Phagen zu Nano-Multitools

20. März 2015 von Laborjournal

Mal wieder was aus der Reihe „Unübliche Abbildungen in Originalveröffentlichungen“:

 

 

Das Bild dient als Abstract-Illustration im Paper „Bacteriophages as Scaffolds for Bipartite Display: Designing Swiss Army Knives on a Nanoscale“ von Peter Molek und Tomaž Bratkovič, Universität Ljubljana (Bioconjugate Chem. 26 (3):367-78). Die Autoren wollen damit verdeutlichen, dass Phagen ihrer Meinung nach ein großes Potential für Anwendungen in der Nanobiotechnologie haben, da man sie gezielt mit multiplen funktionellen Modulen bestücken könnte — analog einem Schweizer Offiziersmesser also.

Okay, die Botschaft ist angekommen…

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Ist doch egal, wer — die Sache zählt!

20. Februar 2015 von Laborjournal

(In dieser Antwort auf den Beitrag „Leidige Praxisprobleme“ vom 13. Februar verteidigt unser Autor Leonid Schneider das Prinzip der anonymen Kommentare auf der Post-Publikation-Review-Plattform PubPeer.)

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Früher hieß es: Es ist publiziert, also stimmt es! Oft beendete man noch jegliche kritische Diskussion mit den Argumenten des Peer-Review und des Journal-Impaktfaktors. Den Grund dafür, dass publizierte Versuchsergebnisse im eigenen Labor nicht zu reproduzieren waren, suchte man dann ausschließlich bei sich selbst.

Nun kann sich jeder Jungwissenschaftler sofort über die Webseite PubPeer eine darüber hinausgehende Meinung bilden. Denn auch was in Nature, Cell und Science steht, muss man nicht unbedingt treudoof glauben. Unbeantwortete, aber plausible öffentliche Anschuldigungen der Daten-Unzulänglichkeit in einem Paper können schon an dessen Glaubwürdigkeit und Verlässlichkeit rütteln. Endlich geht es dann um Evidenz statt Eminenz — und das ist auch gut so.

Trotz diverser Kinderkrankheiten hat das junge Internetportal PubPeer bereits jetzt einen enormen Beitrag zur Richtigstellung der wissenschaftlichen Literatur geleistet. Sie beherbergt inzwischen doch einige Beispiele, wo Fehler oder auch potenzielle Manipulationen in der Fachliteratur öffentlich und mit Bildbelegen aufgedeckt wurden. Ständig kommen neue dazu. Die Bild-Duplikationen in Shoukhrat Mitalipovs Cell-Paper (Vol. 153(6): 1228-38), das übrigens ohne Peer-Review erschien, wurden in PubPeer erstmals angeprangert — was später zu einer umfassenden und peinlichen Korrektur führte. Die Manipulationen in einem der größten Forschungsskandale der letzten Zeit um die sogenannten STAP-Stammzellen wurden vor allem durch PubPeer bekannt.

Die Bedeutung von PubPeer wird daher immer mehr Wissenschaftlern bewusst. Immer mehr nehmen sie zu den sie selbst betreffenden Kommentaren und Vorwürfen Stellung — dies im Übrigen mal mehr, mal weniger überzeugend. Diesen Beitrag weiterlesen »

Leidige Praxisprobleme

13. Februar 2015 von Laborjournal

Kaum einer zweifelt, dass Post-Publication Peer Review (PPPR) prinzipiell eine gute Sache ist. Was kann auch dagegen sprechen, wo und wie auch immer veröffentlichte Arbeiten im Nachgang online weiter zu kommentieren und zu diskutieren? Im besten Fall werden die Ergebnisse und Schlussfolgerungen womöglich robuster einsortiert oder es werden gar neue Ideen und Hypothesen angestoßen. (Ganz abgesehen davon, dass auch echte Flops umgehend entlarvt werden können — wie etwa konkret geschehen in den Fällen der Arsen-Bakterien oder der STAP-Stammzellen.) Im schlechtesten Fall frisst es einfach nur Zeit, aber das tun andere Dinge im Forschungsbetrieb noch auf viel sinnfreiere Weise…

Die konkrete Praxis des PPPR wird dagegen schon kontroverser diskutiert. Ein besonders „heißes“ Thema etwa ist, ob die Kommentatoren anonym bleiben dürfen — oder eben nicht. Selbst die zwischenzeitlich etablierten PPPR-Plattformen sind hier gespalten: Publons oder PubMed Commons lassen beispielsweise keine anonymen Kommentare zu, während PubPeer dagegen Anonymität explizit für wichtig hält.

Die Erfahrungen des Physikers und Postdocs Julian Stirling sprechen allerdings für keine der Varianten — zumindest in der Form, wie sie bislang praktiziert werden. Diesen Beitrag weiterlesen »

Journal Cover, mal anders (12)

11. Februar 2015 von Laborjournal

Mäuse und ihre Transkriptionsschalter, frei nach dem Februarheft von Genome Research:

In this issue, the complexity of the evolutionary relationship between transcription factor (TF) binding and transcriptional output in mammals is explored in a study of three TFs (represented by switches) from four closely related mice. Here, they are depicted as trying to work out the complex interconnections (wires) between the switches and turning on the light bulb (i.e., the transcriptional output via gene expression). (Cover illustration by Spencer Phillips is based on a concept by Mary Bergman; both are at the European Bioinformatics Institute [EMBL-EBI]. © EMBL. [For details, see Wong et al., pp. 167–178.])

Journals weisen Kunden ab — und sind stolz drauf

20. Januar 2015 von Laborjournal

In seinen Autoren-Richtlinien schreibt Nature, dass es nur 7 bis 8 % der jährlich eingereichten Manuskripte tatsächlich ins gedruckte Heft schaffen.

Bei Science dagegen erblicken nach eigenen Angaben weniger als 7 % der eingereichten Manuskripte das Licht der Publikation.

Ähnlich schwierig kommt man ins British Medical Journal, das umgekehrt eine Rejection Rate von 93 % angibt.

Doch es geht noch knauseriger: The Lancet druckt gerade mal jedes zwanzigste Manuskript ab, und auch das New England Journal of Medicine macht unter der Überschrift „What to expect“ gnadenlos klar:

We publish only the top 5% of the 5,000 research submissions we receive each year.

Mit Annahmequoten von 15 % nehmen sich dagegen etwa Cell und Cancer Research  fast schon großzügig aus.

Auf gleichem Level stand vor kurzem auch das Journal of Cell Biology — allerdings schien die Tendenz damals schon fallend:

[…] our acceptance rate continues to fall (currently at an incredibly selective ~15%)

Interessanterweise beteuern all diese Edelblätter immer wieder in trauter Einigkeit, dass sie ja keineswegs plusminus 90 % Schrott-Manuskripte geschickt bekommen. Vielmehr müssen sie zu ihrem extremen Bedauern all diese wunderschönen „1B-Arbeiten“ leider deswegen ablehnen, weil sie eben nur begrenzt Platz im gedruckten Heft haben. Wäre dies nicht der Fall, dann… ja, dann…

Warum haben dann aber manche E-Journale ähnlich hohe Ablehnungsraten?

Klar, die sogenannten Mega-Journals nicht — PLoS ONE nimmt knapp 70 %der Manuskripte an, Peer J ebenfalls zwischen 60 bis 70 %. Hier stehen ja auch bewusst „lockerere“ Konzepte im Hintergrund — wie Peer J es etwa beschreibt:

[…] journals that ask peer reviewers to judge the merits of a manuscript based solely on the soundness of its methodology and conclusions, rather than novelty or expected impact.

Bei eLife geht’s dann aber mit nur noch 25 % angenommenen Manuskripten wieder scharf runter. Und mit PLoS Biology und PLoS Medicine, die sich beide mit Ablehnungsraten von über 90 % rühmen, ist man dann endgültig wieder auf dem Niveau der altehrwürdigen, gedruckten Edelblätter angekommen.

Geht es denen — im Umkehrschluss des obigen Peer J-Zitats — mit der unverändert scharfen Selektion doch vor allem um das Zurechtkneten eines hohen Impact-Faktors? Nicht wenige vermuten es (siehe etwa hier).

Wenn aber all die abgelehnten Manuskripte tatsächlich so gut sind, wie alle beteuern — dann wird die ganze Absurdität dieses hochgezüchteten Selektionsprozesses durch die erwähnten E-Journals mit ihrem praktisch unbegrenzten Publikationsplatz nochmals eine Umdrehung weiter getrieben. Eine Absurdität, die der ehemalige Chief Editor des British Medical Journals, Richard Smith, vor einiger Zeit in seinem Blog-Post „Why not auction your paper?“ sehr treffend folgendermaßen zuspitzte:

High impact journals have high rejection rates (over 90 %) and are proud of it. Who else apart from editors boast about how many customers they reject?

Wann ist Schluss mit Zitieren?

4. November 2014 von Laborjournal

Ihn muss man schon lange nicht mehr zitieren

Jeder Labor-Biologe stellt mit dem pH-Meter seine Puffer ein. Muss er daher später in seinen Veröffentlichungen den dänischen Chemiker Søren Peder Lauritz Sørensen zitieren — weil dieser 1909 erstmals das Konzept der pH-Skala vorstellte?

Oder nehmen wir Johannes Thal. 1577 beschrieb der Erfurter Arzt und Botaniker erstmals die Ackerschmalwand Arabidopsis thaliana. Gut vierhundert Jahre später avancierte Thals „Pflänzchen“ bekanntlich zu dem Modellorganismus der Pflanzenforschung schlechthin. Allein die Literaturdatenbank Web of Science listet heute 95.000 Artikel unter dem Stichwort „Arabidopsis„. Wahrscheinlich hat nicht einer Thal in der Referenzliste.

Sørensen und Thal könnten folglich zu den meistzitierten Männer der wissenschaftlichen Literatur gehören — tun sie aber nicht. Und das ist auch richtig so. Denn irgendwann gehören Dinge einfach zum allgemeinen (Fach-)Wissen oder Handwerk, so dass die entsprechenden Zitierungen ziemlich überflüssig, ja sogar eher peinlich wirken.  Diesen Beitrag weiterlesen »

Reviewer No. 3

2. Oktober 2014 von Laborjournal

Während einer Recherche zum Thema Peer Review folgende nette Geschichte gehört:

Professor X erinnerte sich, wie er seinerzeit als Doktorand sein allererstes Manuskript abgeschickt hatte und nun aufgeregt auf den Bescheid des Journals wartete. Er kam schließlich mit drei Reviews. Zwei waren positiv, wenn auch mit einigen Änderungswünschen — Review No. 3 dagegen war ein Schlag in die Magengrube. Dass der Gutachter das Paper inhaltlich in tausend Fetzen zerriss, war das eine. Dazu kam das Wie. Reviewer No. 3 präsentierte seine Kritik in einem derart herablassend-aggressiven Ton, dass Jung-X zunächst einmal förmlich die Luft wegblieb. Es wimmelte darin geradezu vor Vokabeln wie „naiv“, „trivial“, „unangemessen“, „unvollständig“, „verirrt“, „Fehlschluss“, „schlampig“, „lächerlich“,…

Als er sich schließlich halbwegs von dem Schock erholt hatte, stieg Zorn in ihm hoch — und er begann, sich „das Arschloch“ vorzustellen. „Sicher so ein frustrierter alter Sack, kurz vor der Pensionierung“, dachte X. „Ein ergrautes, faltiges Alphatier, das Spaß daran hat, den Jungen nochmal so richtig zu zeigen, wo der Hammer hängt. Der ansonsten aber gerade darüber verbittert, dass seine Zeit nun endgültig bald vorbei ist. Da kommt ihm ein Manuskript von so einem kleinen Würstchen wie mir natürlich gerade recht, um all den Frust und die Verbitterung unerkannt, aber wirksam rauszulassen.“

X fand nie heraus, wer tatsächlich dieser „Reviewer No. 3“ war. Allerdings wurde er später selbst Editor und Chief Editor bei mehreren Zeitschriften. Und da gingen natürlich jede Menge weiterer solcher „Reviewer No. 3“-Gutachten über seinen Tisch. Nicht dass er gezielt danach geschaut hatte, aber irgendwann fiel ihm dabei auf, dass die meisten dieser „Reviewer No. 3“-Gutachten eben nicht von bärbeißigen alten Platzhirschen verfasst waren. Ganz im Gegenteil, vielmehr stammten sie auffallend oft aus den Federn junger Senior-Postdocs oder Nachwuchsgruppenleiter.

Gefragt, ob X dafür irgendeine Erklärung habe, antwortete er: „Ich glaube, es kommt von der Unerfahrenheit und Unsicherheit. Die Leute kriegen teilweise ihr erstes Manuskript auf den Tisch — und haben vorher nirgendwo lernen können, wie man einen Review eigentlich macht. Da wollen sie natürlich keinen Fehler machen, um Himmels willen nichts Wichtiges übersehen oder vergessen. Ebenso möchten sie natürlich nicht als „zu sanft“ oder unkritisch erscheinen. Und in dem Zwang, all dies vor allem sich selbst beweisen zu müssen, verlieren sie irgendwann das rechte Maß — und schießen am Ende über das Ziel hinaus…“

Also eher junge aufgeregte Kläffer als bärbeißige graue Platzhirsche.

Selbstlose Fremdgänger

5. September 2014 von Laborjournal

Nochmal zum letzten Post: Wie darin berichtet, hatten drei orthopädische Chirurgen der Harvard Medical School nach einer durchaus aufwändigen Umfrage veröffentlicht, dass „Corresponding Authors“ nicht gerade eine hohe Antwortmoral bezüglich Nachfragen zu ihren jeweiligen Papern an den Tag legen.

Eine Sache beschäftigte uns in diesem Zusammenhang weiterhin: Warum machen orthopädische Chirurgen sowas? Man sollte meinen, die haben doch jede Menge andere Dinge zu tun. Zumal sie für die entsprechende Studie sicher auch keine direkten Forschungsgelder zur Verfügung hatten.

Dabei fiel uns auf, dass solche „Nebenprojekte“ durchaus öfter vorkommen. Erst vor einigen Wochen berichteten wir beispielsweise über eine Software-Entwicklerin, die zusammen mit einem Zellbiologen nach umfangreicher Recherche feststellte, dass…

…in den Life Sciences männliche Fakultätsobere weniger Frauen einstellen.

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Antwortscheue „Corresponding Authors“

2. September 2014 von Laborjournal

Wozu steht bei jedem Paper ein „Corresponding Author“? Simple Frage, oder? Als kompetenter und zuverlässiger Ansprechpartner für Fragen oder Anfragen, die nach der Publikation auftauchen. Wie der Name schon sagt: Jemand, mit dem man über das Paper korrespondieren kann.

Wenn sie es denn nur tun würden…

Denn von der Hälfte der angegebenen „Corresponding Authors“ bekommt man auf Nachfrage keine Antwort. Dies jedenfalls ist das Ergebnis einer Probe auf’s Exempel, die drei Bostoner Forscher jetzt in Clinical Orthopaedics and Related Research unter dem Titel „Do Corresponding Authors Take Responsibility for Their Work? A Covert Survey“ veröffentlichten (publ. online 15. August 2014).

Quasi „undercover“ hatten die Verfasser insgesamt 450 „Corresponding Authors“ angemailt und nach zusätzlichen ergänzenden Daten gefragt, die sie angeblich für einen Review brauchen würden. Diesen Beitrag weiterlesen »

Einstein und der Peer Review

24. Juni 2014 von Laborjournal

Auch Einstein hielt anfangs nicht viel von Peer Review. Aus seiner „deutschen Zeit“ kannte er dieses System, etwa von seinen fünf berühmten 1905er-Artikeln in den Annalen der Physik, überhaupt nicht. Erst nachdem er in die USA ausgewandert war, sah er sich plötzlich damit konfrontiert, dass seine Manuskripte bisweilen zunächst irgendwelchen Kollegen zur Begutachtung vorgelegt wurden.

Das Online-Organ The Conversation hat dazu gerade eine nette Anekdote wieder ausgegraben, die Physics Today bereits 2005 veröffentlicht hatte. Demnach schickte Einstein zusammen mit seinem Kollegen Nathan Rosen 1936 ein Manuskript über Gravitationswellen an Physical Review. Dessen damaliger Chief Editor John Tate fand das Manuskript aber offenbar derart kontrovers, spekulativ, ja geradezu „phantastisch“, dass er es Einsteins Princeton-Nachbarn Howard Percey Robertson zum Begutachten schickte. Immerhin stellten Einstein und Rosen darin gar die Wellennatur der Gravitation überhaupt in Frage.

Robertson schrieb einen zehnseitigen Kommentar mit jeder Menge gravierender „Entschärfungssvorschlägen“, den Tate umgehend an Einstein weiterleitete. Dieser schrieb Tate schnöde zurück:

We (Mr. Rosen and I) had sent you our manuscript for publication and had not authorised you to show it to specialists before it is printed. I see no reason to address the — in any case erroneous — comments of your anonymous expert. On the basis of this incident I prefer to publish the paper elsewhere.

Einstein publizierte das Manuskript letztlich in dem deutlich „bescheideneren“ Journal of the Franklin Institute. Dies allerdings erst nach einiger Zeit — und mit einem Großteil der Änderungen, die Robertson vorgeschlagen hatte. Es sollte sich herausstellen, dass die Beiden in der Zwischenzeit ausführlich in Princeton über die Befunde des Manuskripts diskutiert hatten — wobei Einstein am Ende offenbar doch einräumen musste, dass dessen schlussfolgernde Behauptungen etwas zu hoch gegriffen waren.

Womöglich bewahrte dieser indirekte Peer Review Einstein also vor einer gehörigen öffentlichen Blamage. In einem reinen Post-Publication-Peer-Review-System, wie es viele heute fordern, hätte er sich sehr wahrscheinlich mit einem voreiligen Schnellschuss ziemlich in die Nesseln gesetzt.

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