Vertrauen ist gut, Kontrollen sind uncool

28. April 2015 von Laborjournal

(Auf der Paper-Debattier-Plattform PubPeer entwickeln sich bisweilen besorgniserregende Diskussionen. In eine davon war unlängst unser Autor Leonid Schneider verwickelt. Hier sein Bericht.)

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Kürzlich konnte ich bei einer Diskussion auf dem Publikations-Debattier-Portal PubPeer wieder einmal Erstaunliches lernen. Im Rahmen der Manipulationsverdächtigungen gegen den Zürcher Pflanzenforscher Olivier Voinnet wurde dort unter anderem auch diese Abbildung aus der Publikation Gibbings et al. in Nature Cell Biology 14:1314-21 diskutiert:

 

Der „Kritiker“ schrieb dazu:

TUBA and EF1A are not from the same gel; same molecular weight but different „curving/tilitng“ of the bands.

Was nichts anderes heißt, als dass die Banden der Ladungskontrolle einen ganz anderen Verlauf haben als diejenigen eines anderen gezeigten Proteins, obwohl beide Proteine ungefähr das gleiche Molekulargewicht haben. Und dies deutet wiederum klar darauf hin, dass die Ladungskontrolle von einem ganz anderen Gel oder einer anderen Membran kommt als das Protein, dessen gleiche Beladung sie bescheinigen sollte.

Tatsächlich hat diesen Befund auch niemand auf PubPeer bestritten. Stattdessen jedoch fragten manche, wo denn hier bitte überhaupt das Problem sei. Das Argument eines Kritikers hierzu war: Es würde doch vollkommen ausreichen, eine bestimmte berechnete Menge an Protein auf das Gel aufzutragen — und damit wäre für Ladungskontrollen gesorgt, egal wie viele Gele man dann noch mit diesen Proben laufen lässt. Ob man überhaupt eine Antikörperfärbung gegen Gleichbeladung bräuchte, das wurde aus dieser Argumentation nicht klar.

Jedenfalls sah der Autor an der Voinnet-Abbildung nichts Kritikwürdiges. Im Gegenteil, in 99% aller Publikationen würden die Kollegen es doch genau so machen. Der Kommentator forderte daher schließlich alle Kritiker dieser Abbildung auf, „die Fackeln und Mistgabeln niederzulegen“.

Ich hielt daraufhin in der PubPeer-Diskussion dagegen, dass es keine gute wissenschaftliche Praxis sei, wenn man die Ladungskontrolle ausschließlich in einem von mehreren wiederholten Gelen machen würde — so wie es offenbar beim Voinnet-Paper der Fall war. Jeder einzelne Probenlauf, egal wie oft wiederholt, braucht seine eigene Ladungskontrolle. Man kann diese Kontrollen nicht derart vernachlässigen, denn beim Neubeladen wiederverwendeter Proteinproben, wie auch beim Gel-Lauf und dem anschließenden Transfer auf die Membran kann sehr viel passieren. Aus diesem Grund sehen vornehmlich mit gleicher Proteinmenge beladene Blot-Membranen am Ende keineswegs jedes Mal gleich aus. Allerdings merkt man das natürlich nur, wenn man jede einzelne Membran mit einer eigenen Ladungskontrolle versieht.

Kurz nach diesem Kommentar meldete sich offenbar die gleiche Person mit seinem richtigen Namen auf Twitter, als ein US-amerikanischer Postdoc für Virologie. Er forderte mich auf, „mit der Hexenjagd aufzuhören“, und verteidigte sehr selbstsicher seine oben beschriebene Sichtweise zum zeitsparenden Versuchsaufbau bei Westernblot-Experimenten. Irgendwann aber löschte er alle diesbezüglichen Tweets wieder — hoffentlich weil er von der Reaktion der Wissenschaftler-Kollegen überzeugt wurde. Also doch nur ein Einzelfall von einem schlecht geschulten Kollegen? Stimmt dessen Behauptung, dass in 99% der Paper die Ladungskontrollen vernachlässigt würden, damit zum Glück doch nicht?

Ich hatte mich zu früh gefreut. Denn kurze Zeit später schloss sich ein zweiter Kommentator der Meinung, dass wiederholte Ladungskontrollen sinnlos seien, umso heftiger an — und beschimpfte auf PubPeer recht aggressiv all diejenigen, die auf Ladungskontrollen für jeden einzelnen Gel-Lauf bestehen würden. Leider wurde dieser Kommentar von den PubPeer-Leuten wieder entfernt, bevor ich ihn speichern konnte. Als der Kommentator aber in meinem nächsten Beitrag zum Thema meinen Namen las, postete er (oder sie) indes diesen Kommentar, in dem er (oder sie) mich persönlich zu diffamieren suchte. Vor allem solle ich mich als schlechter und inkompetenter Journalist nicht als „oberste Moralinstanz“ aufspielen – und überhaupt habe ich mich als Nicht-Pflanzenforscher aus dieser Fachdiskussion über Pflanzenforschung herauszuhalten. Auch dieser Kommentar wurde schnell entfernt.

Sei’s drum — aber was lernen wir daraus? Offenbar gibt es doch mehr Labore, in denen man es mit Ladungskontrollen nicht so genau nimmt, als einem lieb ist. Solange das Ergebnis halbwegs passt, wird dort anscheinend eine Antikörper-Färbung für die Ladungskontrolle als alberne Zeitverschwendung abgetan. Besorgniserregend ist dabei, dass die jeweiligen Wissenschaftler dazu auch stehen, und offenbar keinen Bedarf darin sehen, ihre kreative Interpretation der wissenschaftlichen Regeln geheim halten zu müssen. Noch besorgniserregender jedoch ist, dass zwar bei guten, alten analogen Westernblots wie diesem hier das Fehlen korrekter Ladungskontrollen noch auffallen kann. Bei einem modernen digitalen Real-Time-PCR-Ergebnis jedoch würde man als gutgläubiger Leser ohne Zugriff auf die Rohdaten niemals entdecken, dass es gar keine reale Kontrolle für die cDNA-Menge gegeben hat.

Andererseits — der Postdoc löschte alle seine Tweets, der zweite Kommentator bleib bei seinen Schimpftiraden anonym, und neue Kommentare in dieser Richtung gab es auch keine mehr. Das Problem ist zwar wohl existent — aber dessen Ausmaß scheint doch nicht derart epidemisch, wie vom Virologie-Postdoc zuvor stolz verkündet.

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1 Kommentar zu „Vertrauen ist gut, Kontrollen sind uncool“

  1. Nun gibt es auch eine Publikation dazu, dass man keine Ladungskontrolle für jedes Gel mehr bräuchte.
    http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/42826/title/All-Is-Not-Quiet-on-the-Western-Front/
    Thomas Wishart von der Universität Edinburgh meint, man braucht nur ein Coomassie-Gel zu machen, danach lädt man Proteinproben auf weitere Gele auf, ohne die späteren Ladungskontrollen. Der Leser seiner Paper muss dann halt seinem Wort glauben, dass sich da niemand verpipettiert hat.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354265/

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