von Gelbanden, die zudem noch durch Spiegeln, Zerren und Stauchen der Banden-Bilder getarnt wurden, zur Diskussion gestellt. (Wer es genauer wissen will, siehe hier. Leider hat dann niemand weiter mitdiskutiert, obwohl es sich für mich um einen klaren Fall von Manipulation handelt.)

Die anderen beiden Kommentare waren dagegen „positive“ Beiträge, in denen ich Argumente vorstellte, warum gewisse, von anderen der Manipulation verdächtigten Abbildungen meiner Meinung nach falschen Alarm darstellten. Diesen Beitrag weiterlesen »

Vertrauen ist gut, Kontrollen sind uncool

28. April 2015 von Ralf Neumann

(Auf der Paper-Debattier-Plattform PubPeer entwickeln sich bisweilen besorgniserregende Diskussionen. In eine davon war unlängst unser Autor Leonid Schneider verwickelt. Hier sein Bericht.)

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Kürzlich konnte ich bei einer Diskussion auf dem Publikations-Debattier-Portal PubPeer wieder einmal Erstaunliches lernen. Im Rahmen der Manipulationsverdächtigungen gegen den Zürcher Pflanzenforscher Olivier Voinnet wurde dort unter anderem auch diese Abbildung aus der Publikation Gibbings et al. in Nature Cell Biology 14:1314-21 diskutiert:

 

Der „Kritiker“ schrieb dazu:

TUBA and EF1A are not from the same gel; same molecular weight but different „curving/tilitng“ of the bands.

Was nichts anderes heißt, als dass die Banden der Ladungskontrolle einen ganz anderen Verlauf haben als diejenigen eines anderen gezeigten Proteins, obwohl beide Proteine ungefähr das gleiche Molekulargewicht haben. Und dies deutet wiederum klar darauf hin, dass die Ladungskontrolle von einem ganz anderen Gel oder einer anderen Membran kommt als das Protein, dessen gleiche Beladung sie bescheinigen sollte.

Tatsächlich hat diesen Befund auch niemand auf PubPeer bestritten. Stattdessen jedoch fragten manche, wo denn hier bitte überhaupt das Problem sei. Diesen Beitrag weiterlesen »

Phagen zu Nano-Multitools

20. März 2015 von Ralf Neumann

Mal wieder was aus der Reihe „Unübliche Abbildungen in Originalveröffentlichungen“:

 

 

Das Bild dient als Abstract-Illustration im Paper „Bacteriophages as Scaffolds for Bipartite Display: Designing Swiss Army Knives on a Nanoscale“ von Peter Molek und Tomaž Bratkovič, Universität Ljubljana (Bioconjugate Chem. 26 (3):367-78). Die Autoren wollen damit verdeutlichen, dass Phagen ihrer Meinung nach ein großes Potential für Anwendungen in der Nanobiotechnologie haben, da man sie gezielt mit multiplen funktionellen Modulen bestücken könnte — analog einem Schweizer Offiziersmesser also.

Okay, die Botschaft ist angekommen…

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So viel Schlamperei?

6. Februar 2015 von Ralf Neumann

Auszug aus dem Corrigendum eines Nature-Artikels:

We introduced two errors (by inadvertently removing five data points, two from the wild type and three from Ripk2-/-) into this figure when we were asked to provide a higher-resolution version at the production stage.

Auszug aus dem Corrigendum eines Nucleic Acid Research-Artikels:

The LSD1 panels were inadvertently duplicated on the construction of Figure 4D.

Auszug aus dem Corrigendum eines Froniers in Human Neuroscience-Artikels:

A small part of the data on five of the 43 patients was accidentally displaced in the data file, which affected two of the results presented in the original manuscript.

Auszug aus dem Erratum eines Cell-Papers:

[…] the panel for DMSO control (0.1% apoptosis) was misplaced in the next panel for Y-27632-treated control (0.3% apoptosis).

Auszug aus dem Erratum eines Nature Communications-Artikels:

This Article contains errors in Figs 4 and 6 that were introduced during the production process. In Fig. 4d, the lane labels ‘HA-JMJD2B mut’ and ‘HA-JMJD2B’ on the western blot were inadvertently switched. In Fig. 6b,c, labels for the red and green lines were also accidentally swapped.

Ohne Probleme ließen sich dieser Liste der „inadvertent and accidental errors, duplications and misplacements“ jede Menge weitere Beispiele anfügen. Insbesondere in den letzten Jahren haben Corrections und Errata massiv zugenommen — und auffallend oft bezichtigen sich die Forscher darin selbst solcher versehentlicher Schlampereien. Diesen Beitrag weiterlesen »

Mein Gel soll schöner werden…

7. Januar 2014 von Ralf Neumann

Warum sollte folgende Abbildung bei jedem Reviewer starkes Magengrummeln erzeugen?

Klar, oder? Die Spuren 5-7 sind ganz offensichtlich einzeln in das Gel mit den Spuren 1-4 hinein kopiert. Deutlich sind die schnurgeraden „Schnittkanten“ zwischen den Spuren zu erkennen. Zu lesen ist darüber in dem betreffenden Paper nichts — die Abbildung wird also als Ergebnis ein und desselben Experiments verkauft. Dies wiederum muss ja auch so sein, schließlich soll die gesamte Abbildung die Zeitabhängigkeit (0-24 h) des Bindeverhaltens zweier Bindepartner samt Kontrollen darstellen. Und die kann man quantitativ nur in ein und demselben Experiment zuverlässig bestimmen.

Was also ist hier vorgegangen?

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Oh, sorry — nur eine Verwechslung !?

9. Dezember 2013 von Ralf Neumann

Geht es nur uns so? Uns jedenfalls scheint es, dass immer mehr Errata und Corrections zu Papern erscheinen, in denen die Autoren Duplikationen in Abbildungen, die meist von anderen entdeckt wurden, nach dem folgenden Muster entschuldigen:

„Uuups, Verzeihung — da ist uns wohl beim Zusammenstellen der Abbildungen etwas durcheinander geraten. Und jetzt ist dummerweise Bande X, Scan Y oder Gewebeschnitt Z nochmals in eine zweite Abbildung hineingerutscht, die ja ein ganz anderes Experiment zeigt. Aber keine Angst, wir haben die richtige Bande U, Scan V oder Gewebeschnitt W natürlich wieder gefunden — und zeigen sie Euch jetzt hier im Erratum. Vergesst also die alte Abbildung, nehmt diese hier — und Ihr werdet ganz schnell sehen, dass alles, was wir geschrieben haben, natürlich trotzdem unverändert richtig ist. Die Daten im Erratum zeigen das ja jetzt auch viel schöner. Nicht böse sein, kann ja mal passieren. Und wenn Euch in anderen Abbildungen wieder etwas auffällt, meldet Euch einfach — wir kriegen das hin!“

Okay, das war die Persiflage. Nehmen wir ein echtes Beispiel. In Blood (Vol. 122(14): 2523) erschien Anfang Oktober eine Correction mit folgendem Text:  Diesen Beitrag weiterlesen »

Der kleine Fischer

29. November 2013 von Ralf Neumann

Vor etwa einem Jahr hatten wir an dieser Stelle ein Beispiel, wie Autoren sich einen kleinen Scherz im eigenen Paper gönnten. Die Abbildung einer ausgewachsenen Makrozilie erinnerte sie so sehr an einen Wolkenkratzer, dass sie kurzerhand einen Miniatur-King Kong darauf zeichneten. Das war 1988 — und scheinbar gefiel dies auch den Reviewern so gut, dass sie die kleine Manipulation großmütig ins fertige Paper durchwunken. Oder sie hatten’s glatt übersehen.

„King Kong“ war jedoch bei weitem nicht der erste Gag, den sich Autoren auf diese Art mit ihren Abbildungen erlaubten. Hier kommt noch einer aus dem Paper „The Photosynthetic Cycle. CO2 Dependent Transients“, das Alex T. Wilson und der spätere Nobelpreisträger Melvin Calvin 1955 im Journal of the American Chemical Society veröffentlichten (Vol. 77(22): 5948-57):

Na, gefunden? Falls nicht, ist hier die Vergrößerung eines Teils der Abbildung:

Jetzt ist es klar, oder? Wie hier nachzulesen ist, entsprang der „kleine Fischer“ angeblich einer Wette des damaligen „Grad Students“ Alex Wilson mit der Institutssekretärin, dass er in einem der nächsten Paper solch eine Figur einschmuggeln könne, ohne dass Calvin es merken würde. Wilson gewann die Wette — und man sagt, der bekanntermaßen etwas humorlose Calvin hätte es nie herausgefunden.

Irgendwie schön, dass sich in dem ein oder anderen Originalartikel doch mehr Geschichten verbergen als nur die rein wissenschaftliche.

Wurstige Titel

7. Januar 2013 von Ralf Neumann

Wahrlich keine Seltenheit, dass die Titel biomedizinischer Paper vor Spezialbegriffen nur so strotzen — und am Ende vollkommen verschwurbelt daherkommen. Umso erfreulicher daher, wenn ein Titel mit klaren und direkten Worten sagt, worum die beschriebene Studie tatsächlich geht — wie etwa in folgendem Beispiel:

„An In-Depth Analysis of a Piece of Shit: Distribution of Schistosoma mansoni and Hookworm Eggs in Human Stool“ (PLoS Neglected Tropical Diseases, 6(12): e1969).

Es geht darin also „um die Wurst“. Und auch der erste Teil der Abb. 1 lässt keinen Zweifel über das „Ausgangsmaterial“ der Studie:

 

(Ganz nebenbei auch ein klarer Kandidat für unsere lockere Reihe “Ungewöhnliche Abbildungen in Originalveröffentlichungen”)

Doch nehmen wir jetzt mal den Spaß, den die Autoren um Stefanie J. Krauth vom Schweizerischen Tropen- und Public Health-Institut in Basel beim Titeln und Bebildern sicherlich auch hatten, ein wenig beiseite. Diesen Beitrag weiterlesen »

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